Elargissement de la base génétique de l'arachide cultivée (#Arachis hypogaea#) : applications pour la construction de populations, l'identification de QTL et l'amélioration de l'espèce cultivée

摘要

L'arachide (Arachis hypogaea L.) est une plante allotétraploïde (2n = 4x = 40) issue d'un événement récent d'hybridation entre deux espèces sauvages suivi d'un doublement spontané des chromosomes. La variabilité génétique existant dans le compartiment cultivé est faible. Les espèces diploïdes sauvages apparentées à l'arachide cultivée représentent un important réservoir d'allèles nouveaux utilisables pour élargir le pool génique du cultigène. L'objectif général de cette thèse est d'augmenter les marges de progression en amélioration de l'arachide par recours aux ressources génétiques sauvages. Nous avons développé une population BC1F1 à partir du croisement entre Fleur11 et un amphidiploïde synthétique (A. ipaensis x A. duranensis)x4 qui associe les génomes des plus probables progéniteurs sauvages de l'espèce cultivée. Nous avons d'abord construit une carte génétique comprenant 298 loci positionnés sur 21 groupes de liaison avec une taille totale de 1843.7 cM. Nous avons ensuite conduit une analyse AB-QTL pour plusieurs caractères impliqués dans la productivité, l'adaptation et la domestication de l'arachide. Au total, nous avons cartographié 95 QTL. Pour plusieurs QTL, les effets positifs sont associés aux allèles provenant des espèces sauvages. Nous avons aussi identifié trois régions du génome qui portent des empreintes de la domestication. Nous avons enfin développé une population de 122 lignées d'introgression à l'aide d'une stratégie de sélection assistée par marqueurs. L'ensemble des groupes de liaison sont couverts avec des fragments chevauchants, issus des donneurs sauvages, d'une taille moyenne de 39.2 cM et chaque lignée comprend en moyenne 1.2 fragments. Nous avons par ailleurs discuté l'utilisation de cette collection de lignées d'introgression pour des applications de sélection et de génétique. Nos résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour l'amélioration de l'arachide par croisement avec les espèces sauvages apparentées.(Résumé d'auteur)