基因序列分析

摘要： 目的:探讨B_(el)01亚型的血清学特征和分子机制。方法:采用血型血清学方法分析该献血者ABO表型,磷酸盐耦联法检测糖基转移酶活性,PCR-SSP法进行ABO亚型基因分型,对第1~7外显子进行测序。结果:血清学试验检测疑为Bel,血清和红细胞上均无D-半乳糖基转移酶活性,ABO血型基因分型结果为BO2,基因测序结果确认为Bel01/O02,外显子1~7测序结果为该样本在B101/O02的基础上发生了16C>T以及18insTTGCA突变,该突变为首次发现。结论:ABO亚型鉴定需采用血清学方法联合基因分型和基因测序。

摘要： 我国西南科技大学菌物学研究团队发现了真菌新物种--绵阳炭角菌。研究人员经过多基因序列分析,发现该物种与已知所有炭角菌属物种的基因序列都有明显差别,因此定义为一个新的物种。因原始标本首次采自绵阳,按照国际惯例就以发现地绵阳进行命名。初步研究表明该菌具有药用价值,可以人工培养,是一种值得深入探究的药用菌新资源。

摘要： 为了对患腹泻疾病的犊牛进行病原学鉴定,并进一步丰富我国牛轮状病毒(BRV)的流行病学数据,本研究采用RT-PCR方法对8份腹泻犊牛的粪便样品进行BRV VP7基因检测,结果显示有1份样品为阳性.将该阳性病料样品接种Marc-145细胞.对产生细胞病变(CPE)的阳性样品连续传5代后,经间接免疫荧光试验(IFA)和电镜观察,结果表明从粪便样品中分离的病毒为BRV,命名为DZ株.对DZ株的11个基因节段进行RT-PCR扩增、测序、拼接后对11个基因节段进行同源性及分型分析;构建分离病毒VP7、VP4基因进化树,分析其遗传进化关系及其氨基酸序列的变异情况.结果 显示,DZ株基因组10个基因节段分别与来源于牛(VP2、VP7、NSP1、NSP3)、犬(VP3、NSP5)、羔羊(NSP2)、马(VP6)、猕猴(VP1)、人(NSP4)以及人-牛基因重配(vP4)的轮状病毒株.其中VP1基因与猕猴轮状病毒(RRV)的同源性最高,为81.3％,但低于VP1基因分型的临界值83％,因此DZ株的VP1为新出现的基因型,命名为R17;分离株NSP3基因与法国RF株NSP3基因的同源性高达98％,DZ株与RF株的NSP3属于同一基因型,命名为T18型.所以,本研究分离的BRV DZ株的基因型为G6-P5-I2-R17-C2-M2-A3-N2-T18-E2-H5.VP7和VP4基因遗传进化分析结果显示,DZ株VP7基因来源于韩国KJ69-1株,VP4基因来源于美国疫苗株RotaTeq-SC2-9.与同源性最高的病毒株相比,DZ株VP4、VP7蛋白氨基酸序列分别发生了9处和8处突变.这些突变可能会引起VP7和VP4蛋白的抗原性和组织嗜性变化,进而影响病毒的免疫原性、宿主嗜性以及致病性.综上所述,DZ株是多宿主来源的基因重配病毒株,且主要抗原蛋白VP7和VP4发生了较大变异.本研究为我国BRV遗传进化及其分子流行病学和疫苗的研究奠定了实验基础.

摘要： 为了明确引起天津地区番茄果实褐化的病因,采用小RNA深度测序技术和RT-PCR技术对采自天津的番茄病样进行鉴定分析.结果表明,引起天津地区番茄果实变褐的病原为番茄花叶病毒.进一步对该病毒进行了全基因组测序,并对该病毒的外壳蛋白(CP)、运动蛋白(MP)和126蛋白进行了序列分析.进化树分析结果表明,天津分离物的3个蛋白基因均与美国分离物USA_99-1)的进化关系最近.相似性分析结果表明,CP基因与其他分离物的平均相似性为95.53％.MP基因与其他基因分离物的平均相似性为95.21％.126蛋白基因与其他分离物的平均相似性为92.72％.对这3个基因编码的蛋白进行分析,结果表明,不同分离物之间的平均相似性均在99.0％及以上.初步表明,在天津发生的番茄花叶病毒可能是由于贸易活动由国外传入天津市.

