确定肠道细菌亚种的方法及设备

摘要

本发明实施例提供了一种确定肠道细菌亚种的方法及设备。其中，所述方法包括：分析肠道细菌物种的每个样本，获取基因测序深度大于测序深度阈值的细菌物种，将选出的细菌物种的基因序列与PhyloPhlAn标记基因进行比对，实现肠道细菌物种样本的基因序列比对到相应的细菌物种；将基因序列比对后的肠道细菌物种样本进行SNP调用，得到调用SNP的肠道细菌物种样本，根据SNP出现的频率采用k中心点算法，将所述调用SNP的肠道细菌物种样本以细菌物种的形式进行聚类，根据每个聚类的中心点，获取调用SNP的肠道细菌物种样本的候选肠道细菌亚种集，最终确定肠道细菌亚种的集合。本发明实施例提供的确定肠道细菌亚种的方法及设备，可以精确确定肠道细菌亚种的构成及种类。