基因组不稳定性

摘要： 结合TCGA数据库中宫颈癌的lncRNA表达谱和体细胞突变谱,构建基于突变假设的计算框架,鉴定出36个与宫颈癌基因组不稳定性相关的lncRNA;对其共表达的基因功能进行分析,发现与36个lncRNA共表达的基因在2-氧代戊二酸代谢过程和2-氧羧酸代谢通路中富集。构建了基于基因组不稳定性衍生的两个lncRNA的基因特征(GILncSig),将Train组患者分为高风险组和低风险组,两组患者生存率显著不同,这一结果在Test组患者中得到进一步验证。通过独立预后分析,结果显示GILncSig可独立于其他临床性状,作为宫颈癌患者的整体生存相关独立预后因子。总之,本研究为进一步探讨lncRNA在基因组不稳定性中的作用提供了关键的方法和资源,为识别基因组不稳定性相关的肿瘤标志物提供了新的预测方法。

摘要： 宫颈癌是一种常见的妇科恶性肿瘤,严重威胁女性的生命健康.高危型人乳头瘤病毒(HR-HPV)持续感染是导致宫颈癌的主要原因.已知从HPV感染进展到宫颈癌历时较长,这为宫颈癌的癌前筛查提供了可能.因此,了解HPV自身及其致癌机制十分重要,本文就不同HPV分子的致癌潜能、HPV的生命周期、HPV致宫颈癌变的中心环节及其导致的宿主细胞基因组不稳定性和体细胞基因突变作如下综述.

摘要： 淋巴瘤是最常见血液系统恶性肿瘤之一,基因组不稳定性是淋巴瘤发生和发展的重要分子基础,对淋巴瘤的诊断和预后有重要价值.基因组不稳定性包括基因水平的微卫星不稳定性(microsatellite instability,MSI/MIN)和染色体水平的染色体不稳定性(chromosomal instability,CIN)2种类型.通过对淋巴瘤相关基因改变的研究,寻找与淋巴瘤发生相关的不稳定基因,探索其参与淋巴瘤发生和发展的机制,能为淋巴瘤精准医学研究提供重要的分子生物学依据.

摘要： 真核生物基因组DNA主要以染色体的形式存在于细胞核中,染色体结构的稳定及其动态变化对于真核生物遗传信息从亲代到子代中的准确传递和维持细胞的正常功能是必不可少的。染色体结构维持蛋白(Structure Maintenance of Chromosome, Smc)在染色体结构维持及DNA损伤修复方面发挥着关键性的作用。Smc蛋白家族包括3类:黏连蛋白(Cohesin)、凝缩蛋白(Condesin)和Smc5/6复合体(Smc5/6 complex)。Smc5/6复合体在真核生物中分布广泛且高度保守,在DNA损伤同源重组修复、DNA复制、端粒长度维持及胚胎发育中发挥重要作用。本文系统介绍了Smc5/6复合体结构特征和生物学功能领域的相关进展,为深入研究Smc5/6复合体提供理论参考。

摘要： 肿瘤异质性是肿瘤演化过程中出现的一个普遍而又至关重要的表现特征,是肿瘤形成及进一步演进的重要支撑点.尽管近几年,肿瘤异质性内在规律和形成机制等方面的研究有诸多新进展,但肿瘤异质性仍是实现临床精准诊治、克服耐药问题的重大挑战.近几年,随着高通量测序和单细胞测序技术的发展和不断完善,对肿瘤单个细胞或全基因组测序已逐步揭示肿瘤异质性的时空变异和分子机制.本篇文章对肿瘤异质性的复杂性、形成机制和对肿瘤演进的影响以及对临床诊治带来的挑战的最新研究进展进行综述.

