基因组结构

摘要： 羊口疮(Orf)是由羊口疮病毒(Orf virus, ORFV)引起的一种接触性传染病,绵羊与山羊是主要宿主。该病属于自限性疾病,当不发生继发性感染时,机体调节就可以控制疾病发展,逐渐恢复痊愈。该特性可能与病毒的基因组结构有关,因此,重点阐述了羊口疮病毒基因组编码的蛋白及其功能。此外,还对羊口疮病毒的流行病学、病原学、临床诊断与防控进行了概述,为羊口疮病毒的进一步研究提供了信息与参考。

摘要： 马传染性贫血病毒(EIAV)属反转录病毒科慢病毒属成员,与人类免疫缺陷病病毒(HIV-1)等其他慢病毒属成员在基因组结构、复制分子机制、病毒形态、生活周期、免疫机理及与宿主相互作用等方面具有高度相似性。EIAV除了具有慢病毒的共性外,还有其独特之处。体现在EIAV感染的马在经历多次发热的病程后,大多数会转归为终身病毒携带的状态,且能对高致病力病毒的攻击产生一定的抵抗力。说明EIAV感染可以实现自身的免疫调控。

摘要： 2022年6月16日,华南农业大学园艺学院在《Nature Communications》杂志上发表了题为“The 3D architecture of the pepper genome and its relationship to function and evolution”的研究论文。该论文以华南农业大学辣椒课题组培育的优良辣椒自交系59号为材料,首次报道了辣椒高质量染色体级别的三代拼接参考基因组,并通过整合高分辨率Hi-C图谱与表观组、转录组以及遗传变异数据,探索了其三维基因组结构的基本特征以及与基因组功能和进化的关系。

摘要： 叶菜类蔬菜可以满足人们对矿物质、维生素、纤维素等的需求,是一日三餐中必不可少的食材。然而病毒的侵染对叶菜类蔬菜的危害尤为严重,会造成其产量和品质下降,严重时绝产绝收。文章对可侵染菠菜、芹菜、莴苣、花椰菜、韭菜这5种叶菜类蔬菜的22种病毒及其传播方式、寄主范围、基因组结构和病症特征进行了综述,并对抗病毒基因的筛选以及病毒病害防控等方面提出建议,以期为叶菜类蔬菜病毒的研究及防控提供参考。

摘要： 番茄褐色皱纹果病毒(tomato brown rugose fruit virus,ToBRFV)是烟草花叶病毒属的一个新种,在自然界中主要危害番茄、辣椒等茄科作物。自2014年首次在以色列发现以来,ToBRFV迅速蔓延至全球4个洲的35个国家,严重影响番茄和辣椒的产量和品质。本文综述了ToBRFV的发现与分布、基因组结构、传播方式、寄主范围和检测方法,并提出了相应的防控建议,以防范ToBRFV在我国的进一步传播和危害。

摘要： 冠状病毒是一类在自然界广泛存在的,可引起跨种间传播并对人兽健康构成严重威胁的传染病病原体.由于宿主谱广泛和选择压力大,冠状病毒会发生变异以逃避宿主免疫反应,从而变得更具致病性.在不到20年的时间里,冠状病毒已经导致了 3次令全球恐慌的重大疫情,包括目前的新冠疫情.基于此,有必要对冠状病毒进行重新审视.因此,本文从冠状病毒的分类、基因与蛋白结构、编码蛋白功能、复制周期与致病机制、免疫应答、检测与防治等方面对冠状病毒进行了全面系统的概括和分析,以期深入了解冠状病毒的特性,为预防和控制新发冠状病毒的发生和传播提供参考.

摘要： 本文围绕禽坦布苏病毒的分类与基因组结构、结构蛋白与功能、非结构蛋白与功能的最新研究进展进行综述,旨在为禽坦布苏病毒病的防控提供科学依据.

