一种预测细菌IV型分泌系统效应分子的方法

摘要

本发明公开一种预测细菌IV型分泌系统效应分子的方法，服务器后台通过两个模块，将前台网页中用户提交的蛋白质序列输入预测程序；调用blastpgp程序，计算蛋白质序列的位置特异性迭代打分矩阵,并计算组成特征，将这些特征转换成一个特征向量，调用libSVM程序，并导入使用训练数据集预先建立的模型，对蛋白质进行计算预测并保存，JSP网页不断查询该数据，一旦获得结果，输出到前台网页。本发明预测IVA型效应分子的准确度为76.7％，预测IVB型效应分子的准确度为89.7％，为国内外已知的第一个非基于序列同源性方法的T4SS效应分子预测软件，可应用于细菌IV型分泌系统效应分子的筛选、鉴定和功能研究。