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【2h】

ARDEP, a Rapid Degenerate Primer Design Pipeline Based on k-mers for Amplicon Microbiome Studies

机译：ARDEP，一种基于K-MERS用于扩增子微生物研究的快速退化底漆设计管线

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作者
Yueni Wu; Kai Feng; Ziyan Wei; Zhujun Wang; Ye Deng;
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年度 2020
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1. Evaluating the accuracy of amplicon-based microbiome computational pipelines on simulated human gut microbial communities [J] . Jonathan L. Golob, Elisa Margolis, Noah G. Hoffman, BMC Bioinformatics . 2017,第1期

机译：在模拟的人类肠道微生物群落上评估基于扩增子的微生物组计算管线的准确性
2. Automated Primer Design for Single-tube Multiplex PCR for Tiled Amplicon Resequencing-TP53 Assay Design and Characterization as a Pilot Study [J] . Zillmann M., Ke Y., Lodato N., The Journal of molecular diagnostics: JMD . 2018,第6期

机译：用于平铺扩增子Resequecon-TP53测定设计和表征的单管多重PCR自动底漆设计作为试验研究
3. Slippage of degenerate primers can cause variation in amplicon length [J] . Vasco Elbrecht, Paul D. N. Hebert, Dirk Steinke Scientific reports. . 2018,第1期

机译：简并引物的滑动会导致扩增子长度的变化
4. Degenerate primer design system for gene biodiversity study using dynamic pattern matching [C] . Treeratanajaru Weeris, Watcharamul Supawin, Lipikorn Rajalida . 2012

机译：利用动态模式匹配进行基因多样性研究的简并引物设计系统
5. Design and Implementation of Degenerate qPCR/qRT-PCR Primers to Detect Microbial Nitrogen Metabolism in Wastewater and Wastewater-Related Samples [D] . Keeley, Ryan F. 2019

机译：退化QPCR / QRT-PCR引物的设计与实现，以检测废水和废水相关样品中的微生物氮代谢
6. ARDEP a Rapid Degenerate Primer Design Pipeline Based on k-mers for Amplicon Microbiome Studies [O] . Yueni Wu, Kai Feng, Ziyan Wei, 2020

机译：ARDEP一种基于K-MERS用于扩增子微生物研究的快速退化底漆设计管线
7. Skip the Alignment: Degenerate, Multiplex Primer and Probe Design Using K-mer Matching Instead of Alignments [O] . Hysom, David A., Naraghi-Arani, Pejman, Elsheikh, Maher, 2012

机译：跳过比对：使用K-mer匹配而不是比对的简并，多重引物和探针设计

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