一种基于Illumina技术组装中华金腰叶绿体基因组序列的方法

摘要

本发明公开一种利用Illumina数据组装中华金腰叶绿体基因组序列的方法。该方法分为四步，首先通过Illumina技术对中华金腰叶绿体全基因组进行测序后，将得到的原始数据比对到叶绿体参考基因组上，获得比对上的数据。其次，将比对上的reads打断为kmer长度，基于De Bruijin算法进行kmer组装成为不同的contigs，并利用contigs之间的overlap关系再次连接得到数据量更大的scaffold。第三，利用原始Illumina测序的数据，对得到的scaffold进一步延伸，将最后得到的scaffold直接map到亲缘关系最近物种的叶绿体基因组上，找到其IR区域，进行手动拼接即可获得完整的植物叶绿体基因组。本发明最大的优点是无需提取叶绿体，直接利用生物信息学方法和手段就可以获取叶绿体基因组及其完整图谱。