摘要： 为明确天敌昆虫蠋蝽病原物的基因组结构,利用高通量测序技术,在蠋蝽体内发现了一种新的正义单链RNA病毒,并将其命名为Arma chinensis virus-1(AcV-1)。利用PCR和RACE扩增获得了含有完整读码框的AcV-1基因组序列,除Poly(A)外,其基因组长度为9192 nt,包含2个开放阅读框(Open reading frames,ORFs)。ORF1长5316 nt,编码一个含1771个氨基酸的非结构蛋白,包含3个保守结构域,分别是依赖RNA的RNA聚合酶、蛋白酶和RNA解旋酶;ORF2长2529 nt,编码一个含842个氨基酸的结构蛋白。AcV-1基因组序列与蟋蟀麻痹病毒(Cricket paralysis virus,CrPV,GenBank:KP974707.1)的相似性(89.40%)最高。根据序列同源性、基因组结构和聚类分析表明,AcV-1是蟋蟀麻痹病毒属(Cripavirus)的一个新成员。AcV-1在供试蠋蝽样本中侵染率为37.67%。

摘要： 为明确水茄Solanum torvum植株叶片邹缩、褪绿是否由菜豆金色花叶病毒属病毒侵染引起,从云南省西双版纳傣族自治州田间采集具有疑似感染症状的水茄植株叶片样品,应用菜豆金色花叶病毒属病毒简并引物和特异性引物进行PCR扩增、克隆和测序,通过生物信息软件分析比较其核苷酸序列特征,并对其进行系统发育分析.结果 显示,从采集的疑似病叶中共克隆获得了5条菜豆金色花叶病毒属病毒DNA-A全序列和3条DNA-B全序列,经全序列分析发现,侵染水茄的2种菜豆金色花叶病毒属病毒分离物分别属于中国南瓜曲叶病毒(squash leaf curl China virus,SLCCNV)和野茼蒿黄脉病毒(Crassocephalum yellow vein virus,CraYVV).SLCCNV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒双组分结构特征,与来自泰国的SLCCNV分离物(AB330078)亲缘关系最近,相似性最高达到99.0％;CraYVV水茄分离物的基因组具有典型的菜豆金色花叶病毒属病毒单组分结构特征,与来自云南省景洪市的CraYVV分离物(EF165536)亲缘关系最近,相似性最高达到97.6％.表明水茄是这2种菜豆金色花叶病毒属病毒的新寄主,并首次发现双组分和单组分菜豆金色花叶病毒属病毒可复合侵染水茄.

摘要： 猪巨细胞病毒( porcine cytomegalovirus,PCMV)是一种以引起仔猪包涵体性鼻炎为主要特征的β疱疹病毒,幼龄猪群感染的死亡率可达25％.PCMV感染分布广泛,主要呈潜伏性感染,对养猪生产具有一定的危害.在ICTV第九分类报告中,PCMV仍划为β疱疹病毒亚科的未定属,主要是由于迄今尚无该病毒的全基因组序列.本研究对PCMV分离毒株进行了全基因组序列测定,分析了病毒的基因组结构与分子特征,以期为PCMV的分类提供科学依据.采用PCR技术,对2006-2010年收集自我国14个地区49个规模化猪场的812份肺组织病料进行了PCMV检测.结果表明,共检出317份阳性样本,PCMV阳性率为39.04％;猪场阳性率为97.96％0对随机选取的142份阳性扩增产物进行了测序,并与国外参考毒株序列进行比对.结果表明,扩增产物的核苷酸序列同源性为97.6％-100％,推导的氨基酸序列同源性为95.6％-100％.遗传演化分析显示,我国PCMV主要分属于亚群2和亚群3.将PCR检测为PCMV阳性的猪肺泡巨噬细胞(pulmonary alveolar macrophages,PAMs)与PT-K75细胞共培养,成功分离到1株PCMV,命名为BJ09.在PT-K75细胞上,该毒株感染可偶见合胞体和巨细胞病变.经透射电镜可见典型的PCMV粒子.用PT-K75细胞培养PCMV BJ09,提取病毒基因组DNA,用高通量测序方法对BJ09毒株全基因组序列进行了测定,并分析了该毒株的基因组特征.结果表明,PCMV BJ09的基因组全长为128367 bp,预测的编码基因有79个;其中,69个基因与HHV-6A、HHV-6B和HHV-7具有同源性,2个基因与其它β疱疹病毒有同源性,而其余8个基因为PCMV特有;PCMV与HHV-6A、HHV-6B和HHV-7同源基因的氨基酸同源性相对较高,且基因方向和位置均一致;PCMV基因组结构为DR-U-DR形式,与HHV-6A、HHV-6B和HHV-7相同;对PCMV核心基因的演化分析表明,PCMV与HHV-6A、HHV-6B和HHV-7处于同一分支.综上结果表明,PCMV可以作为一个新成员,归类于β疱疹病毒亚科的玫瑰疹病毒属.

