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Note : Network random walk model of two-state protein folding : Test of the theory

机译:注意:二态蛋白质折叠的网络随机游走模型:理论检验

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摘要

We study two-state protein folding in the framework of a toy model of protein dynamics. This model has an important advantage: it allows for an analytical solution for the sum of folding and unfolding rate constants [A. M. Berezhkovskii, F. Tofoleanu, and N.-V. Buchete, J. Chem. Theory Comput. 7, 2370 (2011)10.1021/ct200281d] and hence for the reactive flux at equilibrium. We use the model to test the Kramers-type formula for the reactive flux, which was derived assuming that the protein dynamics is described by a Markov random walk on a network of complex connectivity [A. Berezhkovskii, G. Hummer, and A. Szabo, J. Chem. Phys. 130, 205102 (2009)10.1063/1.3139063]. It is shown that the Kramers-type formula leads to the same result for the reactive flux as the sum of the rate constants.
机译:我们研究蛋白质动力学的玩具模型框架内的两种状态的蛋白质折叠。这个模型有一个重要的优点:它允许折叠和展开速率常数之和的解析解[A. M. Berezhkovskii,F.Tofoleanu和N.-V. Buchete,J. Chem。理论计算。 7,2370(2011)10.1021 / ct200281d],因此对于平衡时的电抗性通量。我们使用该模型测试反应性通量的Kramers型公式,该公式假定蛋白质动力学由复杂连接性网络上的Markov随机游动描述[A. Berezhkovskii,G。Hummer和A. Szabo,J。Chem。物理130,205102(2009)10.1063 / 1.3139063]。结果表明,Kramers型公式得出的反应通量的结果与速率常数之和相同。

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