基因组文库

摘要： 对24个双孢蘑菇不育单孢进行两两杂交配对,以菌株9608为基准,获得了2种不同交配型的不育单孢菌株A+:9601、9608、9609、9612、AgQG841-1、AgLH830-4、AgLH830-6、AgQL8125-5;A-:9602、9603、9604、9607、Ag2k811-1、M7206-1、M7206-2、M7206-11、M7206-13.将这2种菌株进行DNA提取,并构建DNA文库,对文库进行酶切验证,用Sal Ⅰ酶切,可切出20、14、9 kb等3个片段,其中20、9 kb为λ载体的左右臂,插入片段为14 kb,与预期相符,说明文库的质量较高.%In this study,twenty-two Agaricus bisporus monokaryons strains were pairwisely paired.Based on strain 9608,two different mating types of monokaryons were obtained.A + strains:9601,9608,9609,9612,AgQG841-1,AgLH830-4,AgLH830-6,AgQL8125-5.A-:9602,9603,9604,9607,Ag2k811-1,M7206-1,M7206-2,M7206-11,M7206-13.The genomic DNA of two strains were extracted and DNA library were constructed.The library was verified by restriction enzyme digestion with SalI.The 20 kb,14 kb and 9 kb 3 fragments were cut out,of which 20 kb and 9 kb were the inserted into the left and right arms of lambda vector and the fragment of 14kb,was the insertion genomic DNA fragments.Enzyme digestion result was in line with expectations,indicating the higher quality of the library.

摘要： Paralytic shellfish poison(PSP),which is mainly produced by dinoflagellates of water,is a serious threat to Marine food quality and safety.Alexandrium minutum ATMW02 genomic library was built to search the related gene group in PSP by using molecular biology and bioinformatics technology.After compared with non-toxic Alexandrium L35,a specificity fragments of the DNA in ATMW02 was obtained and the flanking sequences were expanded through reverse PCR.By analyzing the sequence features and functions,the key enzymes were explored that migth cause the poison also obtained a 240 bp nucleotide sequence without intron.This nucleotide sequence mutated three bases outside the termination codon and existed three conservative copper-binding domain,which could be translated into MAP and 97％ match with the Alexandium fundyense MAP.The results of this study provided a theoretical foundation for further research on Alexandrium toxin-producing mechanisms.In the meantime,it could provided technical support to enhance marine food quality and supervision.%麻痹性贝毒素(paralytic shellfish poisonings,PSP)严重威胁海产食品质量安全,其主要是由水体中的甲藻代谢产生.利用分子生物学和生物信息学技术构建微小亚历山大藻ATMW02基因组文库,探求与PSP产生相关的基因群.经过与无毒亚历山大藻L35对比筛选,获得ATMW02株系特异性的DNA片段,然后,利用反向PCR扩展该片段的旁侧序列,分析其序列特征和功能,探讨有可能引起藻株致毒的关键酶.通过序列分析获得一段去除了内含子的240 bp大小的核苷酸序列,这条核苷酸序列在终止密码子之外的非编码区突变了三个碱基,并且存在三个非常保守的铜离子结合区.其对应的氨基酸序列翻译的对象是甲硫氨酰氨肽酶(methionine amino peptidase,MAP),氨基酸比对分析,其与芬地亚历山大藻MAP氨基酸序列相似性达到97％.研究结果为深入研究亚历山大藻产毒机制奠定了理论基础,同时,为加强海产品监控和质量安全提供有力的技术支持.

摘要： 为了给基因功能研究提供基础,以 pWEBTM质粒构建产酸克雷伯氏菌 KO108基因组文库,克隆数目为1329个.通过EcoR Ⅰ酶切分析随机挑取的20个文库克隆的重组质粒,结果显示所有质粒均有8．2 kb载体条带同时含有外源DNA,且外源DNA的带型并不相同,这表明所构建的KO108基因组文库中插入的外源DNA随机性较好.分析外源DNA电泳条带的大小,结果显示克隆的外源DNA片段最小约为25 kb,最大约为50 kb,平均大小估算为40 kb,文库克隆容量约52 Mb,证明该基因组文库包含基因组任意一个基因的概率为99．8％,是KO108基因组覆盖率的5倍.该文库的构建为产酸克雷伯氏菌功能基因克隆和比较基因组学研究奠定了基础.%The 1 329-clones genomic library of Klebsiella oxytoca KO108 was constructed by pWEBTM Cosmid. Its coverage and randomness was confirmed by the electrophoresis profiles of 20 recombination plasmids digestion with EcoRⅠ,which were randomly selected from the library.The results showed that all tested plasmids contained the 8.2 kb cosmid fragment and an exogenous one diverse in size from 25 to 50 kb (about 40 kb in average),this suggested that the total capacity of this library was about 52 Mb,5 times of KO108 genome,99.8% theoretical possibility including any gene in this strain.The library lays a foundation for functional gene cloning and comparative genomics research for Klebsiella oxytoca.