摘要： 目的:以小鼠骨髓基质细胞细胞系OP9细胞为研究对象,探索化疗药物柔红霉素(DNR)对其造成的氧化性损伤.方法:采用TMRM探针流式细胞术检测线粒体膜电位;用DCFDA探针流式细胞术检测活性氧(ROS);实时荧光定量PCR检测OP9细胞抗氧化酶系谷胱甘肽过氧化物酶(GPX)的分子表达;流式细胞术检测组蛋白γ-H2AX的表达.结果:与正常OP9细胞相比,经DNR处理的OP9细胞的TMRM阳性率降低56.7％(P＜0.05);经DNR处理后的OP9细胞DCFDA阳性率增加了3.52倍(P＜0.01);DNR处理的OP9细胞的GPX4表达下降44.22％(P＜0.001);GPX7表达下降65.7％(P＜0.001);GPX8表达下降24.7％(P＜0.001);DNR处理后的OP9细胞的γ-H2AX阳性率增加(P＜0.05).结论:DNR处理后的OP9细胞线粒体膜电位降低;活性氧水平增加;抗氧化酶系GPX分子表达均有明显下降;基因组不稳定性明显增加,细胞氧化性损伤增加.

摘要： 目的:探讨白藜芦醇(RSV)对人结肠上皮细胞株NCM460及结肠癌细胞株SW620增殖和基因组不稳定性(GIN)的影响.方法:选用NCM460和SW620细胞为研究材料,以台盼兰拒染法检测不同浓度RSV(3.125、6.25、12.5、25、50、100μmol/L)对细胞增殖的影响;以CBMN-Cyt和集落形成实验分别检测不同浓度RSV(25、100μmol/L)对GIN和细胞集落形成能力的影响.结果:与对照组相比,6.25～100μmol/L的RSV对SW620细胞的增殖具有明显的抑制作用(P<0.05),100μmol/L的RSV处理后细胞凋亡率增加、GIN上升、细胞集落形成能力降低(P<0.05或0.01);同时,相同浓度的RSV可以降低NCM460细胞的GIN,促进细胞分裂并增强细胞集落形成能力(P均<0.05).结论:RSV可维护正常细胞结肠上皮细胞NCM460的基因组稳定性,同时显著提高结肠癌细胞SW620的GIN发生率,可能是其在结肠癌治疗中表现出较好的抗癌效应及正常细胞保护作用的分子基础.

摘要： 为了解长期航天飞行对健康的影响,对一名在国际空间站执行一年期任务的航天员进行了飞行前、飞行中和飞行后监测,并以他的同卵双生兄弟作为遗传匹配的地面对照。通过纵向评估识别出了一些航天飞行特定变化,包括体重下降、端粒伸长、基因组不稳定性、颈动脉扩张和內膜厚度增加、眼部结构改变、转录和代谢变化、免疫和氧化应激相关通路中的DNA甲基化变化、胃肠道微生物群变化,以及飞行后一些认知能力下降。虽然在返回地球后6个月内,平均端粒长度、整体基因表达和微生物组变化恢复到了接近飞行前水平,但观察到了短端粒数量增加,一些基因的表达仍受到干扰。这些关于多组学、分子、生理和行为的数据集为未来人类航天飞行的假定健康风险提供了一个有价值的路线图。

摘要： 2019年3月15日,北京师范大学樊小龙教授团队与首都医科大学附属北京天坛医院、北京市神经外科研究所的江涛教授团队及天津医科大学康春生教授团队合作,在美国科学院院刊(PNAS)在线发表题为《Elevated signature of a gene module coexpressed with CDC20marks genomic instability in glioma》的文章(DOI:10.1073/pnas.1814060116),该文基于胶质瘤转录组数据库,首次发现并建立了CDC20-M共表达模块,CDC20-M在胶质瘤的基因组不稳定性检测、预后评估及治疗靶点筛选上具有重要意义.

