双向多步De Bruijn图的错误双向边识别与去除方法

摘要

本发明公开一种双向多步De Bruijn图的错误双向边识别与去除方法，包括步骤，S1、读取测序数据源文件，并构造双向多步De Bruijn图；S2、统计整个所述双向多步De Bruijn图的所有双向边的加权平均覆盖度W；S3、遍历整个所述双向多步De Bruijn图的所有边，将覆盖度小于平均覆盖度W的0.25倍的双向边确定为错误双向边，并将其去除。本发明可以部分清除De Bruijn图中普遍存在的错误，上述错误包括错误链接、Tip型错误、泡型错误；将使contigs可以继续延长，De Bruijn图继续收缩；可以有效的发现错误的双向边，而且避免对正确的双向边的破坏，从而可以一定程度上提高contigs的长度，提高contig的质量。