摘要： 2015年高考理综新课标Ⅰ卷40题是选修三涉及基因工程的一道选做题,考查了选修3中目的基因的制备和必修三中HIV的作用机理、T细胞的作用、免疫系统的功能及免疫学的应用。下面结合试题的解析及考生答题中出现的问题,谈谈选修内容教学中应注意的问题及备考复习策略。一、试题解析40.HIV属于逆转录病毒,是艾滋病的病原体。

摘要： 近日，孟山都宣布与哈佛大学麻省理工学院的Broad研究院就CRISPR-Cas基因组编辑技术在农业中的应用达成全球许可协议。“从Broad研究所得到CRISPR-Cas技术的许可协议将大大加快我们基因组编辑技术的研究，”孟山都的生物技术总监TomAdams博士表示，“基因组编辑技术不仅能够对我们正在进行的探索研究进行互补，同时也能为我们进一步发展世界领先的种质和基因组文库提供大量的资源。”

摘要： 为了探讨硫藤黄链霉菌中可能存在的次级代谢产物合成及调控机制,以链霉菌整合型质粒pJTU2554为载体,构建了硫藤黄链霉菌的基因组表达文库。以模式菌株变铅青链霉菌为异源表达宿主,通过生物活性筛选获得9株具有抑菌活性的异源表达突变菌株,同时通过PCR筛选获得多个含有聚酮合酶和非核糖体多肽合成酶基因的克隆子。TLC及HPLC-MS分析发现6个携带有aureothin生物合成基因簇的cosmid,通过异源表达在变铅青链霉菌中成功合成聚酮类抗生素aureothin,证实文库异源表达及筛选的有效性。

摘要： 本文提取土壤样品总DNA,以Fosmid为载体,构建宏基因组文库.以脱脂奶为底物,象耳豆根结线虫为靶标,筛选杀象耳豆根结线虫的产蛋白酶基因克隆子.以克隆子Pro-21fa6为研究对象,从酶活、蛋白含量变化、pH变化对发酵过程进行了研究.结果表明,构建31104个克隆子,库容1.067Gb,获得产蛋白酶阳性克隆子111株,其中9株对象耳豆根结线虫具有毒杀作用,Pro21fa6克隆子毒杀效果最好.培养条件温度35°C、转数200r/min、以及脱脂奶与诱导剂共同作用可以使酶活提高,是基础培养基的1.33倍.Pro-21fa6蛋白酶克隆子初步研究,为蛋白酶基因基因片段亚克隆、测序、活性蛋白酶分离纯化奠定了基础.

摘要： 元基因组学是一门直接取得环境中所有遗传物质的研究方法，主要研究通过提取某一环境中的所有微生物基因组DNA，构建基因组文库及对文库进行筛选寻找和发现新的功能基因及活性代谢产物。它开辟了一个研究微生物多样性的新时代，打破了传统培养技术在微生物资源开发利用上的限制因素，极大地扩展了99％不可培养微生物资源的利用空间。同时也扩大了人们对环境微生物多样性的认知。目前，元基因组技术在医学、生物能源、生态环境保护和农业等方面都取得了很大的进步。本文回顾了当前发展的元基因组的研究方法及其应用。

