Epidemiologia de les infeccions respiratòries víriques a l'hospital de la Santa Creu i Sant Pau estudi retrospectiu de 17 anys, i avaluació de dos mètodes moleculars pel diagnòstic virològic /

摘要

En aquesta tesis s'ha determinat l'epidemiologia dels principals virus respiratoris circulants en el nostre medi i s'ha avaluat l'aportació de la tecnologia molecular al diagnòstic de rutina de les infeccions respiratòries víriques. Es van recollir les dades dels virus respiratoris detectats entre gener de 1997 i desembre de 2013, a l'Hospital de la Santa Creu i Sant Pau. Es va analitzar la freqüència, la distribució estacional i la relació entre els virus detectats amb l'edat i el sexe dels pacients. Les mostres incloses van ser mocs nasofaringis, exsudats nasals i faringis, rentades broncoalveolars i biòpsies pulmonars i es van analitzar mitjançant tècniques d'immunocromatografia, immunofluorescència (IF), cultiu cel·lular (CC) i detecció d'àcids nucleics dels virus gripals. De les 36.744 mostres estudiades, 13.201 (35,9%) van resultar positives per un o més virus. En total es van detectar 13.630 virus respiratoris, dels quals el RSV (29,4%) va ser el virus més detectat, el FLUAV (28,7%) el segon i l'AdV (14,7%) el tercer. La resta de virus respiratoris es van detectar amb una freqüència inferior al 10%: EV (9,3%), FLUBV (6,7%), hMPV (5,1%), RV (4,4%), PIV-3 (3%), PIV-1 (1,1%) i PIV-2 ( 1%). Es van trobar 428 co-deteccions (3,2%). Els RSV, FLUAV, AdV, EV i PIV-3 es van detectar durant tots els anys. La resta van presentar una distribució heterogènia al llarg dels anys. Els mesos amb més deteccions positives van ser els mesos d'hivern i els de menys, els mesos d'estiu. Alguns virus presentaven una distribució estacional en forma de pics en mesos concrets: el RSV durant els mesos de novembre a gener, el hMPV de febrer a maig, el FLUAV de desembre a març, el FLUBV de gener a març i el PIV-2 de setembre a desembre. La resta dels virus respiratoris es van detectar al llarg de tot l'any. Les co-deteccions es van trobar principalment entre octubre i març durant tots els anys. De manera destacada, durant la pandèmia de virus gripal de 2009/2010 el FLUAV va representar el 43% dels virus detectats mentre que el 57% corresponia a altres virus respiratoris. En menors de 6 mesos, es va detectar almenys un virus respiratori en un 37,4% de les mostres; de 6 a 12 mesos en un 51,2%; entre 1 i 3 anys, en un 50,8%; entre 3 i 5 anys, en un 42,7% i entre 5 i 18 anys en un 32,2%. A partir d'aquesta edat el percentatge de positivitat era al voltant del 15%. El 56,1% i el 43,9% dels virus detectats eren de mostres d'homes i dones, respectivament. Aquesta ràtio home:dona superior a 1 es va trobar en tots els grups d'edat excepte en els rangs de 18 a 40 anys. Per determinar l'aportació de les tècniques de PCR al diagnòstic dels virus respiratoris, es van comparar dues tècniques moleculars: Seeplex® que utilitza la tecnologia DPO™ (Dual Priming Oligonucleotide) i CLART®, amb tecnologia de microarrays. Es van analitzar 80 mocs nasofaringis de pacients menors de 6 anys amb sospita d'infecció respiratòria vírica. En la comparació entre els mètodes moleculars i els convencionals es va observar que els resultats variaven segons la tècnica. Es van obtenir 37, 40 i 62 mostres positives per IF/CC, Seeplex® i CLART®, respectivament. Seeplex® i CLART® van detectar 11 i 57 virus més que IF/CC, respectivament. Dels virus detectats només per PCR, el 72% corresponien a RV, hMPV, HCoV-OC43, PIV-4, FLUCV i HBoV. Mitjançant PCR es van trobar co-deteccions en 30 mostres i cap per IF/CC. El gran repte que planteja el diagnòstic molecular de les infeccions respiratòries víriques és poder determinar si el virus detectat és el causant del quadre clínic del pacient