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GateKeeper-GPU: Fast and Accurate Pre-Alignment Filtering in Short Read Mapping

机译：GateKeeper-GPU：短读取映射中的快速准确的预先定位滤波

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Zulal Bingol; Mohammed Alser; Onur Mutlu; Ozcan Ozturk; Can Alkan;
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年度 2021
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1. GateKeeper: a new hardware architecture for accelerating pre-alignment in DNA short read mapping [J] . Alser Mohammed, Hassan Hasan, Xin Hongyi, Bioinformatics . 2017,第21期

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2. Shifted Hamming distance: a fast and accurate SIMD-friendly filter to accelerate alignment verification in read mapping [J] . Xin Hongyi, Greth John, Emmons John, Bioinformatics . 2015,第10期

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3. A Fast and Accurate FPGA System for Short Read Mapping Based on Parallel Comparison on Hash Table [J] . Yoko SOGABE, Tsutomu MARUYAMA IEICE transactions on information and systems . 2017,第5期

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4. GateKeeper-GPU: Fast and Accurate Pre-Alignment Filtering in Short Read Mapping [C] . Zülal Bingöl, Mohammed Alser, Onur Mutlu, IEEE International Parallel and Distributed Processing Symposium Workshops . 2021

机译：GateKeeper-GPU：短读取映射中的快速准确的预先定位滤波
5. Faster algorithms for read mapping and application to fusion detection [D] . Gupta, Nitish 2016

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6. GateKeeper: a new hardware architecture for accelerating pre-alignment in DNA short read mapping [O] . Mohammed Alser, Hasan Hassan, Hongyi Xin, -1

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7. SneakySnake: a fast and accurate universal genome pre-alignment filter for CPUs, GPUs and FPGAs [O] . Mohammed Alser, Taha Shahroodi, Juan Gómez-Luna, 2020

机译：SneakySnake：CPU，GPU和FPGA的快速准确的通用基因组预订滤波器

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