您现在的位置: 首页> 研究主题> RNA编辑

RNA编辑

RNA编辑的相关文献在1992年到2022年内共计178篇,主要集中在农作物、分子生物学、生物化学 等领域,其中期刊论文138篇、专利文献15875篇;相关期刊88种,包括昆虫学报、生物化学与生物物理进展、生物技术通报等; RNA编辑的相关文献由589位作者贡献,包括俞嘉宁、万平、周玮等。

RNA编辑—发文量

期刊论文>

论文:138 占比:0.86%

专利文献>

论文:15875 占比:99.14%

总计:16013篇

RNA编辑—发文趋势图

RNA编辑

-研究学者

  • 俞嘉宁
  • 万平
  • 周玮
  • 朱英国
  • 田宇
  • 聂小军
  • B·克莱恩
  • M·R·普塔
  • N·伯明翰
  • S·罗比内特
  • 期刊论文
  • 专利文献

搜索

排序:

年份

    • 朱琳; 鲜凤君; 张倩楠; 胡骏
    • 摘要: RNA编辑,即通过碱基的插入、删除和替换对RNA进行的转录后加工过程,这一表观遗传现象也被认为是在RNA水平上对遗传信息进行修复的一种修正机制。本文主要综述了目前植物中基于PPR基因家族等编辑复合体以及动物中关于CRISPR/Cas系统的两种RNA编辑系统,并介绍了RNA编辑在植物生长发育过程中的重要作用,并展望了RNA编辑研究的未来应用前景。此外,本文总结了关于RNA编辑数据库的最近研究进展,为后续的RNA编辑研究提供一定的理论参考。
    • 马孝琛; 许鼎; 张恒; 刘鹏; 马鹏程; 冯睿; 景在平; 冯家烜
    • 摘要: 基因编辑是一种对生物体基因进行目标序列改变的基因工程技术,通过对特定序列的精确改变,达到对目的基因定点编辑和DNA修饰。目前基因编辑的类型以DNA编辑为主,其方法主要是基于成簇规则间隔短回文重复序列(CRISPR)及其相关蛋白(Cas)系统的碱基编辑,近年来新发现的Prime编辑方法由于其较好的特性也备受青睐。但是DNA编辑由于涉及DNA序列的改变,在临床试验中面临复杂的安全问题和伦理问题,所以在疾病的治疗和临床应用方面仍需谨慎。而另一种基因编辑类型——RNA编辑以其良好的编辑效果、较好的安全性和乐观的临床应用前景,正在逐渐成为新的基因编辑研究热点。本综述主要对基因编辑进行简单的总结并对其在血管外科中的应用提出初步设想和展望。
    • 石学文; 岳丽娜; 李胜堂; 牛娟琴; 甄平
    • 摘要: 脊索瘤起源于胚胎发育过程中残留的脊索组织,是一种较罕见的低度恶性骨肿瘤,占恶性骨肿瘤的1%~4%[1]。病因不明确,有文献[2]报道,原癌基因Brachyury、新的分子标志物i ASPP、SMARCB1及信号通路PI3K/AKT等与脊索瘤的发生有关;邝磊等[3]认为RNA腺苷脱氨酶1的过度表达可能通过介导A-I RNA编辑影响miR-10a和miR-125a的成熟和表达,参与脊索瘤发生中的细胞异常增殖调控。
    • 杜晓芬; 王智兰; 韩康妮; 连世超; 李禹欣; 张林义; 王军
    • 摘要: RNA编辑是高等植物叶绿体基因转录后加工修饰的现象,它会影响叶绿体发育,导致植株叶片出现黄化或白化等表型。本研究以长农35号及其2份叶色突变体(E752和E1005)为试验材料,利用紫外分光光度计测定了苗期叶绿素含量,通过透射电镜观察了叶绿体结构;利用在线工具Prep-Cp对谷子叶绿体基因RNA编辑位点进行了预测,通过PCR、RT-PCR及测序等方法对预测到的编辑位点进行了验证,并与其他单子叶作物的编辑位点进行了比较分析;进一步利用荧光实时定量方法,分析rpoB及依赖PEP转录的光合途径相关基因(ndhG、psaA、psbA和rbcL)在不同发育时期的表达水平;最后,利用生物信息学分析ropB编辑前后蛋白二级结构的变化。结果表明,与长农35号相比,2份叶色突变体叶绿素含量显著降低,叶绿体发育异常;在谷子中,有10个叶绿体基因共计20个位点发生RNA编辑,所有编辑位点均为胞嘧啶(C)和尿嘧啶(U)的转换,不同基因的编辑位点存在数量差异,其中ndhB编辑位点数量最多,共计6个;20个编辑位点中,有19个位点在物种进化上具有较高保守性,只有rpoC1-2753为谷子中特有的编辑位点;在长农35号及其2份叶色突变体中,rpoB的3个编辑位点(rpoB-467、rpoB-545和rpoB-560)存在编辑效率差异,而这种编辑效率的改变导致rpoB表达水平改变,进一步可能影响了ndhG、psaA、psbA和rbcL表达水平的变化;生物信息学分析表明,rpoB-467和rpoB-560编辑前后影响了蛋白二级结构。研究结果为解析叶绿体RNA编辑参与谷子叶绿体发育的分子机制奠定了一定基础。
