基因组成

摘要： 人类肠道中定殖了庞大而复杂的微生物群落,是最多样化的宿主相关微生物组(microbiome)之一,由数百种微生物物种(species)和菌株(strains)组成。这些肠道微生物对人类的健康有着重要影响。同一微生物物种的菌株往往包括明显不同的基因组成或调控元件,这使得菌株具有不同的功能,包括在某些生态位的适应性、运动能力、毒力和抗生素抗性。同一物种的菌株变体可能在宿主健康和疾病中发挥不同的作用。

摘要： 牛结节性皮肤病(Lumpy skin disease,LSD)是由牛结节性皮肤病病毒(Lumpy skin disease virus,LSDV)引起的牛的一种急性、亚急性传染病[1]。LSDV为双链DNA病毒,有囊膜,全基因组由约156个假定基因组成,只有一个血清型,代表毒株为南非Neethling株。LSDV与绵羊痘病毒(sheeppox virus,SPV)和山羊痘病毒(goatpox virus,GPV)共同构成山羊痘病毒属,该属成员之间同源性很高,血清学有很强的交叉反应。

摘要： 有人说,人类的历史就是一部不断认识自己的历史。“我”是谁?“我”从哪里来?“我”有什么特征?“我”会向哪里去?这些都是千古之问。还有人说,尽管人类只有一个基因组,但它由2万-3万个基因组成,在世界上你找不到任何两个完全相同的人,每个人的身体就是一个小宇宙,它充满了各种各样的奥秘。

摘要： 美国科学家在加利福尼亚州的泥地发现了奇怪的DNA链,他们将其命为“博格人”(《星际迷航》中的夕卜星种族)。严格意义上讲,这些链不具有活性,而是由从微生物体内同化的基因组成的。作为迄今为止发现的最长的染色体外遗传物质,这些链很可能会进入单细胞古细菌体内,帮助它们分解甲烷。

摘要： 目的探索柯萨奇病毒B组5型(Coxsackievirus group B5,CVB5)分离株VP1区序列基因组成和密码子使用模式。方法在GenBank核苷酸数据库检索CVB5毒株的VP1区全长序列,应用CodonW软件,计算CVB5分离株基因组成和密码子使用偏爱性参数,包括密码子和氨基酸含量、同义密码子各碱基含量、同义密码子第3位GC含量(GC_(3))、有效密码子数(ENC)和同义密码子相对使用度(Relative Synonymous Codon Usage,RSCU);通过ENC曲线、中性绘图、RSCU和奇偶规则(PR2)分析自然选择和突变对病毒的进化影响。结果共纳入413株CVB5分离株,其VP1区碱基含量由高到低依次为A(29.78%)、C(24.84%)、G(24.16%)、T(21.22%);密码子第3位密码子含量均值分别为A_(3)(25.90%)、T_(3)(23.31%)、C_(3)(26.31%)和G_(3)(24.49%);密码子含量前3位依次为GTG(4.67%)、ACA(3.73%)和CCA(3.70%),氨基酸含量前3位依次为Thr(11.25%)、Ser(8.11%)和Val(7.92%);共有59组密码子,其中29个同义密码子相对使用度(RSCU)均值>1,占49.15%。CVB5毒株VP1区有效密码子数(ENC)值为(55.96±2.40),中性绘图分析显示,GC_(3)和GC_(12)含量有统计学关联,但相关性较弱(b=0.046,r=0.316,P<0.001);PR2分析显示,自然选择对CVB5病毒密码子使用偏爱性作用为95.40%。结论 CVB5分离株总体密码子使用相似、偏爱性较弱,受到自然选择和突变双重影响,病毒进化相对保守。

摘要： 免疫疗法在过去的十年中取得了巨大的进展,但在临床治疗中,该疗法仅能对小部分肿瘤患者产生效果。一项于2020年9月23日发表在Nature上的研究认为,新的癌症治疗方法应该考虑肿瘤的基因组成,某些基因突变能帮助癌细胞逃过免疫系统的攻击。

摘要： 癌症与基因组成有关吗我们接受的很多观念都是会破坏自身抗癌能力的谬论，例如很多人深信癌症主要同我们自身的基因组成有关，而与我们的生活方式无关。然而，当我们看过研究结果后，会发现事实恰恰相反。

摘要： 本发明涉及一种基因组编辑载体、其组成的基因组编辑系统及应用，尤其涉及一种嗜热真菌基因组DNA编辑载体、其组成的基因组编辑系统CRISPR/Cas9及编辑方法和应用，所述基因组编辑载体包括启动sgRNA的编码DNA转录的启动子，所述启动子为RNA聚合酶III型U6型启动子，应用所述基因组编辑系统能够显著提高毁丝霉菌株M.thermophile和M.heterothallica基因组编辑效率，可以实现毁丝霉基因组多位点的同时编辑，进而获得多基因突变体菌株，该系列突变菌株能够显著提升纤维素酶生产能力，能够用于高产纤维素酶的嗜热真菌基因工程的改造；所述基因组编辑系统还能够促进嗜热毁丝霉基因功能的研究，同时对嗜热工业纤维素酶生产菌株的基因组定向编辑和代谢工程改造有着重要意义。

摘要： 本发明提供一种基于ADMIXTURE‑MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法，属于水产动物品种组成领域，方法包括步骤：获得未知品种水产动物基因组SNP标记数据；对参考水产动物进行筛选；估计水产动物基因组品种组成。针对以往的ADMIXTURE模型对不同种扇贝的相似基因序列产生小分量的问题，本发明使用稀疏优化方法产生稀疏解来降低传统模型由基因相似性而产生的估计GBC噪音。我们发现传统L1范数约束模型产生的稀疏解不稳定，虽然可以减少ADMIXTURE小分量的问题，但估计GBC组成与真实GBC组成往往会发较大偏离。为了克服传统算法使用L1范数约束导致严重GBC估计偏差的缺陷，本发明提出使用非凸函数MCP约束来替代L1范数约束，其能够在减少GBC噪声同时，更能产生更接近无偏估计GBC结果。

