A Normalization Method Based on Variance and Median Adjustment for RNA-Seq Data and its Evaluation

摘要

随着新一代高通量测序技术的飞快发展，RNA测序技术（RNA-Seq）已经被广泛应用于各种生物的转录组分析中。由于不同的测序文库是由不同测序泳道产生的且测序深度有所不同，导致不同文库不能直接进行比较分析。因此，需要对测序文库序列数据进行标准化处理来调整不同测序泳道的总序列数，消除实验过程中测序技术上的误差，使能够更准确地分析基因的表达差异。 本文提出了最小方差中值标准化方法，基于方差和中值调整对RNA-Seq数据进行标准化，既考虑了测序文库中所有基因的表达水平对全局表达量的影响，又考虑到每个单一的基因表达量影响。本文利用该方法对拟南芥多聚腺苷化[ploy(A)]位点和基因数据集进行分析，基于几...