rRNA基因

摘要： 目的:研究石菖蒲水提物对3xTg-AD小鼠盲肠和结肠菌群的影响.方法:将雄性5月龄3xTg-AD小鼠20只随机分为3xTg-AD组(M)、石菖蒲水提物4g/kg组(D)、石菖蒲水提物8g/kg组(Z)和石菖蒲水提物16g/kg组(G),每组5只;4只雄性同月龄C57BL/6J小鼠设为野生对照组(W).给药4个月后,采用Morris水迷宫法检测各组小鼠学习记忆能力,通过16S rRNA测序方法检测各组小鼠盲肠和结肠菌群的组成,KEGG通路分析菌群功能.结果:与野生对照组小鼠比较,3xTg-AD小鼠学习记忆能力明显降低,肠道菌群从门到属水平均发生了显著变化,盲肠菌群中Turicibacter和结肠菌群中Allobaculum显著增多(P<0.05,P<0.05).与3xTg-AD组小鼠比较,石菖蒲水提物16g/kg组小鼠的学习记忆能力明显提高;在门水平上结肠菌群中Bacteroidetes显著增加(P<0.05)、Firmicutes显著减少(P<0.05),在属水平上盲肠菌群中Turicibacter和结肠菌群中Allobaculum显著减少(P<0.05,P<0.05).结论:石菖蒲能提高3xTg-AD小鼠的学习记忆能力,改善肠道菌群失调.

摘要： 铜绿假单胞菌为条件致病菌,是目前各种医院内感染最广泛、最严重的致病菌之一.以分离自公共场所洗手液的菌株6-3为研究对象,其16S rRNA基因与Pseudomonas aeruginosa DSM 50071的16S rRNA基因的一致性为99.8%,初步确定其为铜绿假单胞菌;根据同源蛋白的核苷酸序列设计菌株6-3中丙氨酸消旋酶的扩增引物,通过PCR从6-3菌株中克隆获得了丙氨酸消旋酶基因(alrPa),基因序列与P. aeruginosa PAO1中丙氨酸消旋酶Alr_(PAO1)的氨基酸同源率为98.9%,存在4个不一致的氨基酸位点;经原核表达、Ni-NTA亲和层析法纯化获得了蛋白PaAlr,酶学特性分析表明,重组蛋白PaAlr的最适反应温度为40°C,最适反应pH=10.0;最适底物是L-Ala,具有严格的底物特异性,K_(m,L-Ala)=10.96mmol/L,V_(max,L-Ala)=1 562μmol/(L·min),K_(m,D-Ala)=8.45mmol/L,V_(max,D-Ala)=881.9μmol/(L·min),其最大反应速率约为Alr_(PAO1)的7倍;以铜绿假单胞菌中丙氨酸消旋酶为检测对象,以PCR和Western-blotting 2种方法对铜绿假单胞菌进行检测,实验发现,在目的基因序列已知的前提下,采用PCR法具有较好的检测灵敏性和专一性.

摘要： 鹅是一种重要的经济食草性水禽动物,供应营养丰富的肉和蛋、优质的肝脂肪和羽毛。然而,鹅肠道微生物群落的生态分布研究仍然有限。本研究的目的是探究180日龄鹅腺胃,肌胃、十二指肠、空肠、回肠、盲肠、直肠等7种不同部位的微生物。根据16SrRNA基因序列和气相色谱法分别测定其代谢产物的短链脂肪酸(SCFA)。结果共鉴定出3886340个序列,其中29门359属。变形杆菌、硬杆菌、拟杆菌、蓝藻和放线菌是主要的门,其中盲肠中的拟杆菌(28%)和梭杆菌(0.8%)明显高于其他部分(分别为~4.4%和0.1%)。此外,除了腺胃蓝细菌(2.4%)外,肌胃中的蓝细菌(4.9%)显著高于其它肠道部分。

