Εφαρμογή επαναδιασταυρώσεων μεταξύ εμπορικών ποικιλιών και διειδικών υβριδίων βαμβακιού και γενετική ανάλυση με χρήση μοριακών δεικτών τύπου rapds

摘要

Στα πλαίσια της παρούσας εργασίας αξιολογήθηκε η συνδυαστική ικανότηταμεταξύ εμπορικών ποικιλιών και διειδικών υβριδίων βαμβακιού και εφαρμόστηκανμοριακοί δείκτες τύπου RAPD για την γενετική ανάλυση τόσο των μητρικώνποικιλιών όσο και των απογόνων. Αρχικά πραγματοποιήθηκε η εγκατάσταση τουπειράματος στον αγρό τηρώντας όλες τις απαραίτητες καλλιεργητικές φροντίδες κατάτην διάρκεια του έτους 2008-2009. Στα διάφορα στάδια ανάπτυξης των φυτώνλαμβάνονταν μετρήσεις και παρατηρήσεις όσο αναφορά την φυτρωτική ικανότητακαι κυρίως είχαν σαν αντικειμενικό σκοπό τη συλλογή πληροφοριών για τηναναγνώριση των φαινοτύπων που διέθεταν χαρακτηριστικά του G. hirsutum, G.barbadense ή συνδυασμό των δυο αυτών ειδών. Ακολούθησε η εφαρμογή τωνδιασταυρώσεων (ξεκίνησαν 22/07/2008 και ολοκληρώθηκαν 10/08/2008) και πρέπεινα αναφέρουμε ότι η όλη διαδικασία γίνεται μόνο κατά τις πρώτες πρωινές ώρες έτσιώστε να αποφύγουμε τυχόν φυσικές επικονιάσεις (έντομα). Επίσης η επιλογή τωνανθών γίνεται όταν αυτά βρίσκονται στο στάδιο της κορώνας. Στην συνέχεια,περιλάβαμε τους καρπούς-σπόρους που πρόεκυψαν από τις επιτυχείς διασταυρώσεις(απογόνους) και πραγματοποιήσαμε νέα σπορά στον χώρο στου εργαστηρίου καιμέσα σε Jiffy pellets.Έχοντας στην διάθεση μας φυτικό υλικό τόσο από τους γονείς όσο και από τουςαπογόνους των διασταυρώσεων ξεκίνησε η γενετική ανάλυση με χρήση μοριακώνδεικτών. Αρχικά απομονώθηκε το γενετικό υλικό των 17 γενοτύπων σύμφωνα με τηνCTAB μέθοδο για απομόνωση ολικού DNA και ακολούθησε η πέψη RNA (removeRNA) για να βελτιώσουμε την ποιότητα του γενετικού μας υλικού. Για τηνβελτιστοποίηση των συνθηκών αντίδρασης κρίθηκε αναγκαίος ο προσδιορισμός τηςσυγκέντρωσης του DNA των δειγμάτων και των εκκινητών με χρήση του Nanodrop.Η ανάλυση κατά RAPDs αποδείχτηκε ιδιαίτερα αξιόπιστη για το γενετικό υλικότου πειράματος και εμφάνισαν υψηλή διακριτική ικανότητα. Έπειτα από αρκετέςδοκιμές και αφού βελτιστοποιήσαμε τις συνθήκες αντίδρασης καταλήξαμε στους πιοπολυμορφικούς δείκτες, οι οποίοι είναι οι ΟΡΕ-02, ΟΡΕ-17, ΟΡΙ-04, ΟΡΙ-07, OPJ-04, OPJ-06, OPC-19, OPC-11, OPC-13, ΟΡΒ-16, ΟΡΒ-17 και ΟΡΑ-08.Πολυμορφισμοί ανιχνεύτηκαν μόνο σε 12 εκκινητές. Συγκεκριμένα μόνο 10εκκινητές ενίσχυσαν ζώνες και παρουσίασαν πολυμορφισμούς και στους 17 γενότυπους βαμβακιού. Επίσης, παρατηρήθηκαν 307 ζώνες και οι πολυμορφισμοίπου κατεγράφησαν φτάνουν τους 34.Τέλος, ακολούθησε η δημιουργία του δενδρογράμματος φυλογενετικώνσχέσεων. Μόνο λίγοι γενότυποι εμφάνισαν την αναμενόμενη γενετική συγγένεια ηοποία βασίζεται στην γενεαλογία του φυτικού υλικού. Η πλειοψηφία των γενότυποιεμφάνισαν μεταξύ τους και σε αρκετά σημεία, ανεξήγητη γενετική συγγένεια. Ηστενή γενετική σχέση μερικών γενοτύπων δεν επιβεβαιώνεται από τα μορφολογικάτους γνωρίσματα ή την αγρονομική τους συμπεριφορά. Η περίπτωση αυτών τωνγενοτύπων προτείνεται να εξεταστεί εκ νέου.