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Simulación a mesoescala del comportamiento mucoadhesivo de biopolímeros en contacto con un modelo de mucina empleando el método de dinámica de partícula disipativa (DPD)

机译:使用耗散粒子动力学(DpD)方法的中尺度模拟生物聚合物与粘蛋白模型接触的粘膜粘附行为

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摘要

La dinámica de adsorción de las glicoproteínas tipo mucina, presentes en el moco, es deudespecial interés para el diseño de dispositivos de uso médico y farmacológico donde seudrequiere que su superficie facilite o minimice dicha adsorción. Los factores que influyenuden el mecanismo de adsorción y la interacción proteína-proteína y proteína-superficieuduna vez el moco entra en contacto con una superficie, no están del todo entendidos yuddescritos en la actualidad. En el presente trabajo se realiza el estudio de la dinámica deudadsorción in silico para simular el comportamiento de este tipo de proteínas en contactoudcon una superficie, utilizando el método de Dinámica de Partícula Disipativa (DPD)udimplementado en recursos de computación distribuida de alto rendimiento. Paraudrepresentar los componentes del sistema, se utiliza una caja de simulación compuestaudpor diferentes tipos de partículas (beads), como estrategia de “coarse-graining” para eludestudio del sistema a mesoescala. Como principales variables en la dinámica deudadsorción, se evaluó el efecto de la concentración de proteínas en el sistema y el gradoudde hidrofobicidad de la superficie. Aspectos como posibles cambios conformacionales, laudformación de múltiples capas de proteínas, la relación entre la agregación y la adsorciónudde proteínas, y su reorganización una vez adsorbidas, se observan en los resultados, losudcuales reproducen cualitativamente la tendencia observada in-vitro donde a mayorudconcentración de proteínas y sobre una superficie con una mayor grado deudhidrofobicidad, se presenta una mayor adsorción de este tipo de proteínas.
机译:存在于粘液中的粘蛋白型糖蛋白的吸附动力学对于设计用于医学和药理学用途的装置特别感兴趣,其中需要其表面来促进或最小化所述吸附。一旦粘液与表面接触,影响吸附机理以及蛋白质-蛋白质和蛋白质-表面相互作用的因素尚不完全清楚,目前已进行了描述。在这项工作中,使用分散计算资源中未实现的耗散粒子动力学(DPD)方法,对计算机上的吸附动力学进行了研究,以模拟此类蛋白质与表面接触的行为。高性能。为了表示系统的组成部分,将由不同类型的粒子(珠子)组成的模拟框用作系统中尺度研究的粗粒度策略。作为吸收动力学的主要变量,评估了蛋白质浓度对系统的影响以及表面疏水性的程度。结果中观察到了可能的构象变化,多个蛋白质层的变形,蛋白质聚集与吸附之间的关系以及一旦被吸附后它们的重组等方面,定性地再现了观察到的趋势。在体外,蛋白质的浓度过高并且在具有较高的疏水性的表面上,这种类型的蛋白质具有更大的吸附性。

著录项

  • 作者

    Orozco Rey Juan Carlos;

  • 作者单位
  • 年度 2013
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