摘要： 目的：研究猪圈发酵床分离细菌的系统发育树及生理生化特征。方法：采用R2A培养基对猪发酵床上层垫料进行分离菌株培养,将培养得到的单个菌落培养于固体培养基中,获得纯培养菌株;肉眼观察培养基中细菌的生长情况,电镜下观察细菌的形态、大小和排列特点,采用16S rRNA基因序列扩增、测序,邻接法构建16S rRNA序列的系统发育树,将分离到的猪圈发酵床中的细菌与文献中获知的初期发酵床优势细菌的标准菌株进行生理生化特征的比对。结果：在R2A培养基中分离得到3株细菌SZDIS-1-1、GZDIS-1和SZDIS-2,鉴定为微杆菌属细菌;与文献中获知的4种标准菌株一样,培养得到的3种细菌镜下均为杆状,过氧化氢酶、吲哚试验均为阴性,能够利用麦芽糖作为生长碳源;药敏试验显示,分离得到的3株细菌对阿米卡星、头孢呋辛、利福平、妥布霉素、青霉素和环丙沙星等抗生素比较敏感,其中头孢呋辛抑菌效果最佳。结论：在猪圈发酵床首次分离得到3株菌株,并构建系统发育树。

摘要： 目的：对中国东海海水进行细菌分离,为东海海水中微生物的鉴定及抗生素的合理使用提供理论依据。方法：对取自中国东海海岸线（约北纬30°、东经118°）水域海水样品进行分离纯化,扩增分离菌株,将分离得到的菌株采用Chelex法提取DNA,并进行16S rRNA基因序列测序,邻接法构建16S rRNA序列的系统发育树,确认分离得到弧菌菌株的分类地位,同时分离的弧菌属菌株和弧菌属常见致病菌株进行耐药性比对分析。结果：从中国东海海岸线水域的海水样品中分离得到2株弧菌属菌株DH-1和DH-2,分子学分析鉴定DH-1为Vibrio marisflavi,DH-2为Vibrio hangzhouensis;经抗生素试验比对,海水分离的弧菌属菌株与副溶血性弧菌、霍乱弧菌、创伤弧菌等常见的临床致病菌株对某些抗生素具有相同程度的耐药性。结论：分离的弧菌菌株具有较强的耐药性。

摘要： 结直肠癌是胃肠道中最常见的恶性肿瘤,而结肠息肉尤其是腺瘤性息肉是结肠癌前病变的指征之一.作者采用基于16S rRNA基因的高通量测序技术,对收集自云南省第一人民医院结肠息肉患者粪便样品的细菌群落结构进行分析研究.不同患者粪便样品微生物群落存在较大差异,其中拟杆菌门、厚壁菌门以及变形菌门在7个样品中所占序列比例较高;在科的水平上,拟杆菌科、毛螺菌科、瘤胃菌科以及肠杆菌科为主;在属的水平上,所占序列比例较高的菌属为拟杆菌属（Bacteroides）、Clostridium Xl Va、Lachnospiracea科未分类属以及粪杆菌属（Faecalibacterium）.部分结肠息肉患者肠道细菌组成与健康人群存在较大差异,分析结肠息肉患者肠道微生物群落组成,有利于发现早期癌症病变指征,为建立无创早期肿瘤诊断方法提供依据.

摘要： 为描述几种低剂量的抗生素组合对粪便微生物丰度和多样性的影响．选取400头断奶仔猪，随机分配到8组，连续喂养不同抗生素组合28天。随机选取48头猪采集粪便样本进行DNA提取和16SrRNA高通量测序。与未添加抗生素的猪相比，饲喂金霉素（CTC），喹乙醇（OLA）和恩拉霉素（ER）或维吉霉素（VIR）的猪粪便微生物多样性降低，Bacteroidetes和Prevotella属的相对丰度增加。与未添加抗生素的猪相比，饲喂CTC、杆菌肽锌（ZB）＋硫酸粘杆菌素（COL）混合物、CTC＋ZB＋COL、CTC＋OLA4-ER的猪，其变形杆菌门和琥珀酸弧菌的相对丰度降低。饲喂ZB＋COL、CTC4-OLA＋ER或CTC＋OLA＋VIR混合物的猪，α-多样性和β-多样性降低（P〈0．05）。这项研究为加深我们对抗生素组合对肠道微生物影响的理解提供了实验数据。

