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Comparing alchemical and physical pathway methods for computing the absolute binding free energy of charged ligands

机译：比较炼金术和物理途径方法计算带电配体的绝对结合自由能

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Nanjie Deng; Di Cui; Bin W. Zhang; Junchao Xia; Jeffrey Cruz; Ronald Levy;
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年度 2018
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1. Comparing alchemical and physical pathway methods for computing the absolute binding free energy of charged ligands [J] . Deng Nanjie, Cui Di, Zhang Bin W., Physical chemistry chemical physics: PCCP . 2018,第25期

机译：比较炼金术和物理途径方法计算带电配体的绝对结合自由能
2. Combining Alchemical Transformation with a Physical Pathway to Accelerate Absolute Binding Free Energy Calculations of Charged Ligands to Enclosed Binding Sites [J] . Cruz Jeffrey, Wickstrom Lauren, Yang Danzhou, Journal of chemical theory and computation: JCTC . 2020,第4期

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3. Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site. [J] . Boyce SE, Mobley DL, Rocklin G Journal of Molecular Biology . 2009,第4期

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4. CALCULATION OF PROTEIN-LIGAND BINDING FREE ENERGYUSING SMOOTH REACTION PATH GENERATION (SRPG) METHOD;A COMPARISON OF THE EXPLICIT WATER MODEL, GB/SA MODELAND DOCKING SCORE FUNCTION [C] . DAISUKE MITOMO, YOSHIFUMI FUKUNISHI, JUNICHI HIGO, International Conference on Genome Informatics . 2009

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5. Using computational alchemy to predict protein-ligand binding free energies [D] . Lawrenz, Morgan 2011

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7. Virtual Double-System Single-Box: A Nonequilibrium Alchemical Technique for Absolute Binding Free Energy Calculations: Application to Ligands of the SARS-CoV-2 Main Protease [O] . Marina Macchiagodena, Marco Pagliai, Maurice Karrenbrock, 2020

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