摘要： 3-Phenoxybenzoic acid ( 3-PBA) is known as non-specific intermediate products of pyrethriods pesticide, which has antiestrogenic activity, and can disturb the endocrine system in vivo. 3-PBA has wider migration, longer half-life period, and higher biotoxicity than the pyrethroid pesticide, so it has been used as a marker for pyrethroids exposure. With the contruction and screening of 4-D(Acinetobacter sp.) genomic library, the key gene having a ORF of 921 bp and encoding an amino acid of 306 aa for degrading 3-PBA was screened, its GenBank accession number was KR024742. Homolog comparison results and substrate experiments inferred that it was catechol dioxygenase. The primer was designed on the authority of opening reading frames( ORF) and added with restriction sites of NdeⅠ and HindⅢ. With genomic DNA of 4-D as template, the D34 gene was cloned. The recombinant expression vector pET-21b-D34 plasmid was constructed and transformed into competent cell BL21 (DE3). After inducing by IPTG(0.1 mmol/L), the degration rate of 3-PBA was 18.7%. Results provided theory reference for microbial environmental restoration of 3-PBA population.%3-苯氧基苯甲酸(3-PBA)作为拟除虫菊酯类农药的非特异性降解中间产物，具有抗雌激素特性，可扰乱生物体内分泌系统，比菊酯类农药迁移更广，半衰期更长，生物毒性更大，是拟除虫菊酯类农药在生物体中暴露的标志。通过构建4-D菌(Acinetobacter sp.)基因组文库，混合池驯化筛选得到4-D 菌中降解3-PBA 的关键酶基因，其开放阅读框为921 bp，编码306个氨基酸，Genbank登录号为KR024742。经同源比对和酶活验证，证实该酶为邻苯二酚双加氧酶。根据该ORF序列设计引物，引物两端分别加上NdeⅠ和Hind Ⅲ酶切位点，以4-D菌基因组DNA为模板，成功克隆到D34基因序列。构建表达载体pET-21b-D34并转化进宿主大肠杆菌BL21(DE3)，经IPTG(0.1 mmol/L)诱导后，表达重组菌对3-PBA降解率为18.7％。研究结果为3-PBA污染的微生物环境修复提供了理论参考。

摘要： 构建细菌双杂交系统中的诱饵载体pKT25-gp22和甲型副伤寒沙门氏菌基因文库以便后续的筛选实验.PCR扩增获得gp22基因,插入pKT25构成诱饵质粒pKT25-gp22.提取甲型副伤寒沙门氏菌基因组DNA,经Sau3A Ⅰ部分酶切后连接到pUT18C质粒的BamH Ⅰ位点,获得基因组DNA表达文库.用化转的方法将诱饵质粒与pUT18C共转入BTH101,检测诱饵质粒自激活作用,并检测诱饵蛋白对宿主菌的毒性.将文库质粒电转至JM109感受态,PCR鉴定文库的多样性.诱饵载体pKT25-gp22无自激活报告基因的能力且对细菌的生长无毒性.所构建的副甲基因组文库覆盖基因组达8倍,满足文库筛选需要.成功构建细菌双杂交系统中诱饵载体pKT25-gp22,筛选文库质量良好,可应用于细菌双杂交实验.

摘要： 目的: 构建志贺菌多重耐药抑制性消减杂交基因组文库，为进一步大量筛选、鉴定志贺菌多重耐药基因奠定基础。rn 方法: 由志贺菌敏感株构建的诱导多重耐药株基因组DNA为实验方，敏感株基因组DNA为驱赶方，采用抑制性消减杂交构建基因组文库。rn 结果: 通过两轮消减杂交及两轮抑制性PCR，构建了一个包含1512个阳性克隆，随机挑取了216个阳性克隆做菌液PCR鉴定，有202个克隆含有插入片段，转化率93.52％，且所有片段长度均在2000bp以下。rn 结论: 利用抑制性消减杂交技术成功构建了高质量的志贺菌敏感株与诱导多重耐药株抑制性消减杂交基因组文库。