摘要： 为探究秀丽白虾Exopalaemon modestus不同地理种群的遗传变异,采用PCR产物纯化测序的方法,分别测定了太湖、鄱阳湖和兴凯湖3个种群共计129个秀丽白虾样品的mtDNA 16S rRNA基因序列。结果表明：在486 bp序列中,检测到10个变异位点,占所测序列的2.06%;共发现8种单倍型,其中太湖种群5种,鄱阳湖种群4种,兴凯湖种群1种;单倍型Ⅰ为太湖和鄱阳湖种群共有,单倍型Ⅳ为鄱阳湖和兴凯湖种群共有,3个种群未有共享单倍型;平均单倍型多样性（Hd）和核苷酸多样性（Pi）分别为0.691 00和0.002 46,遗传多样性较低;AMOVA分析显示,3个种群间的遗传变异为29.58%,种群内的遗传变异为70.42%,遗传分化系数（Gst）为0.295 8,基因流（Nm）为0.595 2,3个种群间遗传分化存在极显著性差异（P〈0.01）。本研究结果可为秀利白虾种质资源保护提供基础数据。

摘要： 目的：研究卡耶塔环孢子虫18S rRNA和ITS-1基因遗传多样性和种系发育关系. 方法：对河南省郑汴地区11份卡耶塔环孢子虫分离株的18S rRNA和ITS-1基因进行PCR扩增、测序、遗传距离及种系发育进化树构建. 结果：所获得的11份卡耶塔环孢子虫分离株18S rRNA基因序列与其他地区卡耶塔环孢子虫分离株有2个碱基差异,而ITS-1基因序列之间有39个碱基差异.遗传距离及种系发育进化树显示,基于18S rRNA基因的卡耶塔环孢子虫河南分离株与其他地区分离株之间形成两个分枝,且与孢子虫纲其他种类寄生虫分离.基于ITS-1基因,卡耶塔环孢子虫河南分离株在同一分枝上,而与其他地区的卡耶塔环孢子虫分离株分离,且也与孢子虫纲的其他种类的寄生虫分离. 结论：ITS-1基因可以作为一种潜在的卡耶塔环孢子虫基因亚型的分子标记.

摘要： 目的：研究卡耶塔环孢子虫18S rRNA和ITS-1基因遗传多样性和种系发育关系. 方法：对河南省郑汴地区11份卡耶塔环孢子虫分离株的18S rRNA和ITS-1基因进行PCR扩增、测序、遗传距离及种系发育进化树构建. 结果：所获得的11份卡耶塔环孢子虫分离株18S rRNA基因序列与其他地区卡耶塔环孢子虫分离株有2个碱基差异,而ITS-1基因序列之间有39个碱基差异.遗传距离及种系发育进化树显示,基于18S rRNA基因的卡耶塔环孢子虫河南分离株与其他地区分离株之间形成两个分枝,且与孢子虫纲其他种类寄生虫分离.基于ITS-1基因,卡耶塔环孢子虫河南分离株在同一分枝上,而与其他地区的卡耶塔环孢子虫分离株分离,且也与孢子虫纲的其他种类的寄生虫分离. 结论：ITS-1基因可以作为一种潜在的卡耶塔环孢子虫基因亚型的分子标记.

摘要： 目的：研究卡耶塔环孢子虫18S rRNA和ITS-1基因遗传多样性和种系发育关系. 方法：对河南省郑汴地区11份卡耶塔环孢子虫分离株的18S rRNA和ITS-1基因进行PCR扩增、测序、遗传距离及种系发育进化树构建. 结果：所获得的11份卡耶塔环孢子虫分离株18S rRNA基因序列与其他地区卡耶塔环孢子虫分离株有2个碱基差异,而ITS-1基因序列之间有39个碱基差异.遗传距离及种系发育进化树显示,基于18S rRNA基因的卡耶塔环孢子虫河南分离株与其他地区分离株之间形成两个分枝,且与孢子虫纲其他种类寄生虫分离.基于ITS-1基因,卡耶塔环孢子虫河南分离株在同一分枝上,而与其他地区的卡耶塔环孢子虫分离株分离,且也与孢子虫纲的其他种类的寄生虫分离. 结论：ITS-1基因可以作为一种潜在的卡耶塔环孢子虫基因亚型的分子标记.