摘要： 为了解福建省某规模化猪场种公猪猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的流行情况和流行特点.按照10％比例随机采集该场种公猪精液样本17份,通过RT-PCR方法对其进行PRRSV检测及ORF7基因序列分析.结果 表明,9份精液PRRSV呈阳性,样品阳性率为52.7％;遗传进化树分析表明,该猪场PRRSV ORF7基因与QYYZ、GM2、FJFS等谱系3毒株亲缘关系较近,处于同一进化分支,而与VR2332、CH-1a、NADC30、JXA1和HuN4等亲缘关系较远,处于不同的进化分支,表明该毒株为近期新流行的谱系3的毒株.

摘要： [目的]研究海南南瓜上番木瓜环斑病毒(Papaya ringspot virus,PRSV)的全基因组特征及系统进化情况,为南瓜病毒病的综合防控提供依据.[方法]通过DAS-ELISA和RT-PCR等方法,检测采自海南澄迈桥头镇疑似感染PRSV的南瓜叶片中是否存在PRSV,采用分段扩增测序方法拼接获得PRSV-HnPumpkin基因组,利用NC-BI中的BLAST工具、DNAStar和MEGA 6.06软件进行序列分析及系统关系树构建.[结果]DAS-ELISA和RT-PCR检测结果表明,采自海南澄迈桥头镇疑似感染PRSV的南瓜叶片中存在PRSV(PRSV-HnPumpkin).PRSV-HnPumpkin基因组全长为10 327 nt,具有典型的PRSV基因组结构特征,含有1个开放阅读框,编码1个含有3 345个氨基酸的多聚蛋白.PRSV-HnPumpkin与已报道的其他PRSV分离物核苷酸和氨基酸之间的相似性分别为80.6％～95.1％和90.7％～97.9％.系统关系分析表明,PRSV-HnPumpkin与亚洲分离物处于同一组中,且与我国台湾分离物亲缘关系较近.[结论]获得了PRSV-HnPumpkin全序列,但其进化来源有待进一步探讨.

摘要： 为分析四川地区猪流行性腹泻流行状况及分子遗传演化特征,对2016年6月至2018年6月收集的71份猪腹泻病例进行RT-PCR检测与相关的流行病学调查,并对其中4份阳性样品进行ORF3、S1基因的检测与序列分析.结果显示,近2年的发病高峰日分别在1月28日和2月11日,发病高峰期在12月至3月;猪场连年感染数量下降,新疫源地增加;ORF3基因可分为2个基因型,部分毒株发生少量碱基突变;从S1基因高变区段分型结果显示,2016年底至2018年初流行的PEDV毒株为GⅡ群,与目前流行的PEDV变异毒株在同一分支,同源性为92.8％ ～99.3％,碱基变异数量较大,与国内的经典疫苗株CV777亲缘关系较远,同源性为82.7％ ～87.3％,发病时期更集中,较传统PEDV有轻度后移.结果表明,四川地区规模化猪场PED发病率呈下降趋势,对于该病的防控取得初步成效.目前流行PEDV毒株有变异的趋势,为PEDV的防控奠定基础.

