一种基于GPU并行计算的复杂疾病基因互作关联分析方法

摘要

本发明提供一种基于GPU并行计算的复杂疾病基因互作关联分析方法，包括如下步骤：步骤一、基于背景控制的主效+上位性检测算法研究，采用两阶段策略：第一阶段，在所有主效和上位性效应中，剔除无关变量，保留较少的变量；第二阶段，将通过第一阶段筛选的变量放入模型中进行最终确定变量选择方法；步骤二、建立基于GPU并行计算的加速算法，得到MRMLM‑GPU新方法；步骤三、MRMLM‑GPU新方法的性能分析。本发明是在MRMLM算法上进行背景控制的上位性拓展以及GPU加速改进，MRMLM算法上位性初筛阶段，SNP以及SNP对之间相互独立，PyCUDA提供了更为简单的编程方式实现GPU的并行。本发明为预测人类疾病的互作基因提供了可行的新方法。