摘要： 目的：研究卡耶塔环孢子虫18S rRNA和ITS-1基因遗传多样性和种系发育关系. 方法：对河南省郑汴地区11份卡耶塔环孢子虫分离株的18S rRNA和ITS-1基因进行PCR扩增、测序、遗传距离及种系发育进化树构建. 结果：所获得的11份卡耶塔环孢子虫分离株18S rRNA基因序列与其他地区卡耶塔环孢子虫分离株有2个碱基差异,而ITS-1基因序列之间有39个碱基差异.遗传距离及种系发育进化树显示,基于18S rRNA基因的卡耶塔环孢子虫河南分离株与其他地区分离株之间形成两个分枝,且与孢子虫纲其他种类寄生虫分离.基于ITS-1基因,卡耶塔环孢子虫河南分离株在同一分枝上,而与其他地区的卡耶塔环孢子虫分离株分离,且也与孢子虫纲的其他种类的寄生虫分离. 结论：ITS-1基因可以作为一种潜在的卡耶塔环孢子虫基因亚型的分子标记.

摘要： 目的：研究卡耶塔环孢子虫18S rRNA和ITS-1基因遗传多样性和种系发育关系. 方法：对河南省郑汴地区11份卡耶塔环孢子虫分离株的18S rRNA和ITS-1基因进行PCR扩增、测序、遗传距离及种系发育进化树构建. 结果：所获得的11份卡耶塔环孢子虫分离株18S rRNA基因序列与其他地区卡耶塔环孢子虫分离株有2个碱基差异,而ITS-1基因序列之间有39个碱基差异.遗传距离及种系发育进化树显示,基于18S rRNA基因的卡耶塔环孢子虫河南分离株与其他地区分离株之间形成两个分枝,且与孢子虫纲其他种类寄生虫分离.基于ITS-1基因,卡耶塔环孢子虫河南分离株在同一分枝上,而与其他地区的卡耶塔环孢子虫分离株分离,且也与孢子虫纲的其他种类的寄生虫分离. 结论：ITS-1基因可以作为一种潜在的卡耶塔环孢子虫基因亚型的分子标记.

摘要： 目的：应用16S rRNA序列分析方法，对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。rn 方法：采集猝死家兔样本，进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物，以分离菌株抽提的DNA为模板，进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。rn 结果：从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较，BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99％。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感，而对青霉素G已产生耐药性。rn 结论：168 rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。

摘要： 目的：应用16S rRNA序列分析方法，对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。rn 方法：采集猝死家兔样本，进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物，以分离菌株抽提的DNA为模板，进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。rn 结果：从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较，BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99％。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感，而对青霉素G已产生耐药性。rn 结论：168 rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。

摘要： 目的：应用16S rRNA序列分析方法，对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。rn 方法：采集猝死家兔样本，进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物，以分离菌株抽提的DNA为模板，进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。rn 结果：从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较，BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99％。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感，而对青霉素G已产生耐药性。rn 结论：168 rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。

摘要： 目的：应用16S rRNA序列分析方法，对多杀巴斯德氏菌进行鉴定。rn 方法：采集猝死家兔样本，进行病理组织学检查和病原菌分离培养。针对细菌16S rRNA基因保守区序列设计一对引物，以分离菌株抽提的DNA为模板，进行PCR扩增及16S rRNA序列分析。rn 结果：从死亡家兔肺脏中分离鉴定出了一株多杀巴斯德氏菌(PMr0901)。将分离菌株序列与GenBank中收录的序列进行比较，BLAST分析结果显示PMr0901与多杀巴斯德氏菌参考菌株PM70的16S rRNA核苷酸同源性大于99％。分离菌株对阿莫西林/克拉维酸、头孢曲松、左氧沙星、四环素敏感，而对青霉素G已产生耐药性。rn 结论：168 rRNA序列分析的分子生物学方法可用于病原菌的鉴定。

