机译:图1:(A-C)通过过渡γ染色体3R区域注释的例子。对于给定的Hi-C矩阵的Schneider-2细胞(A),TAD分段(B)通过ARMATUS计算一组γ值(从0到10,步骤为0.01)。 B中的每一线代表单个TAD。然后针对每个基因组区域计算γ过渡(C),作为该区域变为TAD或TAD边界的伽马的最小值。 C中的蓝线表示每个基因组箱的过渡伽马值。图(b)和(c)受γ2的限制,以便更好地可视化,尽管它们持续到10.星号(*)表示具有1.64的伽马过渡的区域,伽玛的最小值,相应的伽玛区域从TAD转换到TAD。 (d)施导德-2细胞系的靶值过渡γ的直方图。请注意10峰值。
机译:基于小波方法的伽马调整过渡区域滤波分割牙齿
机译:图1:用于:(a)区域的长距离触点的可视化示例,这里增强了来自人胎儿脑细胞的两个10kb分辨率的Hi-C地图。从兴趣点计算联系人高达30个距离距离。顶部到底:jbrowse(Skinner等,2009)截图,具有基因和互动曲线表示(绿色兴趣点,它们的黄色接触预测); HICENTERPLISE交互配置曲线图具有强度(由距离加权)和FDR校正的P值(Q值)的-LOG10,其阈值设置为0.01。 (b)TADS,这里是来自Huvec的第17次染色体的150 KB分辨率Hi-C地图的Hicenterprise可视化。左上三角:原版Hi-C地图接触频率;右下三角形:跨度相互作用的Q值的-log10计算,使用超几何分布计算。