摘要： 本文目的在于对γ射线诱发CHL细胞产生的直接效应、基因组不稳定性以及子代细胞中产生的延迟效应进行初步的探讨。将对数生长期的细胞分成不同的剂量组, γ射线照射后,对受照存活细胞进行单细胞凝胶电泳(SCGE)和微核发生率(MF)的测定。同时,将一部分受照存活细胞继续传代培养,待其传至33代时,再给予2Gy的照射剂量进行二次照射,然后再进行单细胞凝胶电泳和MF的测定。结果表明,首次照射剂量与子代二次照射后的损伤程度存在剂量效应关系。得出结论γ射线不仅能直接诱导CHL细胞产生直接生物效应,而且也可以在其受照细胞子代中诱发基因组不稳定性。

摘要： 目的：总结国内外对核苷酸及有关核苷酸类药物对肿瘤基因组不稳定性作用的研究现状. 方法：检索Medline和全国图书馆参考咨询联盟、万方医学网(中文和英文数据库均需检索),1998年1月—2015年5月发表的、关于核苷酸及核苷酸类药物对肿瘤基因组不稳定性作用的对照研究.遵循严格的纳入标准和剔除标准,提取文献的数据进行分析. 结果：共检索到英文文献7165篇,中文文献53篇.最后纳入分析的英文文献36篇,中文文献2篇.在检测到的28篇英文文献中,5篇主要是表明多数恶性肿瘤细胞存在染色体及其基因组的不稳定性,并解释其原因与癌细胞的DNA复制时的应激状态相关.2篇文献的研究涉及低核苷酸水平对基因组的不稳定性.2篇文献的研究涉及补充外源性核苷酸对基因组具有稳定性的作用.6篇文献的研究证明,激活核苷酸的生物合成通路,补救了复制应激和基因组的不稳定性.7篇,是关于核苷酸类药物及最近开发的新药的抗癌机制,一般是通过并入癌细胞中的DNA链而阻断DNA合成,并可能导致癌细胞凋亡.3篇英文文献主要涉及癌细胞的抗药作用.2篇中文文献表明,8-氯腺苷阻滞肿瘤细胞在G2/M期,并由此激活凋亡信号通路而诱导细胞凋亡. 结论：核苷酸类药物嵌入DNA链后导致基因组变化呈多样性,对于癌症有治疗价值,也有不可忽视的并发症.

摘要： 目的：研究HAVCR2基因沉默对基因组不稳定肝细胞凋亡及细胞周期的影响.方法：利用慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术沉默基因组不稳定肝细胞中HAVCR2基因的表达,通过流式细胞术研究HAVCR2基因沉默对细胞周期及凋亡的影响;利用实时荧光定量PCR检测HAVCR2基因沉默后p53基因的表达变化.结果：慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术能有效沉默HAVCR2基因mRNA的表达,HAVCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞G1期细胞百分数减少,G2、S期细胞百分数升高,细胞凋亡率较阴性对照组降低;实时荧光定量PCR检测表明HA VCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞53基因的下调表达.结论：HAVCR2可能通过调节p53基因的表达参与细胞周期及凋亡调控,进而维持肝细胞基因组的稳定性.

摘要： 目的：研究HAVCR2基因沉默对基因组不稳定肝细胞凋亡及细胞周期的影响.方法：利用慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术沉默基因组不稳定肝细胞中HAVCR2基因的表达,通过流式细胞术研究HAVCR2基因沉默对细胞周期及凋亡的影响;利用实时荧光定量PCR检测HAVCR2基因沉默后p53基因的表达变化.结果：慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术能有效沉默HAVCR2基因mRNA的表达,HAVCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞G1期细胞百分数减少,G2、S期细胞百分数升高,细胞凋亡率较阴性对照组降低;实时荧光定量PCR检测表明HA VCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞53基因的下调表达.结论：HAVCR2可能通过调节p53基因的表达参与细胞周期及凋亡调控,进而维持肝细胞基因组的稳定性.