摘要： 对3种蛏类大竹蛏(Solengrandis),长竹蛏(Solenstrictus)和小刀蛏(Cultellusattenuatus)的线粒体16SrRNA和COI基因片段序列进行了比较并对其系统学进行了初步研究.得到的序列总长度分别为472～481bp(16S)和658bp(COI).3种蛏序列的碱基组成均显示出较高的A+T比例(16SrRNA基因62.1％;COI基因62.8％).对位排序比较表明,16SrRNA片段种内个体间变异较小,3种类间存在128个碱基变异位点(其中包括127个简约信息位点)和5个插入/缺失位点,总共12个碱基长;COI片段有200个碱基存在变异,其中包括191个简约信息位点,不存在任何插入/缺失位点.数据分析结果表明16SrRNA和COI基因片段大竹蛏与长竹蛏两片段的遗传距离分别为0.0856和0.1712,两竹蛏类与小刀蛏的遗传距离分别为0.3054,02798和0.2662,0.2933.作者认为小刀蛏与竹蛏之间的遗传距离已达到科之间的水平,结果支持将其提升为刀蛏科的分类观点.3种蛏类线粒体16SrRNA和COI基因在种间明显的多态性,证实了16SrRNA和COI基因序列均普遍适用于蛏类种及以上阶元的系统学分析。

摘要： 本发明是应用新兴分子生物学技术之一的Real-time PCR对动物源性嗜衣原体(Chlamydophilapsittaci、C.abortus、C.caviae、C.pecorum、C.felis)实施的快速检测与诊断方法。本检测体系采用以动物源性嗜衣原体的16S rRNA的保守区域为基础设计了一对引物及相应的TaqMan探针。该体系能对来自动物的粪便和泄殖腔的棉拭子及人的气管洗脱液中存在的动物源性嗜衣原体基因进行检测，并且检测敏感度比普通的PCR高出10倍。Real-time PCR具有无需进行后PCR的处理，可避免因进行琼脂糖凝胶电泳而可能造成的交叉污染，从而提高检测的准确率和可信度。

摘要： 本发明属于白及基因组技术领域，具体涉及两个在高温条件下稳定表达的高温内参基因Bs18S rRNA和BsUBI。所述Bs18S rRNA基因，含有1792bp；所述BsUBI基因，含有422bp。本申请中，基于正常生长温度和高温胁迫条件下的对比，对部分候选内参基因的表达稳定性进行了实时荧光定量PCR分析，综合分析结果表明：Bs18S rRNA和BsUBI这两个基因在正常生长温度和高温胁迫下的不同时间和不同组织中表达情况最为稳定，因此可为高温胁迫条件下基因表达稳定性和可靠性研究、以及耐高温白及种质资源筛选和培育奠定一定应用基础。

摘要： 本发明公开了一种中国南方海区砗磲科物种线粒体16S rRNA基因通用扩增引物及其筛选方法。所述的通用扩增引物为：16ST‑F：5’‑CCTTAAAGTAGCGTGATA‑3’；16ST‑R：5’‑GATCCTTTCGTACGAGAG‑3’。本发明筛选出一对用于我国南方海区砗磲线粒体部分16S序列的通用扩增引物16ST‑F和16ST‑R，并确定了其反应体系和PCR扩增条件，经试验证明该引物具有条带单一、扩增效率高的特点，能够满足我国南方海区砗磲物种的物种鉴定、系统发育关系分析等研究的需求。

摘要： 一种污泥脱水及去除细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因的方法，属于分子生物学领域。包括如下步骤：(1)银杏叶改性纳米零价铁的制备及氧化剂过硫酸钠的激活；(2)剩余污泥的深度处理。本发明可实现污泥脱水及去除细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因，常温条件下，采用过硫酸钠作为氧化剂，利用银杏叶改性纳米零价铁激活，产生各类强氧化型自由基，对剩余污泥进行脱水及对细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因进行去除。经本发明处理后的剩余污泥过滤比阻可减少95.42％、污泥体积可减少56.28％、细菌16S rRNA基因和抗生素抗性基因去除可达99.00％以上。