摘要： 本文公开了针对转基因事件进行高通量分析的方法。所述方法使用经剪切的基因组DNA的文库，其连接到专门的接头并且合并以用于序列分析以及与已知基因组和插入序列的比较。所述方法可用于检测表征插入位点、转基因完整性，以及转基因拷贝数。

摘要： 本发明涉及一种基因组编辑载体、其组成的基因组编辑系统及应用，尤其涉及一种嗜热真菌基因组DNA编辑载体、其组成的基因组编辑系统CRISPR/Cas9及编辑方法和应用，所述基因组编辑载体包括启动sgRNA的编码DNA转录的启动子，所述启动子为RNA聚合酶III型U6型启动子，应用所述基因组编辑系统能够显著提高毁丝霉菌株M.thermophile和M.heterothallica基因组编辑效率，可以实现毁丝霉基因组多位点的同时编辑，进而获得多基因突变体菌株，该系列突变菌株能够显著提升纤维素酶生产能力，能够用于高产纤维素酶的嗜热真菌基因工程的改造；所述基因组编辑系统还能够促进嗜热毁丝霉基因功能的研究，同时对嗜热工业纤维素酶生产菌株的基因组定向编辑和代谢工程改造有着重要意义。

摘要： 本发明提供一种基因组叠阵组装方法及系统、一种基因组架构组装方法及系统以及一种基因组序列组装方法及系统，属于生物信息技术领域。本发明通过稳健回归技术优化一个全局损失函数来确定测序序列之间的叠落关系，消除假阳性比对的干扰，从而得到更准确的组装叠阵集，避免组装基因组上拷贝数的缺失或者错误拼接；基于回归矩阵计算进行叠阵排列的估计，对异常值的容忍度更高，除非歧义的样本信息数量多于真实样本的数量，不会出现“崩溃”的情形；通过重抽样技术对测序数据进行多次独立地采样、组装、改进、评估，然后整合成最终的组装基因组，可以减少由测序数据中的噪音给组装结果带来的不确定性，降低组装结果对组装参数选择的敏感性。

摘要： 本发明公开了一种用于宏基因组测序数据的微生物物种与功能组成分析方法，包括下列步骤：1)切除原始数据中的接头序列片段、低质量片段，滤除过短序列、含模糊碱基序列；2)使用上述获得的数据进行物种注释，3)对剔除非目物种后的序列进行拼接，4)对叠连群序列进行相似性聚类，5)使用blastn算法，6)预测非冗余的叠连群序列中的基因区域，7)将非冗余蛋白序列集与各类蛋白注释数据库进行比对，8)计算基因序列丰度，本发明满足了拼接产生的叠连群序列的进一步分析，避免了结果假阳性高，依赖于专用数据库的构建，适用面窄的问题；灵敏度高，提高了准确性。

摘要： 本发明涉及用于在基因组中表征DNA序列组成的方法。具体地，本文公开了针对转基因事件进行高通量分析的方法。所述方法使用经剪切的基因组DNA的文库，其连接到专门的接头并且合并以用于序列分析以及与已知基因组和插入序列的比较。所述方法可用于检测表征插入位点、转基因完整性，以及转基因拷贝数。

摘要： 本发明提供一种基于ADMIXTURE‑MCP模型估计水产动物基因组品种组成的新方法，属于水产动物品种组成领域，方法包括步骤：获得未知品种水产动物基因组SNP标记数据；对参考水产动物进行筛选；估计水产动物基因组品种组成。针对以往的ADMIXTURE模型对不同种扇贝的相似基因序列产生小分量的问题，本发明使用稀疏优化方法产生稀疏解来降低传统模型由基因相似性而产生的估计GBC噪音。我们发现传统L1范数约束模型产生的稀疏解不稳定，虽然可以减少ADMIXTURE小分量的问题，但估计GBC组成与真实GBC组成往往会发较大偏离。为了克服传统算法使用L1范数约束导致严重GBC估计偏差的缺陷，本发明提出使用非凸函数MCP约束来替代L1范数约束，其能够在减少GBC噪声同时，更能产生更接近无偏估计GBC结果。

摘要： 本发明涉及一种用于人类基因组成熟tRNA谱检测的接头、引物组和试剂盒，建立了人类基因组成熟tRNA谱的检测方法。本发明克服了tRNA检测步骤冗余、基因组编码tRNA冗余和tRNA表达标准化等困难，只需要使用本发明的新型接头和引物组即可应用常规qPCR完成人类基因组中所有成熟tRNA水平的检测，实现快速、准确、高通量检测成熟tRNA谱的转录水平变化。

摘要： 本发明公开了一种半乳糖‑PEG‑肌醇‑PEI基因载体及其与基因组成的复合物和应用。本发明提供的半乳糖‑PEG‑肌醇‑PEI基因载体是由活化的肌醇与聚乙烯亚胺经一步反应得到肌醇‑聚乙烯亚胺，并进一步与PEG修饰的靶向配体结合，得到新的具有肝靶向作用的半乳糖‑PEG肌醇‑聚乙烯亚胺基因载体。该载体的生物相容性好，毒性低，基因转染效率高；此外，该载体具有肝靶向作用和免疫刺激作用，是一类适宜的肝部免疫基因治疗的载体。