摘要： 目的：研究HAVCR2基因沉默对基因组不稳定肝细胞凋亡及细胞周期的影响.方法：利用慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术沉默基因组不稳定肝细胞中HAVCR2基因的表达,通过流式细胞术研究HAVCR2基因沉默对细胞周期及凋亡的影响;利用实时荧光定量PCR检测HAVCR2基因沉默后p53基因的表达变化.结果：慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术能有效沉默HAVCR2基因mRNA的表达,HAVCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞G1期细胞百分数减少,G2、S期细胞百分数升高,细胞凋亡率较阴性对照组降低;实时荧光定量PCR检测表明HA VCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞53基因的下调表达.结论：HAVCR2可能通过调节p53基因的表达参与细胞周期及凋亡调控,进而维持肝细胞基因组的稳定性.

摘要： 目的：研究HAVCR2基因沉默对基因组不稳定肝细胞凋亡及细胞周期的影响.方法：利用慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术沉默基因组不稳定肝细胞中HAVCR2基因的表达,通过流式细胞术研究HAVCR2基因沉默对细胞周期及凋亡的影响;利用实时荧光定量PCR检测HAVCR2基因沉默后p53基因的表达变化.结果：慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术能有效沉默HAVCR2基因mRNA的表达,HAVCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞G1期细胞百分数减少,G2、S期细胞百分数升高,细胞凋亡率较阴性对照组降低;实时荧光定量PCR检测表明HA VCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞53基因的下调表达.结论：HAVCR2可能通过调节p53基因的表达参与细胞周期及凋亡调控,进而维持肝细胞基因组的稳定性.

摘要： 目的：研究HAVCR2基因沉默对基因组不稳定肝细胞凋亡及细胞周期的影响.方法：利用慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术沉默基因组不稳定肝细胞中HAVCR2基因的表达,通过流式细胞术研究HAVCR2基因沉默对细胞周期及凋亡的影响;利用实时荧光定量PCR检测HAVCR2基因沉默后p53基因的表达变化.结果：慢病毒介导的RNA干扰(RNAi)技术能有效沉默HAVCR2基因mRNA的表达,HAVCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞G1期细胞百分数减少,G2、S期细胞百分数升高,细胞凋亡率较阴性对照组降低;实时荧光定量PCR检测表明HA VCR2基因的沉默诱发基因组不稳定肝细胞53基因的下调表达.结论：HAVCR2可能通过调节p53基因的表达参与细胞周期及凋亡调控,进而维持肝细胞基因组的稳定性.

摘要： 空间环境是由多种因素包括微重力、辐射、磁场等构成的复杂环境。在这些因素的作用下必然会对处于该环境中的生物体产生影响。以往的研究表明，空间飞行能够导致染色体的畸变，基因表达的改变以及植物表型的突变。DNA甲基化调节途径在生物体对抗环境因素变化的过程中发挥着重要的作用。在空间这一环境因素的影响下，生物体很可能也会发生表观遗传学的改变尤其是DNA甲基化的变化。rn 与哺乳动物不同，植物固着的生活方式决定了只有更为有效的适应机制才能使植物在不断变化的环境中生存。那么空间飞行能否产生DNA甲基化的变化以及产生什么样的DNA甲基化变化都是需要探讨的问题。我们将水稻种子在神舟6号航天器上进行了搭载。

摘要： 空间环境是由多种因素包括微重力、辐射、磁场等构成的复杂环境。在这些因素的作用下必然会对处于该环境中的生物体产生影响。以往的研究表明，空间飞行能够导致染色体的畸变，基因表达的改变以及植物表型的突变。DNA甲基化调节途径在生物体对抗环境因素变化的过程中发挥着重要的作用。在空间这一环境因素的影响下，生物体很可能也会发生表观遗传学的改变尤其是DNA甲基化的变化。rn 与哺乳动物不同，植物固着的生活方式决定了只有更为有效的适应机制才能使植物在不断变化的环境中生存。那么空间飞行能否产生DNA甲基化的变化以及产生什么样的DNA甲基化变化都是需要探讨的问题。我们将水稻种子在神舟6号航天器上进行了搭载。