摘要： 本发明公开了高通量自动化的微生物宏基因组16s rRNA基因文库构建的方法，具体涉及分子生物学领域，具体步骤如下：S1、配制反应液；S2、设置仪器参数；S3、芯片制备；S4、PCR扩增；S5、离心回收；S6、琼脂糖凝胶电泳回收；S7、文库质控。本发明通过一种利用MSND自动化平台构建文库的方法，可以同时进行384个样本的建库，大大提升了芯片制备的通量和效率，实现了仪器自动化，节省了人力，提高了建库的通量、减少了实验成本、降低了样本的起始量，本方法仅需要切胶回收后的样本进行一次qPCR定量即可直接上机测序，更为高效，节约了试剂使用量并省去了繁琐的质控、pooling等步骤，仍能获得和常规建库方法一致的测序结果。

摘要： 本发明是应用新兴分子生物学技术之一的Real-time PCR对动物源性嗜衣原体(Chlamydophilapsittaci、C.abortus、C.caviae、C.pecorum、C.felis)实施的快速检测与诊断方法。本检测体系采用以动物源性嗜衣原体的16S rRNA的保守区域为基础设计了一对引物及相应的TaqMan探针。该体系能对来自动物的粪便和泄殖腔的棉拭子及人的气管洗脱液中存在的动物源性嗜衣原体基因进行检测，并且检测敏感度比普通的PCR高出10倍。Real-time PCR具有无需进行后PCR的处理，可避免因进行琼脂糖凝胶电泳而可能造成的交叉污染，从而提高检测的准确率和可信度。

摘要： 本发明属于基因芯片应用技术领域，具体地，本发明涉及一种基于rRNA基因种专一序列的非酶扩增检测基因芯片、检测系统及检测方法。根据本发明的基于rRNA基因种专一序列的非酶扩增检测基因芯片，其包括：1)基质；2)捕获探针，所述捕获探针为基于原核生物rRNA基因种的16SrRNA专一序列，直接固定于基质表面；3)报告探针，所述报告探针是基于rRNA基因种间的高度保守序列，其末端被标记。根据本发明的技术，可以直接检测多种形式粗略样品中的核酸，而不需要核酸的抽提和扩增环节；捕获探针直接连接到芯片基质表面，简化检测步骤、减少检索成本，同时具有极高的检测灵敏度。

摘要： 本发明提供了一种细菌种的16S rRNA基因特异性检测靶标片段的筛选方法及其应用，属于微生物检测技术领域。本发明提供的筛选方法，包括筛选候选靶标片段和验证候选靶标片段两部分构成。按照本发明的筛选方法得到的细菌种的16S rRNA基因特异性检测靶标片段能够满足“种内普适性”、“种间特异性和菌外特异性”要求。

摘要： 本发明专利公开了一种基于纳米孔测序靶向富集细菌16S rRNA基因的测序方法，其方法包括如下步骤：提取临床样本中的总基因组、总基因组末端去磷酸化封闭、通用sgRNA靶向酶切病原细菌微生物16S rRNA基因组保守序列、选择性在酶切位点添加A黏性末端尾巴、并连接测序接头、根据测序数据与基因数据库进行序列对比，得到待鉴定细菌的菌种；本发明专利使用了稳定16S rRNA的V2‑V3保守基因进行靶向富集，以V2‑V3为测序起点，检测获得16S rRNA两端基因覆盖率更高，检测范围更广，分类结果更可信，本发明特异性靶向细菌16S rRNA基因建库，有效避免了宿主基因组的干扰，降低背景宿主的人源比例，提高病原体检测灵敏度和检出效率，缩短检测时间，提高纳米孔检测效率。

摘要： 本发明公开一种非诊断目的的基于细菌16S rRNA基因序列在“种”(species)水平上鉴定人体肠道菌群的方法。所述方法包括：(1)构建基于细菌操作系统发生学单元为基础的人肠道菌群16S rRNA基因参比序列库，(2)对待检测标本的16S rRNA基因进行序列测定；(3)将标本16S rRNA基因序列与16S rRNA基因参比序列库进行比对并进行菌种鉴定。本发明的方法可将人肠道菌群检测注释到“种”的水平，并揭示其多样性、构成比、丰度等数据。这些数据可用于分析人的肠道菌群是否失调，可发现是否存在已知病原菌、潜在致病菌等，可分析肠道益生菌的种类和丰度，可分析肠道菌群紊乱与健康状态、疾病等的相关性。