摘要： 本实验利用磁珠富集和生物素筛选相结合的办法构建了中华绒鳌蟹基因组微卫星富集文库。用同位素探针对文库进行第二次筛选鉴定，获得含微卫星的阳性克隆。以中华绒螫蟹为实验材料，提取肌肉的基因组DNA，经Sua3A I限制性内切酶酶切后，同收400-1000bp的片段进行PCR伞基因组扩增，并利用生物素标记的(GA)12探针进行微卫星片段的富集。将得到的片段与pGEM-T载体连接后转入DH5α大肠杆菌中，然后利用γ-32 P同位素标记的(GA)12探针进行第二次筛选。结果，共获得微卫星基因组文库1500个菌，杂交前菌落PCR检测阳性克隆率62．5％;杂交后得到的阿性克隆为447个，占29．8％。经测序，有248个克隆含有重复次数大于5次的微卫星序列。rn 在得到的微卫星序列中，重复单元除GA／CT外，还观察到三碱基、四碱基重复单元。根据侧翼序列应用引物设计软件Primer3．0设计引物164对，选择合成50对，通过优化PCR反应条件，结果有21对引物可扩增出清晰可重复的目的条带，15对具有多态性。rn 本研究对中华绒螫蟹基因组资源的开发利用起到一定的促进作用，并为中华绒整蟹种群的遗传结构、种质资源利用与保护、遗传连锁图谱的构建、QTL定位及对其进行更深入的研究提供了基础资料。

摘要： 目的构建长爪沙鼠基因组文库,旨在进一步从基因组文库中筛选长爪沙鼠微卫星位点.方法采用饱和酚-氯仿抽提方法,从长爪沙鼠的肾脏提取长爪沙鼠的基因组DNA,通过限制性内切酶Sau3 AI进行部分酶切,回收9～23 Kb片断,用T4 DNA连接酶将回收片断与Lambda BlueSTAR BamHI vecter连接,包装后,NotⅠ酶切鉴定.结果文库滴度为1.2×106;插入片断长度在10～23 kb范围,成功构建了长爪沙鼠基因组文库.

摘要： 鸭疫里默氏杆菌病是危害养鸭业的重要疫病,其中1型鸭疫里默氏杆菌是该病流行的优势血清型.本研究从临床病鸭中分离并鉴定了1型鸭疫里默氏杆菌,并在提取鸭疫里默氏杆菌的基因组DNA后,用Sau3AⅠ酶切,回收大小为0.07-4 kb的片段;将酶切片段与酶切的质粒载体pRSET连接后,电转化大肠杆菌JM109,成功构建了Ⅰ型鸭疫里默氏杆菌的基因组文库,经检测库容量约为20150个.随机筛选30个单菌落用pRSET通用引物进行PCR鉴定,统计结果显示插入片段的大小83.3％在1-3 kb范围内,显示所构建的鸭疫里默氏杆菌基因组文库为一个高质量的文库,为鸭疫里默氏杆菌功能基因的克隆及鉴定奠定了基础.

摘要： 鸭疫里默氏杆菌病是危害养鸭业的重要疫病.本研究提取鸭疫里默氏杆菌的基因组DNA后,用Sau3AⅠ酶切,并回收大小为0.07-4kb的片段;酶切片段与质粒载体PUC18连接后,电转化大肠杆菌JM109,成功构建了Ⅰ型鸭疫里默氏杆菌的基因组文库,库容量约为20167个.随机筛选30个单菌落用pUC18通用引物进行PCR鉴定,并统计PCR片段大小的重复区域结果表明,所构建的RA基因组文库为一个高质量的文库.为鸭疫里默氏杆菌的抗原基因的克隆及功能研究奠定了基础.

摘要： 本研究以分子生物学手段对复合菌系分解木质纤维素的功能酶基因进行初步研究，并通过功能宏基因组学的方法筛选并表达纯化其在分解过程中的功能蛋白基因。利用CTAB法提取复合菌系XDC-2的总DNA，并通过脉冲电泳分离出25-40KB的DNA片段，构建Fosmid宏基因组克隆文库。进一步筛选内切葡聚糖酶(CMCase)基因、外切葡聚糖酶(4-MUCase)基因和β-葡萄糖营酶基因。用宏基因组的分析方法对复合菌系进行研究是对复合菌系研究的进一步深入和探索。

摘要： 采用了从富集的基因组文库分离微卫星的方法，开发出了茶的16个微卫星的位点，其中有12个二核苷酸的重复和4个三核苷酸的重复：(AC)，(AC)，(AG)AA(AG) G(GA)，(CT)，(CT),(GA)，(TC)C(CT)，(TC)，(TC) TATCTA(TC)，(TC)C(CT)T(TC)，(TG)，(TG)A(GA)，(AAG)，(CAC),(CAC)，(GGT)。

