Анализ сайтов встраивания Т-ДНК инсерций у трансгенных растений табака

摘要

Проведено клонирование прилежащих к трансгену областей геномной ДНК, выделенной из 17 трансгенных растений табака методом «инвертированной» ПЦР. В результате анализа первичных последовательностей 34 клонированных фрагментов ДНК установлено, что 10 из них имели 100%-ную гомологию с векторными последовательностями, не входящими в Т-ДНК область. Девять полученных нуклеотидных последовательностей имели гомологию с повторяющимися последовательностями в геноме табака. Процент гомологии варьировал от 70 до 90 %, причем идентифицированные повторы принадлежали к разным типам. Для большей части проанализированных фрагментов не выявлено гомологий с последовательностями, депонированными в базах данных. Выравнивание усеченных в процессе встраивания последовательностей левой и правой границ Т-ДНК инсерций выявило значительную кластеризацию (в районе десяти нуклеотидов) сайтов усечения для левой границы. Необходимо отметить, что пять последовательностей имели идентичные сайты усечения +23Т, что свидетельствовало о предпочтительном использовании этого нуклеотида. АТ-содержание варьировало от 51 до 72 %, что было близко к суммарному проценту АТ пар в геноме табака.