    • 许雅静; 吴鹰; 余岢骏; 孙明会; 刘佳美; 郭意龙; 徐细建; 鲍佳益; 康育欣; 陈大福; 郭睿; 付中民
    • 摘要: 【目的】本研究旨在利用已获得的PacBio单分子实时(single molecule real-time,SMRT)测序数据对蜜蜂球囊菌Ascosphaera apis菌丝(AaM)和孢子(AaS)中的转录因子(TF)、融合基因和RNA编辑事件进行鉴定和分析,以期丰富蜜蜂球囊菌的相关信息,并为进一步探究它们的功能提供理论依据。【方法】利用BLASTx工具将AaM和AaS的全长转录本序列比对到Nr,Swiss-Prot和KEGG数据库以获得一致性最高的蛋白序列,再利用hmmscan软件将上述蛋白序列比对到Plant TFdb数据库以获得TF的分类及注释信息。采用TOFU软件中的fusion_finder.py程序进行融合基因的预测,进而分析融合基因的序列和位置信息。使用SAMtools预测AaM和AaS中的RNA编辑事件,再利用ANNOVAR软件对RNA编辑事件进行注释,进而采用相关生物信息学软件对RNA编辑位点基因进行GO功能和KEGG通路注释。【结果】在AaS中共鉴定到17个TF家族的213个TF,其中C2H2家族包含的TF成员最多。在AaM和AaS中分别鉴定到921和510个融合基因,二者共有的融合基因为510个,特有的融合基因分别为411和0个。在AaM和AaS中分别鉴定到547和191次RNA编辑事件,其中AaM中同义单核苷酸突变的数量最多,AaS中非同义单核苷酸突变的数量最多。此外,在AaM中鉴定到12种碱基替换类型,其中发生C->T的RNA编辑事件数量最多,达到158次;在AaS中鉴定到9种碱基替换类型,其中发生C->T和G->T的RNA编辑事件数量最多,均有42次。AaM和AaS中RNA编辑位点基因分别涉及19和24个GO功能条目;此外还能注释到11和20条KEGG通路。【结论】蜜蜂球囊菌的菌丝和孢子中含有丰富的TF、融合基因和RNA编辑位点;转录因子C2H2家族与蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长发育和细胞活动具有潜在关联;RNA编辑事件的碱基替换类型在蜜蜂球囊菌和其他物种中具有物种特异性;RNA编辑可能在蜜蜂球囊菌菌丝和孢子的生长和代谢中发挥作用。
    • 摘要: 2022年10月10日,湖南农业大学生物科学技术学院、植物激素与生长发育湖南省重点实验室肖浪涛教授课题组在《Plant Communications》上在线发表了题为“The PPR protein RARE1-mediated editing of chloroplast acc D transcripts is required for fatty acid biosynthesis and heat tolerance in Arabidopsis”的研究论文。该研究不仅完整揭示了植物叶绿体accD基因RNA编辑参与调控ACCase活性及脂肪酸合成来响应高温胁迫的分子机制,扩展了对胁迫条件下的RNA编辑的理论认知,而且对分子植物育种具有重要的指导意义。
    • 张晓; 李才华; 王婧; 张兰兰; 牟晓雨; 王昕玥; 甘刘美; 周鹏展; 张锐
    • 摘要: 植物线粒体基因组中存在RNA编辑(C-U)现象,且有完全编辑和部分编辑之分。棉花细胞质雄性不育(cytoplasmic male sterile,CMS)系和保持系线粒体基因组中atpA基因各有两个拷贝,存在基因加倍现象,但atpA基因加倍对其RNA编辑率的影响尚不清楚。通过Southern blot、染色体步移技术确定出该基因每个拷贝具体的DNA序列,发现一个拷贝是完整的,一个拷贝是截短的。用RT-PCR、环化RT-PCR方法扩增出每个拷贝相应的cDNA,结果表明:棉花CMS系和保持系atpA基因完整拷贝和截短型拷贝都转录。完整拷贝、截短型拷贝中分别存在6、4个RNA编辑位点。完整拷贝6个RNA编辑位点在保持系中的编辑率都是100%;在CMS系中编辑率分别是100%、85%、100%、92%、100%、100%。截短型拷贝4个位点在保持系中的编辑率分别是55%、37%、55%、27%;在CMS系中编辑率分别是100%、90%、100%、100%。据此推测截短型拷贝在保持系中承受选择压较小,很可能已失去功能;而在CMS系中仍承受较大选择压,很可能具有新的功能。