摘要： 本试验通过鸡胚矮小试验、血凝特性试验和RT-PCR等方法,从华北地区某鸡场发生疑似肾型传染性支气管炎的发病鸡群分离了1株鸡传染性支气管炎病毒,命名为SX01株.结果显示该分离株能引起鸡胚典型的临床症状;经1％胰酶处理后的尿囊液,可凝集鸡红细胞,而未处理的则无血凝活性;利用RT-PCR对分离株M基因序列测定分析结果显示,SX01株的M基因核苷酸序列与GX-GL分离株同源性高达99.4％,与QX基因型核苷酸同源性高达99.1％,与H120株同源性仅为90％,与BJ株M基因核苷酸同源性较低,为89.4％.遗传进化分析结果显示,该分离株与中国地方型分离株(GX-GL、QX(SDZB0808)、CK/CH/LJL/110302、DY07、IBVSX7)亲缘关系较近,位于同一进化分支,属于LX4型;与H120代表的Mass型疫苗株的亲缘关系较远,是一株肾型IBV毒株.

摘要： 目的：研究调查辽宁地区RhD阴性个体的分子机制及RHD基因的多态性.方法：用间接抗球蛋白方法(IAT)确认RhD阴性个体,采用序列特异性引物-聚合酶链反应(PCR-SSP)扩增RHD基因特异性的外显子1～10,测序分析RHD基因全长编码序列；同时用特异性Rh盒子进行RHD基因的纯合性测定.结果：在117名RhD阴性个体中,84例(71.80％) RhD阴性个体完全缺失RHD基因,23例(19.66％) RhD阴性个体携带RHD1227A等位基因,8例(6.84％)携带RHD-CE-(2-9)-D2融合基因,2例(1.71％)携带RHD711delC等位基因.完全或部分含有RHD基因的个体均含有RhC抗原.结论：辽宁地区RhD阴性个体的RHD基因具有丰富的多态性和不同的遗传背景,主要以RHD基因完全缺失为主,其次部分缺失和无缺失,并存在其他稀有基因型.

摘要： 为分析当地非典型犬瘟热病毒(cDV)核衣壳蛋白(N)基因的序列特征及其表达产物的抗原性，根据已发表cDv的N基因序列设计引物，用RT-PcR方法从引起非典型症状的CDV细胞培养物中扩增N基因，进行克隆和序列分析，结果表明：该非典型CDV的N基因与已发表的12个CDV强毒株的核苷酸序列和氨基酸序列同源性分别在96．6％～99．2％和97．9％～99．4％之间，与已发表的4个CDV疫苗弱毒株的同源性分别在93．2％～93．6％和96．4％～97．5％之间;在N基因系统发育进化树上，非典型CDV与12个强毒株处在同一亚群，而且与9个中国分离毒株的亲缘关系近于3个国外毒株。N基因在大肠杆菌中表达的重组N蛋白的分子量为62 ku，主要以包涵体的形式存在;用western blot分析，重组N蛋白可与CDV阳性血清发生特异性反应;以纯化的重组N蛋白为抗原建立的CDV抗体间接EUSA检测方法具有良好的特异性。

摘要： 为了更深入了解H4亚型AIV的来源及遗传进化情况，作者对一株从鸭体内分离的H4N2亚型AIV A/duck/Anhui/2010进行全基因组序列测定和遗传进化分析。研究结果表明，H4亚型AIV病毒可以在种间传播，同时有可能感染其他哺乳动物或者具有感染哺乳动物能力的毒株提供基因。HA基因在鸭体内的遗传进化很慢，当鸭体内同时存在集中不同亚型AIV时，可能容易发生基因片段交换或重组，极易出现感染宿主范围扩大或者毒力增强。因此，应密切关注H4亚型病毒的来源、传播以及变异规律的研究。