摘要： 近年来,斐济病毒属病毒新种如南方水稻黑条矮缩病毒的流行给我国水稻生产造成了严重损失.因此对该病毒属的基因组结构的结构基因组学和功能基因组学的研究与分析对农业生产中该类病害的防控研究具有重大的指导意义.SRBSDV属于呼肠孤病毒科斐济病毒属病毒，是一种新型病毒，虽然现在己经通过测序获得了S1-S10基因组的序列片段，但人们对其结构还不了解，目前人们研究基因组结构较多的是RBSDV。通过其基因组获得其三级结构，从结构来阐述SRBSDV功能，为SRBSDV病毒的侵染机制和抗SRBSDV小分子药物的筛选提供帮助。

摘要： 自2009年,瑞典科学家在患断奶仔猪多系统衰竭综合征(Postweaning multisystemic wasting syndrome,PMWS)的猪体内首次检测出猪博卡病毒(Porcine bocavirus,PBoV)以来,随着科研人员对该病毒研究的逐渐深入,不断有该病毒的新序列及相关研究的报道.本文在相关研究的基础上,对PBoV的发现、基因组结构、病毒的序列分析、流行状况及诊断等方面进行介绍，以期对猪博卡病毒的真正认识和有效防控提供参考。

摘要： 芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus，TuMV)是马铃薯Y病毒属(Potyviridae)的一个重要成员，主要侵染十字花科蔬菜，是一种十分重要的植物病毒(王圣玉等，1990)。本文综述了TuMV生物学特性，TuMV基因组结构，TuMV株系划分及芸薹属作物抗芜菁花叶病毒研究进展。

摘要： 东方拟无枝酸菌属于稀有放线菌,其产生的万古霉素是抗MRSA感染的一线药物。研究发现东方拟无枝酸菌 HCCB10007 基因组由8,948,591个碱基组成,为环形染色体,预测到共8168个编码蛋白。生物信息分析表明,其与地中海拟无枝酸菌U32有较多的直系同源基因,间接证明了两者相近的亲缘关系。分析东方拟无枝酸菌HCCB10007基因组结构发现,与地中海拟无枝酸菌U32一样,具有核心区和非核心区,以及“类核心区”嵌合在非核心区中,这个“类核心区”具有与核心区相似的基因结构特征。同时,我们还在基因组中发现至少26个与次生代谢产物合成相关的基因簇,其中有19个分布在非核心区,但万古霉素合成基因簇位于核心区中,暗示了万古霉素对于该菌株的重要性。

摘要： 目的：探讨广州地区副流感病毒的基因组结构和基因型。方法：参照GeneBank副流感病毒(U51116)全基因组序列设计11对引物,覆盖副流感病毒基因组的全长。以副流感病毒cDNA为模板分段扩增病毒基因组全长克隆到T载体上,序列测定及使用Clustal W、DNAMAN等软件分析。结果：人副流感病毒ZYMgz01株全基因组核酸序列为15462bp,提交到GenBank的序列号为EU326526,与3型副流感病毒保守基因同源性为94.0%,具有3型副流感病毒的结构特征。基因组序列同源性比较结果显示,ZHYMgz01株病毒与兰州的LZ22(FJ455842)病毒株的同源性最高,为99.1%；与美国突变病毒株(U51116)同源性为95.1%；与美国病毒株(Z11575)同源性为95.2%；与日本(ABO12132)病毒株的同源性为94.8%,而与加拿大(EU424062)病毒株的同源性为94.8%。系统进化树显示ZHYMgz01病毒株与兰州的LZ22病毒株同属一个进化分支。结论：广州地区儿童呼吸道感染的副流感病毒ZHYMgz01全基因组为15462bp,与3型副流感病毒的同源性最高,确定ZHYMgz01是3型副流感病毒。3型副流感病毒系统进化可能与地域差异有一定的关系。

摘要： 草莓基因组很小,在5个草莓种中,估计其总基因组大小约200Mb.这个值是参考拟南芥估计的,163Mb的估计值最终需要重新修正,所以这个值会有所改变.令人好奇的是八倍体草莓的1×C值显著低于二倍体草莓.由几个独立的研究小组修正了八倍体草莓单倍基因组大小为155177180～200Mb,表明在多倍化后有显著减少.类似基因组减少在其他植物物种的多倍体化中也得到了很好的描述.虽然基因组的定量描述持续改善,最近的一些研究首次提供了定性描述基因组的组成.Pontaroli等估计了基因密度和总基因含量.从Sanger测序法30使用基因分析方法随机推断30～50kb粘粒序列.研究表明在草莓中的24600或35500个基因中约有4500截断基因序列(truncated gene sequences).杂交可以使遗传物质同源配对和精确分离，即使是生物学专业的学生，要很好地理解染色体的分离过程仍是很难的。该过程在八倍体草莓上的遗传更是增加了难以想象的复杂性。首次使用AFLP标记研究草莓八倍体群体的遗传，与配对和分离相关的标记分析指出八倍体草莓是混合分离，而其他人后来的研究认为完全是二体分离。