摘要： 一种基于基因组测序的微卫星不稳定性检测系统及方法，微卫星检测位点选择：根据对某种肿瘤样本的测序数据，选择有效检测位点，计算有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准；根据有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准，对检测样本进行微卫星不稳定性检测。本发明不依赖对照样本，可以减少取样是给被检测者带来的痛苦；对照样本中含有被测试者的全部的遗传信息，本发明不使用对照样本可以减少对被测试者隐私泄露的可能性；不检测对照样本可以减少检测的成本。本发明操作方便，成本低，可信度高。

摘要： 一种基于基因组测序的微卫星不稳定性检测系统及方法，微卫星检测位点选择：根据对某种肿瘤样本的测序数据，选择有效检测位点，计算有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准；根据有效检测位点对应的单个微卫星位点不稳定性的阈值以及某种肿瘤样本微卫星不稳定性的评价标准，对检测样本进行微卫星不稳定性检测。本发明不依赖对照样本，可以减少取样是给被检测者带来的痛苦；对照样本中含有被测试者的全部的遗传信息，本发明不使用对照样本可以减少对被测试者隐私泄露的可能性；不检测对照样本可以减少检测的成本。本发明操作方便，成本低，可信度高。

摘要： 本发明涉及医学检测技术领域，公开了一种基因组拷贝数不稳定性的检测装置，包括：测序单元，对待检者浆样中的游离DNA全基因组测序，得到待检样每个基因组窗口的测序条数；计算单元，根据待检样每个基因组窗口的测序条数，计算每个基因组窗口的拷贝数变异值；统计分析单元，对每个基因组窗口的拷贝数变异值进行统计，分析是否存在基因组拷贝数不稳定性。装置检测得到的基因组拷贝数不稳定性可进一步用于判断待检者罹患癌症的风险。发明的检测装置将分子生物学测序技术与生物信息分析技术结合，通过对血液中游离DNA进行检测，达到对染色体拷贝数异常情况的识别，由此来判断待检者是否罹患癌症，实现了对癌症的早期无创筛查。

摘要： 本发明涉及使用双功能PNA探针进行熔解曲线分析的方法、以及使用所述方法诊断微卫星不稳定性的方法和诊断微卫星不稳定性的试剂盒。更具体地，本发明涉及：通过使用能够与相同碱基发生重复的区域特异性结合的荧光PNA探针根据缺失的碱基突变的数量以不同的键合强度结合的荧光PNA探针的结构进行熔解曲线分析的方法；以及通过所述分析方法和通过分析作为结果发生的碱基突变的数量检测相同碱基发生重复的区域中碱基缺失产生的微卫星标记物中的基因突变能够快速准确地确定微卫星不稳定性的诊断方法。根据本发明，通过使用准基因座中具有高灵敏度和特异性的五个微卫星标记物，可以分析微卫星标记物基因是否已以高灵敏度缺失，因此，与现有的MSI诊断方法相比，可以降低成本并且可以减少检查所需的时间。

摘要： 本发明提供了用于衡量基因组不稳定性的检测方法，包括：(1)获取测序数据；(2)确定BAF数值和LRR数值；(3)进行离群点去除；(4)至少一轮分段处理；(5)断点集合合并；(6)对二级分选片段进行合并处理；(7)对三级分选片段进行过滤和切割处理，(8)同分布检验；(9)确定BAF均值，拷贝数均值；(10)对四级分选片段的BAF均值、拷贝数均值百分比序数进行平面坐标轴聚类作图，以便确定待测样本中肿瘤样本的肿瘤纯度；(11)确定待测样本的倍性校正因子；(12)进行BAF数值校正和拷贝数校正；(13)确定A基因型参数值和B基因型参数值；(14)确定变异类型。