摘要： 目的：从处理海洋养殖循环水的生物滤器生物膜中分离到1株具有好氧反硝化活性的细菌(菌株2-8),并进一步研究了该菌的系统发育信息及反硝化特性。rn 方法]根据16SrRNA基因序列分析结果确定菌株系统发育信息,采用好氧培养技术,探讨了碳源种类、起始pH、NaCI浓度、C/N、温度和摇床转速对菌株2-8好氧反硝化活性的影响。[结果]该菌株的16S rRNA基因序列与Pseudomonas segetisFR1439T(AY770691)的相似性最高,达到99.9%,因此初步鉴定菌株2-8属于假单胞菌属(Pseudomonas sp.2-8)。rn 碳源类型和C/N对其好氧反硝化作用的影响最为显著,以柠檬酸钠为唯一碳源,C/N为15时脱氮效率最高,低C/N导致亚硝酸盐的积累;其好氧反硝化的最适温度和pH分别为30°C和7.5;菌株2-8在摇床转速为160 r/min下脱氮效果最好;NaCl浓度对其反硝化活性的影响不明显。[结论]在初始硝酸氮浓度为140 mg,L,以柠檬酸钠为唯一碳源、C/N为15、pH为7.5、NaCI浓度为30g/L,30°C以及160 r/min摇床培养的条件下,菌株2-8在48h内脱氮率可达92%且无亚硝酸盐积累。

摘要： 牦牛(Bas grunniens)起源于中国，是一个分布范围比较狭窄的珍稀畜种。线粒体DNA (mtDNA)已被作为探索物种(或品种)的起源、进化以及重建物种的系统发育史的一个比较实用的遗传标记。在蛋白质的合成过程中，同义密码子的使用概率并不相同。目前，尚未见报道通过家、野托牛mtDNA编码蛋白质的基因序列进行密码子偏好性分析，并以此为基础开展牦牛与其他物种的系统聚类关系研究。

摘要： 本文将采集的广东某猪场疑似猪高热症病料处理后接种于Mare-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、ORF3和ORF5基因的引物,扩增目的基因并测序分析.结果表明:分离毒株XH-GD株PRRRSV属于美洲型,且NSP2基因发生30个氨基酸的不连续缺失;XH-GD的NSP2、ORF3和ORF5基因与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh)2002、CH-la和RespPRRS MLV等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.3％～98.9％、88.6％～99.2％、88.1％～99.2％,推导的氨基酸同源性分别为76.8％～98.3％、83.7％～98.8％、88.1％～99.2％;而与LV的等位基因核苷酸同源性分别为52.9％、65.0％和64.3％,推导的氨基酸同源性分别为31.3％、57.5％和58.9％.基因系统发育树分析表明,XH-GD与NX06、BJsy06株的亲缘关系很近,与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh) 2002、CH-la和RespPRRS MLV亲缘关系较近,与LV毒株处于不同的分支.

摘要： 本文将采集的广东某猪场疑似猪高热症病料处理后接种于Mare-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、ORF3和ORF5基因的引物,扩增目的基因并测序分析.结果表明:分离毒株XH-GD株PRRRSV属于美洲型,且NSP2基因发生30个氨基酸的不连续缺失;XH-GD的NSP2、ORF3和ORF5基因与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh)2002、CH-la和RespPRRS MLV等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.3％～98.9％、88.6％～99.2％、88.1％～99.2％,推导的氨基酸同源性分别为76.8％～98.3％、83.7％～98.8％、88.1％～99.2％;而与LV的等位基因核苷酸同源性分别为52.9％、65.0％和64.3％,推导的氨基酸同源性分别为31.3％、57.5％和58.9％.基因系统发育树分析表明,XH-GD与NX06、BJsy06株的亲缘关系很近,与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh) 2002、CH-la和RespPRRS MLV亲缘关系较近,与LV毒株处于不同的分支.

