A Genomic Analysis Of Paenibacillus Macerans ATCC 8244, A Gram Positive Nitrogen Fixing Bacterium

摘要

Paenibacillus macerans ATCC 8244 adalah bakteria pembentuk spora jenisudGram-positif yang berkemungkinan mempunyai kebolehan metabolik yang palingudluas antara ahli genus Paenibacillus. P. macerans boleh melakukan fermentasi gulaudheksosa, pentosa, selulosa dan hemiselulosa. Di samping itu, keupayaan untukudmengikat nitrogen mewujudkan potensi agronomi. Kajian ini mengemukakan satuudpendekatan genomik menyeluruh untuk pencirian mikroorganisma ini. Analisisudfilogenomik menunjukkan bahawa genom terdekat yang dikenalpasti adalah P.udmacerans strain ZY18 dengan identiti 98 peratus. Perhimpunan draf genomudmenghasilkan sejumlah 7.305.296 pasangan bes (bp) yang dibentuk oleh 97udperancah. Nilai N50 bagi perancah adalah 157,355 bp. Saiz purata perancah adalahud75,312 bp dan nisbah GC purata genom draf adalah 53.14%. Ramalan dan anotasiudgen yang dibuat pada peringkat perancah menghasilkan 6953 jujukan pengekodan.udIni termasuk 85 gen tRNA dan 9 gen rRNA.ududPaenibacillus macerans ATCC 8244 is a Gram-positive, spore-formingudbacterium with possibly the widest metabolic capabilities among the Paenibacillusudgenus. It is able to perform fermentation of hexoses, deoxyhexoses, pentoses,udcellulose, and hemicelluloses. In addition, its ability to fix nitrogen creates anudagronomic potential. This study presents a whole genomic approach to give audholistic view of the features of this microorganism. A phylogenomic analysisudrevealed that the nearest genome identified was Paenibacillus macerans strainudZY18 with 98 percent identity. The draft genome assembly yielded a total ofud7,305,296 base pairs (bp) formed by 97 scaffolds. The N50 value of the scaffold wasud157,355 bp. The average scaffold size was 75,312 bp and the average GC ratio of theuddraft genome was 53.14 %. Gene prediction and annotation performed at the scaffoldudlevel yielded 6953 coding sequences. These included genes for 85 tRNAs and 9udrRNAs.