Analisis Keragaman Sekuens Potyvirus Sebagai Dasar Untuk Perakitan Tanaman Unggul dan Tahan Terhadap Penyakit Yang Disebabkan Oleh Potyviral Melalui Rekayasa Genetik

摘要

Salah satu kendala dalam proses produksi pertanian adalah adanya serangan penyakit tanaman, khususnya patogen virus penyebab penyakit. Potyvirus merupakan kelompok virus yang tergolong sebagai salah satu penyebab penyakit penting dengan kisaran tanaman inang yang sangat luas pada negara di daerah tropik dan sub tropik. Perkembangan bioteknologi berbasis biologi molekuler dapat digunakan untuk membantu dalam pengelolaan penyakit virus melalui pendekatan biologi, ekologi, dan epidemiologi penyakit. Oleh karena dalam penelitian ini, pendekatan biologi molekuler dimanfaatkan untuk karakterisasi populasi genetik potytirus yang menginfeksi tanaman komoditas unggulan dan tanaman lainnya. Hal tersebut bermanfaat dalam pengembangan teknik diagnosis penyakit, deteksi infeksi virus secara dini, cepat dan akurat untuk perakitan tanaman tahan virus melalui rekayasa genetik. Penelitian tahun kedua ini bertujuan untuk mengetahui variabilitas genetik potyvirus yang menginfeksi beberapa komoditas pertanian unggulan di Sulawesi Selatan sebagai informasi penting untuk menciptakan tanaman unggul dan tahan terhadap potyviral sehingga menjadi dasar untuk pengembangan tanaman transgenik skala produksi untuk dimanfaatkan dalam penerapan teknologi pengendalian penyakit terpadu untuk peningkatan produktivitas pertanian serta memperkuat ketahanan pangan. Penelitian tahun kedua ini meliputi : 1) ekstraksi RNA total, deteksi viral RNA potyvirus dengan RT-PCR, purifikasi fragmen target DNA, 2) sequensing genomik DNA target sebagai kandidat gen rekombinan, 3) purifikasi DNA target untuk persiapan kloning, 4) kloning gen target pada vektor amplifikasi, 5) deteksi keberadaan insert DNA dalam vektor, dan 6) sekuensing dan analisis kandidat DNA target. Hasil penelitian tahun kedua ini menunjukkan adanya kelompok potyvirus yang menginfeksi beberapa jenis tanaman. Kelompok potyvirus ini memiliki tingkat homologi berkisar antara 92-96 % berdasarkan analisis homologi menggunakan program BLAST dan Bioedit. Hasil penelitian ini juga menunjukkan bahwa gen VPg dan NIb dapat digunakan sebagai kandidat DNA rekombinan untuk menghasilkan tanaman transgenik tahan potyviral.