Dissection génétique des caractères par analyse de liaison et d'association (aspects méthodologiques et application à la sensibilité à l'ostéochondrose chez les Trotteurs Français)

摘要

Diverses lésions ostéochondrales peuvent affecter les articulations des jeunes chevaux et réduire leurs futures performances en course. L objectif de cette thèse est d identifier les régions du génome, appelées locus à caractère quantitatif (QTL), associées avec des caractères mesurant l ostéochondrose (OC) enregistrés dans le programme GENEQUIN sur une population de Trotteurs Français. Le génotypage a été réalisé à l aide de la puce SNP Illumina BeadChip EquineSNP50, qui est dense et permet d exploiter le déséquilibre de liaison par des analyses d association. Ces analyses sont sujettes à certains problèmes en présence d une structure familiale des données. Dans la première partie de la thèse, une comparaison de la puissance et de la robustesse d un choix restreint de méthodes d analyses est effectuée. L originalité de ce travail réside dans la dérivation algébrique des moments des distributions des statistiques de test comparées, donnant ainsi plus de généralité à nos résultats et permettant une meilleure compréhension des différences. Les résultats peuvent notamment servir à l optimisation du dispositif expérimental. La deuxième partie est consacrée à la cartographie des régions QTL des caractères mesurant l OC en différents sites articulaires dans une population de 583 Trotteurs Français. Cette étude a permis de mettre en évidence plusieurs régions QTL d effets moyens et faibles à un niveau significatif mais pas hautement significatif. Nous montrons que l OC est un caractère polygénique et qu aucun QTL, ayant un effet à la fois sur l OC du jarret et l OC du boulet, n est détectable dans ce protocole QTL, ce qui infirme l hypothèse simple d une cause génétique commune de la sensibilité à cette maladie sur les différents sites anatomiques. Suite à ces travaux, l identification des gènes candidats et des mutations causales devrait clarifier la physiopathologie moléculaire de l OC et ainsi permettre de développer des stratégies efficaces pour l évaluation des risques. Pendant ce temps, les marqueurs peuvent être utilisés dans un contexte de sélection assistée par marqueurs afin d améliorer la santé et le bien-être du cheval.