Análisis comparativo de islas de resistencia en los genomas de las cepas multirresistentes de acinetobacter baumannii, acinetobacter nosocomialis y acinetobacter pittii aisladas en Colombia

摘要

Las islas genómicas de resistencia (IGR) constituyen uno de los principales mecanismos genéticos de transferencia horizontal, por los cuales las bacterias causantes de infecciones intrahospitalarias adquieren perfiles de multirresistencia, entre las que se encuentran las especies del género Acinetobacter. En el presente trabajo se realizó la búsqueda de estos elementos genéticos en tres genomas secuenciado de cepas multirresistentes A. baumannii 107m (AB107m), A. nosocomialis 28F (AN28F) y A. pittii 42F (AP42F). Para este fin se comprobó el perfil de multirresistencia de las tres cepas a partir del ensayo de difusión de disco frente a 11 antibióticos. También se realizó una recopilación y análisis de todas las islas reportadas en bases de datos y literatura científica para este género, encontrando 43 IGR, donde se identificaron elementos y características genéticas comunes, como hotspots, genes de movilidad, resistencia y otras características de secuencia el contenido de GC, y frecuencia de dinucleótidos. Tras este análisis se diseñó una estrategia para identificar IGR en genomas de Acinetobacter empleando diferentes herramientas bioinformáticas. Esta estrategia se implementó utilizando controles uno positivo y uno negativo. Aunque se comprobó que la estrategia funciona al ser aplicada a la cepa control logrando identificar la IGR (AbaR4e), también se encontró que en las tres cepas de Acinetobacter en estudio no se encontraron regiones que presentaran todos los elementos y características que definían una IGR. Sin embargo, en A.nosocomialis 28F (AN28F) se identificó, una región con elementos genéticos de una posible IGR que contiene genes de resistencia a metales pesados. Con esta estrategia se encontraron secuencias de inserción asociadas con varios genes de resistencia que podrían favorecer la sobreexpresión y diseminación de elementos de resistencia en los aislamientos colombianos y que pueden asociarse al perfil de resistencia expresado.