摘要： 野生动物资源是大自然赋予人类宝贵的财富,但是近100年来由于人类经济活动的不断加剧,使野生动物栖息的自然资源和生态系统遭受到严重破坏,物种灭绝的速度超过自然灭绝速度的100倍,保护野生动物就是保护人类自己,因此收集和保存我国野生动物基因资源的行动已迫在眉睫.本实验室通过构建基因组文库、cDNA文库、干细胞库与成纤维细胞库等对我国珍惜野生动物遗传资源实现较为全面的高层次和立体式保存.东北虎(Panthera tigris altaia)是我国珍稀濒危物种之一,现分布在俄罗斯远东,中国的东北和朝鲜北部.中国东北虎90年代初专项调查黑龙江省东部山区仅剩12只,加上吉林省珲春县最多20只,野生种群极为稀少.孟加拉虎(Panthera tigris tigris)也是国家一级保护动物,现在我国主要分布于云南、西藏地区,数量在10只左右.但我国人工饲养东北虎与孟加拉虎的数量已经很高,尤其黑龙江东北虎园已繁育和饲养东北虎、孟加拉虎等600余只,为我们构建其细胞库,从细胞水平上保存东北虎与孟加拉虎的遗传资源奠定了基础和条件。

摘要： 图位克隆是在不清楚基因产物结构和功能的情况下,根据基因在染色体上都有稳定的基因座实现的.随着各种分子标记技术和高质量基因组文库构建技术的快速发展,图位克隆现已经成为分离生物体基因的一种常规技术.本文主要概述了图位克隆的一般步骤,包括目的基因的初步定位、精细定位和遗传做图、染色体步行和登陆及利用功能互补实验鉴定目的基因.最后,对图位克隆技术存在的局限和发展前景作了初步的分析。

摘要： 文昌鱼在脊椎动物起源与进化研究中占居重要地位.尽管国外已构建了佛罗里达文昌鱼的BAC文库,考虑到我国产的白氏文昌鱼与该物种有较大的遗传差异,我们构建了产自厦门的白氏文昌鱼基因组BAC文库.该BAC文库共有45312个克隆,从中随机抽取了318个克隆经NotⅠ酶切和脉冲场电泳分析结果表明,文库的平均插入片段大小120kb,以文昌鱼基因组大小为400Mb计算,文库的覆盖度达12X,理论上从该文库中筛得任何一个文昌鱼的基因或基因片段的概率为99.9995﹪.因此,该文库是文昌鱼和比较与功能基因组研究的重要资源之一.

摘要： 本文提供了制备用于确定来自多个单细胞的核酸的甲基化状态的测序文库的方法。本发明方法将分开‑合并式组合指标化与亚硫酸氢盐处理技术组合，以快速、准确并且廉价地表征大量单细胞的甲基化概况。

摘要： 本发明公开了一种利用可转化大片段基因组文库发掘野生稻有利基因的方法，它包括构建野生稻可转化大片段基因组文库，通过转基因技术将大片段克隆导入到栽培稻中，建立全基因组基因敲入突变体库。通过对突变体中大片段克隆控制的性状和遗传模式的田间筛选，获得产量、抗性、品质等性状得到显著改良的转基因突变体水稻新材料。同时，含有有利基因的大片段克隆一经鉴定，即可快速用于其它栽培稻品种，使现有水稻品种得到整体改良。这一技术也适用于发掘其他植物基因资源。

摘要： 本发明提供一种人线粒体基因组文库构建的方法及应用。针对线粒体基因组的特点，对新旧样本采用两段法来扩增整条线粒体DNA；具有重叠特性的两条线粒体DNA扩增引物把线粒体全长扩增，增加其保真性，然后3个反应池的多重PCR所需要的探针组分，每个反应池的探针数分别为33对进行线粒体全基因组捕获，利用不同样本进行生物素标记的线粒体通用接头的特异性芯片，对寡核苷酸混合物进行扩增，形成带生物素标记的线粒体DNA探针文库。本发明实现了利用高通量筛查方法及应用，较单独进行位点一代测序的检测更快速、经济、简便，且对设备及环境要求低，利于推广和应用，适用于耳聋相关人群的大规模筛查和预防性检查。

