一种用于建立蛋白质体系分子模拟力场的方法

摘要

本发明涉及一种用于建立蛋白质体系分子模拟力场的方法。该力场的建立以氨基酸的四肽链结构为模型，选取了五种具有代表性的结构，模型分子的构型首先在气态用6-31G**基组进行优化，然后在液态用6-31G**，6-311++G**和cc-pVTZ基组做单点校正，MP2/cc-pVTZ方法下用M052x/6-31G**优化的构型做了单点能量计算。液态计算采用的水溶剂模型是IEFPCM，构造空穴时选择的是UAKS联合原子拓扑模型。用这种的方法得到的力场，准确性大大提高，计算的RMS值明显小于其它的力场，接近QM方法的M052x的结果，计算的RMS-C值表明新的力场方法克服了原有力场中构象偏向的缺点。