摘要： 草莓基因组很小,在5个草莓种中,估计其总基因组大小约200Mb.这个值是参考拟南芥估计的,163Mb的估计值最终需要重新修正,所以这个值会有所改变.令人好奇的是八倍体草莓的1×C值显著低于二倍体草莓.由几个独立的研究小组修正了八倍体草莓单倍基因组大小为155177180～200Mb,表明在多倍化后有显著减少.类似基因组减少在其他植物物种的多倍体化中也得到了很好的描述.虽然基因组的定量描述持续改善,最近的一些研究首次提供了定性描述基因组的组成.Pontaroli等估计了基因密度和总基因含量.从Sanger测序法30使用基因分析方法随机推断30～50kb粘粒序列.研究表明在草莓中的24600或35500个基因中约有4500截断基因序列(truncated gene sequences).杂交可以使遗传物质同源配对和精确分离，即使是生物学专业的学生，要很好地理解染色体的分离过程仍是很难的。该过程在八倍体草莓上的遗传更是增加了难以想象的复杂性。首次使用AFLP标记研究草莓八倍体群体的遗传，与配对和分离相关的标记分析指出八倍体草莓是混合分离，而其他人后来的研究认为完全是二体分离。

摘要： 草莓基因组很小,在5个草莓种中,估计其总基因组大小约200Mb.这个值是参考拟南芥估计的,163Mb的估计值最终需要重新修正,所以这个值会有所改变.令人好奇的是八倍体草莓的1×C值显著低于二倍体草莓.由几个独立的研究小组修正了八倍体草莓单倍基因组大小为155177180～200Mb,表明在多倍化后有显著减少.类似基因组减少在其他植物物种的多倍体化中也得到了很好的描述.虽然基因组的定量描述持续改善,最近的一些研究首次提供了定性描述基因组的组成.Pontaroli等估计了基因密度和总基因含量.从Sanger测序法30使用基因分析方法随机推断30～50kb粘粒序列.研究表明在草莓中的24600或35500个基因中约有4500截断基因序列(truncated gene sequences).杂交可以使遗传物质同源配对和精确分离，即使是生物学专业的学生，要很好地理解染色体的分离过程仍是很难的。该过程在八倍体草莓上的遗传更是增加了难以想象的复杂性。首次使用AFLP标记研究草莓八倍体群体的遗传，与配对和分离相关的标记分析指出八倍体草莓是混合分离，而其他人后来的研究认为完全是二体分离。

摘要： 草莓基因组很小,在5个草莓种中,估计其总基因组大小约200Mb.这个值是参考拟南芥估计的,163Mb的估计值最终需要重新修正,所以这个值会有所改变.令人好奇的是八倍体草莓的1×C值显著低于二倍体草莓.由几个独立的研究小组修正了八倍体草莓单倍基因组大小为155177180～200Mb,表明在多倍化后有显著减少.类似基因组减少在其他植物物种的多倍体化中也得到了很好的描述.虽然基因组的定量描述持续改善,最近的一些研究首次提供了定性描述基因组的组成.Pontaroli等估计了基因密度和总基因含量.从Sanger测序法30使用基因分析方法随机推断30～50kb粘粒序列.研究表明在草莓中的24600或35500个基因中约有4500截断基因序列(truncated gene sequences).杂交可以使遗传物质同源配对和精确分离，即使是生物学专业的学生，要很好地理解染色体的分离过程仍是很难的。该过程在八倍体草莓上的遗传更是增加了难以想象的复杂性。首次使用AFLP标记研究草莓八倍体群体的遗传，与配对和分离相关的标记分析指出八倍体草莓是混合分离，而其他人后来的研究认为完全是二体分离。