摘要： 本发明提供了一种构建简化基因组文库的方法及试剂盒。该方法包括：利用第一对引物对全基因组进行非特异性扩增，得到随机扩增片段；利用第二对引物对随机扩增片段进行特异性扩增，得到简化基因组文库。该方法利用非特异性扩增在基因组上存在随机性的特点，无需高质量或高浓度的DNA，无需繁琐的酶切建库步骤，只需要对样本DNA进行简单的PCR反应，可以随意选择目标片段。通过简单更改PCR退火温度或引物序列就可以灵活控制目标片段在全基因组的覆盖区域。该方法步骤简捷易行、灵活度高、成本较低，而且测序结果准确性高。

摘要： 本发明提供了一种来源于土壤宏基因组文库的壳聚糖酶基因，其DNA序列如SEQID NO：1所示。还提供了该基因编码得到的壳聚糖酶、包括该基因的重组质粒，还提供了含有该基因的大肠杆菌工程菌及其获取方法。该壳聚糖酶基因获取方法简单，并提供了包含该基因的大肠杆菌工程菌，该菌株能够高效表达获得壳聚糖酶，获得的壳聚糖酶经生物信息学分析表明该壳聚糖酶属于糖苷水解酶第46家族，其催化活性高、热稳定性好，最适作用温度为55°C、pH为6.0，具有较大的工业价值和经济价值。

摘要： 本发明公开了一种利用可转化大片段基因组文库发掘野生稻有利基因的方法，它包括构建野生稻可转化大片段基因组文库，通过转基因技术将大片段克隆导入到栽培稻中，建立全基因组基因敲入突变体库。通过对突变体中大片段克隆控制的性状和遗传模式的田间筛选，获得产量、抗性、品质等性状得到显著改良的转基因突变体水稻新材料。同时，含有有利基因的大片段克隆一经鉴定，即可快速用于其它栽培稻品种，使现有水稻品种得到整体改良。这一技术也适用于发掘其他植物基因资源。

摘要： 本公开提供了用于鉴定编码天然产物的多基因簇(MGC)的方法和系统。在一些实施例中，本公开还教示了用于产生适于MGC搜索生物信息工具和技术的经测序且经组装的宏基因组文库的方法。

摘要： 本发明涉及靶向克隆技术领域，特别涉及一种基于线性质粒载体从基因组文库中靶向克隆目标片段的方法。包括：带有tos的环形质粒通过PCR扩增方式，在体外扩增并使用TelN原端粒酶酶切获得线性化的克隆载体同时，在载体两端引入与目标基因组片段侧翼相同的序列，得到高浓度线性化载体；将线性化载体与基因组文库进行体外组装，得到组装产物；在宿主基因中整合入TelN蛋白表达基因，得到整合有TelN蛋白的宿主；将组装产物转入整合有TelN蛋白的宿主中，筛选目标片段。本发明技术具有高效、靶向性强、低成本、大容量、易操作等特点。基于该发明能实现对基因组大片段的高效率一步克隆，实现最大156kb长度基因组序列的克隆。

摘要： 一种基于高通量测序的胃癌靶向治疗基因组文库的构建方法及引物，所述引物的序列为SEQ ID No.1~SEQ ID No.94。本发明的检测方法安全快速，基于高通量测序的肿瘤样本数据分析速度可在24小时内完成；并且检测通量高。

摘要： 本发明涉及一种宏基因组文库及建库方法和应用，属于感染病原诊断技术领域。该方法包括以下步骤：S1：提取待测样本中的基因组核酸；S2：在片段化缓冲液体系中加入按照活性单位比1:6‑8的量加入基因组核酸和转座酶复合体，进行片段化和加接头反应；所述片段化缓冲液中包括数均分子量≥20,000的拥挤分子；S3：在S2步骤得到的溶液中直接加入引物和扩增试剂，对文库进行扩增；S4：对扩增后的文库进行纯化，即得。该方法适用于复杂核酸宏基因组条件，应用于临床感染病原诊断。该方法经过严格系统的优化后得出，不仅操作简便，耗时短，还能够提高文库复杂度，富集临床样本中mcfDNA，提高了检测灵敏度，增加了宏基因组对病原检测的灵敏度。