摘要： 本文将采集的广东某猪场疑似猪高热症病料处理后接种于Mare-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、ORF3和ORF5基因的引物,扩增目的基因并测序分析.结果表明:分离毒株XH-GD株PRRRSV属于美洲型,且NSP2基因发生30个氨基酸的不连续缺失;XH-GD的NSP2、ORF3和ORF5基因与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh)2002、CH-la和RespPRRS MLV等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.3％～98.9％、88.6％～99.2％、88.1％～99.2％,推导的氨基酸同源性分别为76.8％～98.3％、83.7％～98.8％、88.1％～99.2％;而与LV的等位基因核苷酸同源性分别为52.9％、65.0％和64.3％,推导的氨基酸同源性分别为31.3％、57.5％和58.9％.基因系统发育树分析表明,XH-GD与NX06、BJsy06株的亲缘关系很近,与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh) 2002、CH-la和RespPRRS MLV亲缘关系较近,与LV毒株处于不同的分支.

摘要： 本文将采集的广东某猪场疑似猪高热症病料处理后接种于Mare-145细胞,出现细胞聚集、固缩、脱落等特异性细胞病变.根据GenBank中猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)的基因序列设计并合成针对NSP2、ORF3和ORF5基因的引物,扩增目的基因并测序分析.结果表明:分离毒株XH-GD株PRRRSV属于美洲型,且NSP2基因发生30个氨基酸的不连续缺失;XH-GD的NSP2、ORF3和ORF5基因与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh)2002、CH-la和RespPRRS MLV等毒株等位基因的核苷酸同源性分别为83.3％～98.9％、88.6％～99.2％、88.1％～99.2％,推导的氨基酸同源性分别为76.8％～98.3％、83.7％～98.8％、88.1％～99.2％;而与LV的等位基因核苷酸同源性分别为52.9％、65.0％和64.3％,推导的氨基酸同源性分别为31.3％、57.5％和58.9％.基因系统发育树分析表明,XH-GD与NX06、BJsy06株的亲缘关系很近,与HUB1、NX06、BJsy06、VR-2332、HB-1 (sh) 2002、HB-2(sh) 2002、CH-la和RespPRRS MLV亲缘关系较近,与LV毒株处于不同的分支.

摘要： 本发明涉及分子生物技术领域，尤其涉及一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析全序列扩增方法，包括如SEQ ID NO.1~24所示的十二对引物。本发明解决了目前没有能够对多鱗鯔鰕虎魚进行线粒体基因组全序列扩增的问题，具有（1）一次性扩增出其线粒体基因组，通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列，便捷高效的优点；（2）提供一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物，省时省力，且节约试剂成本；（3）提供的多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物的系统分析方法为多鱗鯔鰕虎魚群体遗传、种质资源保护和可持续开发利用以及鰕虎魚类的系统发育研究提供了重要的分子手段及数据积累等优点。

摘要： 本发明提供了一种Gnb2基因的编码序列和Gnb2基因的编码序列在构建小鼠模型中的应用，属于基因工程技术领域。本发明的Gnb2基因的编码序列敲除后，会影响神经元树突棘的发育，导致树突棘密度降低。高尔基染色方法分析了锥体神经元树突棘的密度，结果发现在敲除Gnb2基因后无论是底树突还是顶树突上的树突棘的数目都明显减少，单位长度内树突棘的密度明显降低，表明Gnb2基因的编码序列敲除后，会影响锥体神经元树突棘的密度，使锥体神经元树突棘明显减少，导致树突棘密度显著降低。本发明对树突棘发育和功能调节的研究分析具有重要意义。

摘要： 一种用于鉴定人类基因组DNA中一个或多个基因组变异的方法，包括使用Alu、MIR、SVA序列基引物，并对测定混合物进行转座子间聚合酶链式反应(ITE‑PCR)，以产生一阵列包含ITE基因组区段的扩增子。还提供了所述方法在鉴定与性质或者疾病相关的一个或多个基因组变异中的应用。