摘要： 本发明公开了一种基于多个基因组比较和二代测序数据的全基因组关联分析方法，步骤一：使用比对软件将参考基因组和从头组装基因组文件进行比对，步骤二：根据插入片段大小及插入到参考基因组的位置，更新参考基因组中的注释基因位置或结构，步骤三：如果有多个从头组装基因组，依次迭代更新参考基因组；步骤四：利用比对软件将样品的二代测序数据比对到更新后的参考基因组上，步骤五，收集所有样品全部结构变异的分界点位置信息至一个集合中，构建群体基因型，步骤六：根据关联位点和更新后的参考基因组注释文件进行功能基因的候选，本发明实现了利用结构变异基因型数据进行全基因组关联分析。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，具体涉及一种联合基因组三维结构差异鉴定和转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法。本发明提供一种基因组三维结构差异的鉴定方法，包括在Hi‑C数据的基础上进行差异AB Compartment的鉴定、差异TAD的鉴定和差异Loop的鉴定，利用该方法可实现利用原位Hi‑C数据对动植物进行不同层级的基因组三维结构差异的高效鉴定。本发明提供利用该基因组三维结构差异鉴定方法联合转录组基因表达水平差异分析挖掘功能基因的方法，利用该联合分析方法可实现从基因组三维结构与转录组两个层面进行差异分析，进而实现对动植物功能基因的高效挖掘。

摘要： 使用来自肿瘤样品和匹配的正常样品的DNA测序数据确定SNV，从而进行改进准确性的基于SNV的基因测试，并且使用来自肿瘤样品的RNA测序数据来确定如此鉴定的SNV的表达。

摘要： 提供来自新型的基因型1b的HCV的、自主复制能力优异的亚基因组复制子RNA(核酸)、以及自主复制能力和感染性HCV颗粒产生能力优异的全基因组复制子RNA(核酸)。特别是，提供来自从急性重症丙型肝炎患者体内分离的新型的基因型1b的HCV即NC1株的HCV基因组的亚基因组复制子RNA(核酸)和全基因组复制子RNA(核酸)。

摘要： 本申请公开了一种宏基因组内参及其制备方法和应用以及宏基因组血流病原体检测方法，所述宏基因组内参为来源于叶绿体基因组的DNA片段，所述DNA片段的长度为166±10bp。需要说明的是，本申请采用来源于叶绿体基因组且长度为166±10bp的核酸片段作为内参基因，能够在血流病原体检测过程中被检出，有效评估整个检测流程的有效性，并且不影响血流病原体检测的结果；避免了采用现有宏基因组内参出现的噬菌体纯化难度高、菌易导致其他病原体检出等问题，相比于人工合成内参基因，还降低了内参基因的制备成本。

摘要： 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

摘要： 本发明涉及宏基因组技术领域，特别是涉及宏基因组病原微生物基因组数据库及其构建方法，该方法包含数据获取、基因组过滤、基因组分类、基因组去冗余等步骤，即得病原微生物基因组数据库。该数据库的构建方案和目前市场上存在的方案存在较大差异，首先在保证物种的丰富度的前提下，去除污染序列，低重复序列；并且挑选了物种具有代表性的质量高的Assembly序列作为参考基因组，将剩余基因组进行重新分类，剔除了分类错误的序列。然后在参考基因组的基础上对剩余基因组进行去冗余，保留了各个物种的特异性序列。这样即保留了物种基因组的丰富度，又保证了基因组的准确性。

摘要： 本发明公开了SNP位点在评估基因组异常中的应用及评估基因组异常的方法。SNP位点为在染色体上接近均匀分布的双等位基因高多态性位点，各个SNP位点的群体最小等位基因频率均分布于0.05‑0.5之间；各个SNP位点在基因组上的密度为16.5个/百万基因组碱基；以各个SNP位点为中心的250‑350个核苷酸的GC含量为40‑60%；且各个SNP位点符合哈迪‑温伯格平衡定律，同时满足群体分化系数低于0.05。采用本发明提供的技术方案得到的基因组异常评估结果具有更高的精度，能发现更多更全面的基因组异常情况，能处理染色体结构不变的基因组异常情况，更适用于中国人群，更加准确。

摘要： 本发明涉及一种基于宏基因组测序数据组装病原微生物基因组的方法。该方法将原始数据过滤后与宿主数据库进行比对，以达到在数据层面进行去除宿主序列的目的；再使用soapdenovo对去宿主的reads进行组装，得到无参组装的contig序列，将病源数据库作为参考基因组，然后统计去宿主的reads比对情况中每个位点的测序深度，得到有参组装的contig，将无参组装的contig序列和有参组装的contig序列进行整合，得到合并后的contig序列，并进行病原的判别。本发明通过去宿主后，采取无参组装和有参组装相结合的方法进行病原微生物的组装，得到的宏基因组没有宿主的污染，并且在点突变以外加入了结构变异的信息，准确度更高。