基于高通量基因测序数据的病原微生物鉴定方法

摘要

本发明公开了一种基于高通量基因测序数据的病原微生物鉴定方法，包括以下步骤：将模型中的相关元素进行定义，在隐马尔可夫模型中，微生物所属物种或亚种为隐状态，所涉及物种基因组的序列标签的比对情况为显状态；通过对菌株基因组每个位置的序列标签的比对情况，判断基因序列的来源菌株；进行隐马尔可夫模型观测点的选取；将模型中使用的隐状态初始概率进行定义；将模型中使用的隐状态转移概率进行定义；将模型中使用的隐状态到显状态的发射概率进行定义；根据建立好的模型对样本所属的菌株进行判断；可得到每个菌株基因组上每个位置的隐状态及每个菌株每个位置上是否属于菌株A的信息。