摘要： 本发明涉及分子生物技术领域，尤其涉及一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物及设计、系统进化分析全序列扩增方法，包括如SEQ ID NO.1~24所示的十二对引物。本发明解决了目前没有能够对多鱗鯔鰕虎魚进行线粒体基因组全序列扩增的问题，具有（1）一次性扩增出其线粒体基因组，通过测序拼接能够快速获得其基因组全序列，便捷高效的优点；（2）提供一种多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物，省时省力，且节约试剂成本；（3）提供的多鱗鯔鰕虎魚线粒体基因组全序列引物的系统分析方法为多鱗鯔鰕虎魚群体遗传、种质资源保护和可持续开发利用以及鰕虎魚类的系统发育研究提供了重要的分子手段及数据积累等优点。

摘要： 本发明从RNA干扰的目标基因的碱基序列中搜索符合下述规则(a)－(d)的序列部位，根据搜索结果进行能够产生RNA干扰的小干扰RNA(siRNA)的设计、合成等。(a)3’末端的碱基是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)或尿嘧啶(U)。(b)5’末端的碱基是鸟嘌呤(G)或胞嘧啶(C)。(c)3’末端的7碱基序列中富含由腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)和尿嘧啶(U)组成的群组中选择的1或1种以上的碱基。(d)碱基数在产生RNA干扰且不产生细胞毒性的范围内。

摘要： 本发明公开了一种批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法。本发明所提供的批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法综合运用了基于多序列比对分析的MUSCLE程序，并结合多个Perl脚本语言编程的方法。实验证明，本发明所提供的批量提取基因组基因信息并翻译比对分析序列的方法比较系统，能够完成目标基因序列和转录本序列的提取、目标基因或转录本的基因组关键信息获取、DNA序列翻译以及翻译后序列的多重比较，获取各相关结果文件的重复效果好，速度快，易实现批量化、自动化和流程化。

摘要： 一种革胡子鲶GH基因表达qPCR分析时用于内参基因(18S rRNA)扩增的2对引物的核苷酸序列，s id="tabl0001" num="0001" wi="150">

摘要： 本发明提供了一种Gnb2基因的编码序列和Gnb2基因的编码序列在构建小鼠模型中的应用，属于基因工程技术领域。本发明的Gnb2基因的编码序列敲除后，会影响神经元树突棘的发育，导致树突棘密度降低。高尔基染色方法分析了锥体神经元树突棘的密度，结果发现在敲除Gnb2基因后无论是底树突还是顶树突上的树突棘的数目都明显减少，单位长度内树突棘的密度明显降低，表明Gnb2基因的编码序列敲除后，会影响锥体神经元树突棘的密度，使锥体神经元树突棘明显减少，导致树突棘密度显著降低。本发明对树突棘发育和功能调节的研究分析具有重要意义。

摘要： 本发明涉及一种利用Perl语言编写的可供Linux环境下运行的基于全基因组序列挖掘目标基因序列的分析工具进行检测分析的方法及其应用，实现从全基因组水平上，利用多个亲本材料的全基因序列开展目标基因的变异位点、变异类型分析，并获得目标基因在亲本材料中的同源序列。该分析工具及分析方法能够自动完成目标区间搜索、序列比对以及功能变异类型分析工作，不需要其他任何物种基因组注释结果作为参考，具有较高的通用性，并且可以支持2,000个亲本基因组的分析，可广泛应用于作物基因组中的目标基因序列分析，为分子育种提供简便快捷的序列多态性分析工具和策略。

摘要： 本发明涉及生物信息技术领域，更具体地，涉及一种基于全基因组序列的巴西橡胶树萜类合成酶基因家族的挖掘与分析方法。其包括HbTPS的挖掘和鉴定、HbTPS基因序列分析、HbTPS的顺式作用元件分析、HbTPS系统发育树分析、HbTPS功能注释与次级代谢通路预测、HbTPS的差异表达分析、HbTPS的三维结构预测与分子对接分析等。本发明通过巴西橡胶树的基因组挖掘出所有的TPS，对HbTPS进行基因序列分析、顺式作用元件分析、系统发育树分析、功能注释、差异表达分析、蛋白质三维结构预测及其与相应底物的对接分析等。