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基于双端读数insert size分布的contig错误连接区域识别方法

摘要

本发明公开了一种基于双端读数insert size分布的contig错误连接区域识别方法,包括以下步骤:1)输入contigs集合和双端读数文库,使用序列比对工具将双端读数文库的双端读数比对到contigs集合上,得到比对结果;2)根据比对结果,得到双端支持稀疏的区域;将这些区域作为错误连接的候选区域;3)并通过双端读数的分布检验对候选区域进行延伸,最终通过区域长度判定候选区域是否是错误连接位置;4)确定错误连接区域的边界。本发明方法具有较高的准确度,通过错误位点切割能够明显减少contig中的拼接错误,有效地提高了contig的质量。

著录项

  • 公开/公告号CN105787295B

    专利类型发明专利

  • 公开/公告日2018-03-06

    原文格式PDF

  • 申请/专利权人 中南大学;

    申请/专利号CN201610153531.3

  • 发明设计人 李敏;颜晓东;王建新;罗军伟;

    申请日2016-03-17

  • 分类号

  • 代理机构长沙市融智专利事务所;

  • 代理人杨萍

  • 地址 410083 湖南省长沙市岳麓区麓山南路932号

  • 入库时间 2022-08-23 10:08:56

法律信息

  • 法律状态公告日

    法律状态信息

    法律状态

  • 2018-03-06

    授权

    授权

  • 2016-08-17

    实质审查的生效 IPC(主分类):G06F19/20 申请日:20160317

    实质审查的生效

  • 2016-07-20

    公开

    公开

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