摘要： 本发明提出用于衡量基因组不稳定性的试剂盒及其应用，试剂盒含有的探针集合是通过下列步骤确定的：将参考基因组序列划分为多个一级区域，一级区域含有至少一个已知的SNP位点；针对多个一级区域的每一个，进行SNP过滤；选择缺口区域；基于预期间隔，将缺口区域划分为至少一个二级区域；针对至少一个二级区域的每一个，分别进行二级高频SNP搜寻：由二级区域的中心点向两侧至少一次延伸处理；和在至少一次延伸预定长度之后，在所得到的区域中寻找频率最高的SNP，基于一级高频SNP和二级高频SNP汇总作为起始点SNP，确定三级区域；和基于三级区域，构建特异性识别三级区域的探针。利用该方法，能够有效地获得能够有效地用于分析基因组不稳定性的探针组合。

摘要： 本发明公开了一种基因组不稳定性评分作为脑膜转移瘤标志物的用途。所述基因组不稳定性评分等于脑脊液无细胞DNA(cfDNA)胚系杂合突变位点中突变等位基因频率超过上、下四分位数的突变数所占的比例。本发明的基因组不稳定性评分可以作为一个新的脑膜转移瘤预后标志物，用于脑膜转移瘤的基因组不稳定性诊断、预后评估、以及脑膜转移瘤患者颅内高压或脑疝发生风险预测，并可能协助开发潜在的临床治疗策略，具有广阔的应用前景。

摘要： 本发明提出用于衡量基因组不稳定性的试剂盒及其应用，试剂盒含有的探针集合是通过下列步骤确定的：将参考基因组序列划分为多个一级区域，一级区域含有至少一个已知的SNP位点；针对多个一级区域的每一个，进行SNP过滤；选择缺口区域；基于预期间隔，将缺口区域划分为至少一个二级区域；针对至少一个二级区域的每一个，分别进行二级高频SNP搜寻：由二级区域的中心点向两侧至少一次延伸处理；和在至少一次延伸预定长度之后，在所得到的区域中寻找频率最高的SNP，基于一级高频SNP和二级高频SNP汇总作为起始点SNP，确定三级区域；和基于三级区域，构建特异性识别三级区域的探针。利用该方法，能够有效地获得能够有效地用于分析基因组不稳定性的探针组合。

摘要： 本发明提供了用于衡量基因组不稳定性的检测方法，包括：(1)获取测序数据；(2)确定BAF数值和LRR数值；(3)进行离群点去除；(4)至少一轮分段处理；(5)断点集合合并；(6)对二级分选片段进行合并处理；(7)对三级分选片段进行过滤和切割处理，(8)同分布检验；(9)确定BAF均值，拷贝数均值；(10)对四级分选片段的BAF均值、拷贝数均值百分比序数进行平面坐标轴聚类作图，以便确定待测样本中肿瘤样本的肿瘤纯度；(11)确定待测样本的倍性校正因子；(12)进行BAF数值校正和拷贝数校正；(13)确定A基因型参数值和B基因型参数值；(14)确定变异类型。

摘要： 本发明涉及基因组的检测方法，特别是涉及辐射诱发基因组不稳定性的检测方法。本发明所述的检测方法，先给予细胞首次照射，并测定其SCGE与微核发生率，然后对受照后存活的各剂量点的细胞传25代后，测定SCGE与微核发生率，然后对受照后存活的各剂量点的第26或以后的传代细胞进行二次照射，再次测定SCGE结果与微核发生率，通过比较SCGE与微核发生率，即可明显看出二次照射可以诱发基因组不稳定性，细胞表现出明显的扩大损伤效应。采用本发明所述的方法，可以直接检测到基因组不稳定性，克服了传统的直接检测所需观察时间长和发生率太低难以在常规实验条件观察到基因组不稳定性的缺点。