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Chaste: a test-driven approach to software development for physiological modelling

机译:Chaste:一种基于测试的生理建模软件开发方法

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摘要

Chaste is a software library and set of test suites for modelling phenomena in the domain of computational biology. Specifically these the modelling problems arise in the fields of cancer modelling, cardiac simulation and soft-tissue engineering (Chaste stands for ‘Cancer, heart and soft-tissue environment’). It is released under the LGPL 2.1 licence.ududChaste has been developed using agile programming methods. The project began 5 years when it was reasoned that the modelling of a variety of physio-logical phenomena requires both a generic mathematical modelling framework, and a generic computational/simulation framework. The Chaste project was formed as part of the larger Integrative Biology e-Science (IB) Project ([14]), an inter-institutional project aimed at developing a suitable IT infrastructure to support physiome-level computational modelling, with a focus on cardiac and cancer modelling.
机译:Chaste是一个软件库和一组测试套件,用于对计算生物学领域中的现象进行建模。具体而言,这些建模问题出现在癌症建模,心脏仿真和软组织工程领域(Chaste代表“癌症,心脏和软组织环境”)。它是根据LGPL 2.1许可发布的。 ud udChaste已使用敏捷编程方法开发。该项目开始于5年,原因是要对各种生理现象进行建模既需要通用的数学建模框架,又需要通用的计算/模拟框架。 Chaste项目是更大的整合生物学电子科学(IB)项目([14])的一部分,该项目是一个机构间项目,旨在开发合适的IT基础设施来支持生理组水平的计算建模,重点是心脏和癌症建模。

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