检测水稻耐低温基因COLD1基因型的dCAPS标记及应用

摘要

本发明提供了一种检测水稻耐低温基因COLD1基因型的方法及其dCAPS标记。dCAPS标记上游引物序列为：dcaps‑F：5'‑CCGTCAATCTGCCTTACAGCTATCTGTCAC‑3'，下游引物序列为dcaps‑R：5'‑TGAGCTGCCTTTCCAATGTTTTGAAGGCC‑3'。PCR扩增产物进一步用限制性内切酶StuI酶切，经8％聚丙烯酰胺凝胶电泳，银染。能检测到196bp条带为含COLD1ind基因，不耐低温的水稻材料，能检测到169bp条带的水稻为含COLD1jap基因，耐低温的水稻材料。通过对3个粳稻品种和4个籼稻品种以及98个籼粳交F2代个体进行COLD1的基因型进行鉴定，证实该标记可以准确的鉴定水稻COLD1基因的粳稻COLD1jap基因型、籼稻COLD1ind基因型及杂合基因型。该检测方法准确性高、特异性强，在分子辅助育种中有较强的实用性。