一种基于GPU加速的化学结构多样性分析方法

摘要

一种基于GPU加速的化学结构多样性分析方法，包括：(a)读取存储设备中的查询库和被查询库中的化学结构连接表数据到主存储器；(b)将该数据分别分解为查询库和被查询库的化学环境编码的树状拓扑子图集，并存储在主存储器中；(c)将查询库和被查询库的化学环境编码的树状拓扑子图集分别与树状拓扑子图模板进行比较，以分别生成查询库和被查询库的二进制数据，并存储在主存储器中；(d)将查询库和被查询库的二进制数据从主存储器传输至帧缓存；(e)GPU从该帧缓存中读取该查询库和被查询库的二进制数据，并计算两者的相似度值；(f)将相似度值由帧缓存传输至主存储器中；(g)CPU从主存储器中读取相似度值，并输出至存储设备。