机译:活性增强子的位置可以从染色质标记和集体序列基序数据中准确预测
机译:活性增强子的位置可以从染色质标记和总体序列基序数据中准确预测
机译:序列基序,染色质状态和DNA结构特征对酵母中转录因子结合的预测模型的贡献。
机译:Flame - 用于序列数据集中连续模式发现的可靠和准确的主题检测器
机译:预测发育性肢体增强子并量化增强子之间的母题序列差异。
机译:活性增强子的位置可以从染色质标记和集体序列基序数据中准确预测
机译:图4:(a)一种保守序列,其发生在芯片-SEQ数据集中的46,264个结合位点峰值中的79倍。说明了这种保守序列的突变分布,其中'_'表示该碱度不变; del表示此基础丢失; INS X表示新的基础X插入此基础前面。 (b)列出了几种重复的元素模式。 (c)在第一栏中,示出了由MEME芯片工具(Machanick&Bailey,2011)开采的前五个DNA主题。由CFSP算法发现的相应保守序列列于第二列中。在第三列中,列出了从突变信息转换的特定位置的评分矩阵。 MEME主题与PSSM格式的相似性与PSSM格式之间的相似性通过邮票图章比较工具(Mahony&Benos,2007)计算。这些对相似性的电子值显示在第四列中。 (d)在由GKMSVM描述符聚集的每个组中选择了一个图案,下面列出了CFSP算法的相应主题。 (e)从https://www.encodeproject.org收集的,有附加数据集(文件no:cernff100grl,cenf616irl,conf8.20cer,target:srebf1)。使用MEME工具在每个文件中选择前两个图案,并且我们的算法发现的相应主题如下所示。