Dans les cellules eucaryotes, l’ADN est organisé en une structure nommée la chromatine, qui permet sa compaction dans le noyau principalement grâce à des protéines nommées les histones. Ces hauts niveaux de compaction constituent une barrière à plusieurs processus cellulaires impliquant l’ADN, tel que la transcription. Dans le laboratoire, nous nous intéressons particulièrement à la régulation de la transcription de gènes cibles de AhR, plus particulièrement des gènes CYP1A1 et CYP1B1, dont les enzymes sont impliquées dans le métabolisme de divers polluants environnementaux. Les travaux effectués lors de ma maîtrise sont basés sur l’hypothèse que la dynamique et le positionnement des nucléosomes vont influencer l’expression de CYP1A1 et CYP1B1 en réponse au TCDD. La technique de MNase-seq a permis de visualiser le positionnement putatif de nucléosomes aux promoteurs de ces deux gènes, ainsi que de comparer le positionnement de nucléosomes avant et après induction des gènes en réponse au TCDD. À la lumière de ces résultats, peu de variations dans le positionnement de nucléosomes ont été observées aux deux gènes avant et après induction par le TCDD. Cependant, ceci n’exclut pas que des changements aient lieux, mais ils sont peut-être subtils et la technique utilisée manque de résolution pour nous permettre de les observer. Afin de vérifier les résultats de MNase-seq, nous avons utilisé d’autres techniques pour examiner le positionnement de nucléosomes à CYP1A1 et CYP1B1, ainsi que la présence ou l’absence du variant d’histone H2A.Z. Des expériences de ChIPs et Mono-ChIPs ont été effectués, et les résultats obtenus à CYP1A1 corrèlent avec ceux de MNase-seq. Cependant, ceux obtenus à CYP1B1 ne corrèlent pas avec ceux observés en MNase-seq. En effet, on observe une perte marquée de H3 et H2A.Z aux XREs 2 et 3, ce qui suggère une perte potentielle de nucléosome(s) à cet endroit, qui n’a pas été observé avec le MNase-seq. Les résultats générés lors de mes travaux de maîtrise procurent les premières cartes à haute résolution du positionnement de nucléosomes aux promoteurs des gènes CYP1A1 et CYP1B1. De plus, ils renforcent davantage l’idée que des mécanismes différents sont impliqués dans la régulation de CYP1A1 et CYP1B1. En effet, l’influence de la chromatine et du variant d’histone H2A.Z sur la régulation de la transcription de ces deux gènes s’exerce possiblement par des mécanismes différents, mais plus de travaux sont nécessaires pour approfondir nos connaissances sur ces mécanismes.
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