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Predicting Ligand Binding Affinity with Alchemical Free Energy Methods in a Polar Model Binding Site

机译：预测配体与极性模型结合位点中的缩生式自由能方法的配体结合亲和力

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Sarah E. Boyce; David L. Mobley; Gabriel J. Rocklin; Alan P. Graves; Ken A. Dill; Brian K. Shoichet;
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年度 2009
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1. Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site. [J] . Boyce SE, Mobley DL, Rocklin G Journal of Molecular Biology . 2009,第4期

机译：在极性模型结合位点使用炼金术自由能方法预测配体结合亲和力。
2. Combining Alchemical Transformation with a Physical Pathway to Accelerate Absolute Binding Free Energy Calculations of Charged Ligands to Enclosed Binding Sites [J] . Cruz Jeffrey, Wickstrom Lauren, Yang Danzhou, Journal of chemical theory and computation: JCTC . 2020,第4期

机译：将炼金术转化与物理途径组合以加速带电配体的绝对结合能量计算到封闭的结合位点
3. Using physics-based pose predictions and free energy perturbation calculations to predict binding poses and relative binding affinities for FXR ligands in the D3R Grand Challenge 2 [J] . Christina Athanasiou, Sofia Vasilakaki, Dimitris Dellis, Journal of Computer-Aided Molecular Design . 2018,第1期

机译：使用基于物理的姿态预测和自由能扰动计算，以预测D3R大挑战2中FXR配体的结合姿势和相对结合亲和力
4. Identification of ligand-receptor binding affinity using AlGaN/GaN high electron mobility transistors and binding-site models [C] . Wang Yu-Lin, Chih-Cheng Huang, You-Ren Hsu, IEEE International Conference on Nano/Micro Engineered and Molecular Systems . 2013

机译：使用AlGaN / GaN高电子迁移率晶体管和结合位点模型鉴定配体-受体结合亲和力
5. Using computational alchemy to predict protein-ligand binding free energies [D] . Lawrenz, Morgan 2011

机译：使用计算炼金术预测蛋白质-配体结合自由能
6. Predicting ligand binding affinity with alchemical free energy methods in a polar model binding site [O] . Sarah E. Boyce, David L. Mobley, Gabriel Rocklin, -1

机译：预测配体与极性模型结合位点中的缩生式自由能方法的配体结合亲和力
7. Comparing alchemical and physical pathway methods for computing the absolute binding free energy of charged ligands [O] . Nanjie Deng, Di Cui, Bin W. Zhang, 2018

机译：比较炼金术和物理途径方法计算带电配体的绝对结合自由能

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