    • 梁璇; 李鹏; 许冬梅; 贾小云; 王文斌
    • 摘要: 为解析紫苏的叶绿体全基因组结构和功能,研究采用REPuter、MISA、CodonW和Prep-Cp软件分析了紫苏叶绿体基因组的重复序列、SSR位点和密码子偏好性,并对RNA编辑位点进行了预测.结果显示,对紫苏叶绿体基因组中大于300 bp的59条CDS序列检测分析得到60个重复序列,多以F和P形式存在,且主要分布于LSC区和IRA区,与光合作用和rRNA编码有关;44个SSR位点主要分布于IGS区,其中,单碱基重复序列占比最多,为63.64%;由相对同义密码子使用度(RSCU)确定了31个高频密码子,以A、U结尾的29个,其中,亮氨酸(Leu)的使用频率最高,半胱氨酸(Cys)的使用频率最低;平均有效密码子数(ENC)为49.97,表明其密码子偏好性较弱.对88个蛋白编码序列预测结果显示,分布于16个基因的37个RNA编辑位点均发生于密码子的前2位碱基,且转化均为C→U,主要由亲水性氨基酸转变为疏水性氨基酸.研究结果可为紫苏的系统发育、品种鉴定和叶绿体基因工程研究提供理论基础.
    • 陈秋臻; 赵诚辉; 范皎; 欧阳张翼; 袁增强; 任超; 丁琳
    • 摘要: 目的 构建涵盖多物种,并提供精确、可视化注释信息的A-to-I编辑事件的数据库.方法 用多种方法收集9个项目中包含7个物种超过230万个RNA编辑位点,将数据整合并上传至MySQL数据库.利用Django、Boot-strap和Echarts等框架,在阿里云服务器搭建数据库平台.结果 dbRED数据库(https://dbred.bioinfotech.org)整合了基因组和表观基因组注释,并能跨组织/细胞系/物种分析RNA编辑位点.此外,dbRED允许用户在交互式和可视化界面中浏览感兴趣的A-to-I RNA编辑位点的注释.结论 dbRED数据库易于访问、数据量庞大、搜索便捷,将会成为在基因组和表观遗传学背景下,探索A-to-I改变的功能性结果的有用资源.
    • 郭晋; 范新浩; 杨亚岚; 梁国明; 唐中林
    • 摘要: 旨在通过分析猪CA5B(线粒体碳酸酐酶 VB,carbonic anhydrase 5b,mitochondria;CA5B/CA VB/Car5b)基因的序列特征和时空表达,解析CA5B对猪组织器官发育和代谢的影响.本研究采集6头240日龄贵州猪(公、母各3头)的心、肝、脾、肺、肾、皮下脂肪、背最长肌、睾丸、卵巢,采集通城猪和长白猪27个生长发育时间点(出生前33、40、45、50、55、60、65、70、75、80、85、90、95、100、105d 和出生后0、9、20、30、40、60、80、100、120、140、160、180 d)(每个品种3头)的骨骼肌,提取上述组织器官RNA进行转录组测序,分析CA5B基因的组织表达谱以及骨骼肌27个生长发育时间点的时序表达;基于NCBI数据库中CA5B蛋白序列,进行物种间的保守性分析,构建系统进化树,分析蛋白互作网络;通过Targetscan、PicTar和miRanda等软件预测与CA5B结合的潜在miRNAs,并在猪RNA编辑数据库中分析CA5B基因潜在的RNA编辑位点.结果发现,CA5B基因在猪、人、小鼠、猴、牛、马、山羊、绵羊、狗和猫中高度保守,相对于小鼠而言,猪CA5B蛋白优先与人聚为一类.CA5B蛋白与线粒体跨膜运输蛋白、类肌球蛋白卷曲螺旋蛋白、细胞色素家族等互作;CA5B在猪的脂肪、睾丸以及卵巢中高表达,在骨骼肌生长发育过程中胚胎期的表达高于出生后阶段:靶标预测结果表明,CA5B可能受ssc-miR-22-5p调控(P<0.05);此外,CA5B还存在3个RNA编辑位点.结果提示,CA5B可能在猪骨骼肌生长发育和能量储存利用中起重要作用.
  • 查看更多

客服邮箱:kefu@zhangqiaokeyan.com

京公网安备:11010802029741号 ICP备案号:京ICP备15016152号-6 六维联合信息科技 (北京) 有限公司©版权所有
  • 客服微信

  • 服务号