机译:AthaMap Web工具用于数据库辅助识别组合式顺式调控元件并在拟南芥中显示高度保守的转录因子结合位点
机译:AthaMap Web工具用于数据库辅助识别组合式顺式调控元件并在拟南芥中显示高度保守的转录因子结合位点
机译:AthaMap Web工具用于数据库辅助识别组合式顺式调控元件并在拟南芥中显示高度保守的转录因子结合位点
机译:大肠杆菌K-12细菌基因组中TSS,启动子和转录因子结合位点的全基因组鉴定:开发用于以图形方式显示高通量测序数据的生物信息学工具
机译:锌指转录因子对神经内分泌基因表达的正向和负向调节:鉴定大鼠催产素启动子中的视黄酸阴性反应元件,并克隆与保守元件结合的新型因子,该元件对于生长激素基因的有效表达至关重要
机译:AthaMap Web工具用于数据库辅助识别组合式顺式调控元件并在拟南芥中显示高度保守的转录因子结合位点
机译:图4:(a)一种保守序列,其发生在芯片-SEQ数据集中的46,264个结合位点峰值中的79倍。说明了这种保守序列的突变分布,其中'_'表示该碱度不变; del表示此基础丢失; INS X表示新的基础X插入此基础前面。 (b)列出了几种重复的元素模式。 (c)在第一栏中,示出了由MEME芯片工具(Machanick&Bailey,2011)开采的前五个DNA主题。由CFSP算法发现的相应保守序列列于第二列中。在第三列中,列出了从突变信息转换的特定位置的评分矩阵。 MEME主题与PSSM格式的相似性与PSSM格式之间的相似性通过邮票图章比较工具(Mahony&Benos,2007)计算。这些对相似性的电子值显示在第四列中。 (d)在由GKMSVM描述符聚集的每个组中选择了一个图案,下面列出了CFSP算法的相应主题。 (e)从https://www.encodeproject.org收集的,有附加数据集(文件no:cernff100grl,cenf616irl,conf8.20cer,target:srebf1)。使用MEME工具在每个文件中选择前两个图案,并且我们的算法发现的相应主题如下所示。