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Speed of Conformational Change: Comparing Explicit and Implicit Solvent Molecular Dynamics Simulations

机译：构象变化的速度：显式和隐式溶剂分子动力学模拟的比较

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作者
Anandakrishnan Ramu; Drozdetski Aleksander; Walker Ross C.; Onufriev Alexey V.;
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年度 2015
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1. Speed of Conformational Change: Comparing Explicit and Implicit Solvent Molecular Dynamics Simulations [J] . Anandakrishnan Ramu, Drozdetski Aleksander, Walker Ross C., Biophysical Journal . 2015,第5期

机译：构象变化的速度：显式和隐式溶剂分子动力学模拟的比较
2. Discrimination between native and intentionally misfolded conformations of proteins: ES/IS, a new method for calculating conformational free energy that uses both dynamics simulations with an explicit solvent and an implicit solvent continuum model. [J] . Vorobjev YN, Almagro JC, Hermans J Proteins: Structure, Function, and Genetics . 1998,第4期

机译：区分蛋白质的天然构象和有意错误折叠的构象：ES / IS，一种计算构象自由能的新方法，该方法同时使用具有显式溶剂和隐式溶剂连续体模型的动力学模拟。
3. ES/IS: estimation of conformational free energy by combining dynamics simulations with explicit solvent with an implicit solvent continuum model. [J] . Vorobjev YN, Hermans J Biophysical Chemistry: An International Journal Devoted to the Physical Chemistry of Biological Phenomena . 1999,第1a2期

机译：ES / IS：通过将动力学模拟与显式溶剂与隐式溶剂连续模型相结合，估算构象自由能。
4. Effective Computational Method for Evaluation of Dynamic Elecrostatic Effects of Explicit Solvent and Membrane Molecules from Molecular Dynamics Simulations [C] . Yonezawa Yasushige 2011 IEEE Seventh International Conference on e-Science Workshops . 2011

机译：通过分子动力学模拟评估显式溶剂和膜分子的动态静电效应的有效计算方法
5. All-Atom Explicit-Solvent Replica-Exchange Molecular Dynamics Simulations of the Alzheimer's Disease Abeta Monomer. [D] . Lockhart, Christopher. 2015

机译：阿尔茨海默氏病Abeta单体的全原子显式溶剂复制交换分子动力学模拟。
6. Speed of Conformational Change: Comparing Explicit and Implicit Solvent Molecular Dynamics Simulations [O] . Ramu Anandakrishnan, Aleksander Drozdetski, Ross C. Walker, 2015

机译：构象变化的速度：显式和隐式溶剂分子动力学模拟的比较
7. Molecular dynamics studies of a DNA-binding protein: 2. An evaluation of implicit and explicit solvent models for the molecular dynamics simulation of the Escherichia coli trp repressor. [O] . Guenot, J., Kollman, P. A. 1992

机译：DNA结合蛋白的分子动力学研究：2.对隐含和显式溶剂模型的评估，用于大肠杆菌trp阻遏物的分子动力学模拟。
8. Efficient Conformational Sampling in Explicit Solvent Using a Hybrid Replica Exchange Molecular Dynamics Method. [R] . Chaudhury, S., Olson, M. A., Tawa, G., 2011

机译：使用混合副本交换分子动力学方法的显式溶剂中的有效构象取样。

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