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Algorithms for Molecular Biology : AMB

【机译】：分子生物学的算法：amB

ISSN：-
出版周期：
语言：English

起始发布年份：2006
出版者：[London] : BioMed Central, 2006-
出版地：England

数据库引入：PubMed: v1n1, Feb. 28, 2006-, PMC

MeSH词表主题词：Algorithms; Molecular Biology*

备注：Title from PDF caption (publisher's Web site, viewed Apr. 4, 2006). Latest issue展开▼

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1.A graph modification approach for finding core–periphery structures in protein interaction networks

机译：在蛋白质相互作用网络中寻找核心-外围结构的图修饰方法
- 作者：Sharon Bruckner;Falk Hüffner;Christian Komusiewicz
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Protein complexes Graph classes NP-hard problems;
2.An online peak extraction algorithm for ion mobility spectrometry data

机译：离子迁移谱数据的在线峰提取算法
- 作者：Dominik Kopczynski;Sven Rahmann
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Ion mobility spectrometry Peak detection Automated data analysis Online analysis;
3.GAML: genome assembly by maximum likelihood

机译：GAML：通过最大可能性进行基因组组装
- 作者：Vladimír Boža;Broňa Brejová;Tomáš Vinař
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Genome assembly Maximum likelihood Simulated annealing De Bruijn graphs Next generation sequencing;
4.Fair evaluation of global network aligners

机译：公平评估全球网络调整者
- 作者：Joseph Crawford;Yihan Sun;Tijana Milenković
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Protein–protein interaction networks Network alignment Network similarity Across-species protein function prediction;
5.A polynomial delay algorithm for the enumeration of bubbles with length constraints in directed graphs

机译：有向图中具有长度约束的气泡枚举的多项式延迟算法
- 作者：Gustavo Sacomoto;Vincent Lacroix;Marie-France Sagot
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Alternative splicing RNA-seq De Bruijn graphs Bubbles Enumeration algorithms;
6.Detecting conserved protein complexes using a dividing-and-matching algorithm and unequally lenient criteria for network comparison

机译：使用划分匹配算法和不等宽标准进行网络比较检测保守的蛋白质复合物
- 作者：Wei Peng;Jianxin Wang;Fangxiang Wu;Pan Yi
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Network alignment Local network alignment Conserved protein complexes PPI networks;
7.Pareto optimization in algebraic dynamic programming

机译：代数动态规划中的帕累托优化
- 作者：Cédric Saule;Robert Giegerich
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Pareto optimization Dynamic programming Algebraic dynamic programming RNA structure Sankoff algorithm;
8.Inferring interaction type in gene regulatory networks using co-expression data

机译：使用共表达数据推断基因调控网络中的相互作用类型
- 作者：Pegah Khosravi;Vahid H Gazestani;Leila Pirhaji;Brian Law;Mehdi Sadeghi;Bahram Goliaei;Gary D Bader
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Gene expression data Information-based approach Interaction type Regulatory interaction;
9.A multiobjective approach for identifying protein complexes and studying their association in multiple disorders

机译：鉴定蛋白质复合物并研究其在多种疾病中的关联的多目标方法
- 作者：Sanghamitra Bandyopadhyay;Sumanta Ray;Anirban Mukhopadhyay;Ujjwal Maulik
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Protein–protein interactions Protein complex Multiobjective optimization Gene Ontology Disorders;
10.Instability in progressive multiple sequence alignment algorithms

机译：渐进式多序列比对算法的不稳定性
- 作者：Kieran Boyce;Fabian Sievers;Desmond G. Higgins
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Clustal Kalign Mafft Muscle Pfam Multiple sequence alignment Large scale alignment Sequence order;
11.A polynomial time algorithm for computing the area under a GDT curve

机译：用于计算GDT曲线下面积的多项式时间算法
- 作者：Aleksandar Poleksic
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Protein structure Structure modeling Structure prediction Model quality;
12.A reconstruction problem for a class of phylogenetic networks with lateral gene transfers

机译：具有侧向基因转移的一类系统发育网络的重构问题
- 作者：Gabriel Cardona;Joan Carles Pons;Francesc Rosselló
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Phylogenetic network Lateral gene transfer Horizontal gene transfer Phylogenetic tree;
13.Designing minimal microbial strains of desired functionality using a genetic algorithm

机译：使用遗传算法设计所需功能的最小微生物菌株
- 作者：Govind Nair;Christian Jungreuthmayer;Michael Hanscho;Jürgen Zanghellini
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Systems biology Metabolic networks Elementary flux modes Minimal cut sets Strain optimization;
14.Algorithmic approaches to protein-protein interaction site prediction

机译：蛋白质-蛋白质相互作用位点预测的算法方法
- 作者：Tristan T Aumentado-Armstrong;Bogdan Istrate;Robert A Murgita
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Prediction algorithm Protein-protein interaction Protein-protein interface Protein-protein binding Feature selection Protein structure Interface types Machine learning Biological databases Homology;
15.EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator

机译：EUCALYPT：有效的树对帐枚举器
- 作者：Beatrice Donati;Christian Baudet;Blerina Sinaimeri;Pierluigi Crescenzi;Marie-France Sagot
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Cophylogeny Reconciliation Enumeration algorithm Polynomial delay Host-parasite systems;
16.HIA: a genome mapper using hybrid index-based sequence alignment

机译：HIA：使用基于混合索引的序列比对的基因组作图仪
- 作者：Jongpill Choi;Kiejung Park;Seong Beom Cho;Myungguen Chung
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Hybrid index NGS Mapper Sequence alignment Hash table index Suffix array index;
17.Interpretation and approximation tools for big dense Markov chain transition matrices in population genetics

机译：群体遗传学中大而密集的马尔可夫链转移矩阵的解释和逼近工具
- 作者：Katja Reichel;Valentin Bahier;Cédric Midoux;Nicolas Parisey;Jean-Pierre Masson;Solenn Stoeckel
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
- Discrete stochastic model Sparse approximation Eigenvector Network analysis Population genetics Compositional data de Finetti diagram;
18.Erratum to: Inferring interaction type in gene regulatory networks using co-expression data

机译：勘误：使用共表达数据推断基因调控网络中的相互作用类型
- 作者：Pegah Khosravi;Vahid H Gazestani;Leila Pirhaji;Brian Law;Mehdi Sadeghi;Gary D Bader;Bahram Goliaei
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2015年第-1期
19.New journal: Algorithms for Molecular Biology

机译：新杂志：分子生物学算法
- 作者：Burkhard Morgenstern;Peter F Stadler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
20.Finding the region of pseudo-periodic tandem repeats in biological sequences

机译：在生物序列中找到伪周期串联重复序列的区域
- 作者：Xiaowen Liu;Lusheng Wang
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
21.Partition function and base pairing probabilities of RNA heterodimers

机译：RNA异二聚体的分区功能和碱基配对概率
- 作者：Stephan H Bernhart;Hakim Tafer;Ulrike Mückstein;Christoph Flamm;Peter F Stadler;Ivo L Hofacker
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
22.Mining compressing and classifying with extensible motifs

机译：带有可扩展主题的挖掘压缩和分类
- 作者：Alberto Apostolico;Matteo Comin;Laxmi Parida
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
23.Effective p-value computations using Finite Markov Chain Imbedding (FMCI): application to local score and to pattern statistics

机译：使用有限马尔可夫链嵌入（FMCI）进行有效的p值计算：应用于局部评分和模式统计
- 作者：Grégory Nuel
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
24.Multiple sequence alignment with user-defined anchor points

机译：使用用户定义的锚点进行多序列比对
- 作者：Burkhard Morgenstern;Sonja J Prohaska;Dirk Pöhler;Peter F Stadler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
25.Decomposition of overlapping protein complexes: A graph theoretical method for analyzing static and dynamic protein associations

机译：重叠蛋白质复合物的分解：用于分析静态和动态蛋白质关联的图论方法
- 作者：Elena Zotenko;Katia S Guimarães;Raja Jothi;Teresa M Przytycka
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
26.Analysis of computational approaches for motif discovery

机译：主题发现的计算方法分析
- 作者：Nan Li;Martin Tompa
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
27.On the maximal cliques in c-max-tolerance graphs and their application in clustering molecular sequences

机译：关于c-max-tolerance图中的最大集团及其在分子序列聚类中的应用
- 作者：Katharina A Lehmann;Michael Kaufmann;Stephan Steigele;Kay Nieselt
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
28.P-value based visualization of codon usage data

机译：基于P值的密码子使用情况数据可视化
- 作者：Peter Meinicke;Thomas Brodag;Wolfgang Florian Fricke;Stephan Waack
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
29.Inverse bifurcation analysis: application to simple gene systems

机译：反向分叉分析：在简单基因系统中的应用
- 作者：James Lu;Heinz W Engl;Peter Schuster
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
30.The approximability of the String Barcoding problem

机译：字符串条形码问题的近似性
- 作者：Giuseppe Lancia;Romeo Rizzi
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
31.A combinatorial optimization approach for diverse motif finding applications

机译：多种主题查找应用程序的组合优化方法
- 作者：Elena Zaslavsky;Mona Singh
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
32.A phylogenetic generalized hidden Markov model for predicting alternatively spliced exons

机译：系统发育的广义隐马尔可夫模型用于预测交替剪接的外显子
- 作者：Jonathan E Allen;Steven L Salzberg
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
33.Automatic layout and visualization of biclusters

机译：自动布局和可视化双群集
- 作者：Gregory A Grothaus;Adeel Mufti;TM Murali
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
34.Fast calculation of the quartet distance between trees of arbitrary degrees

机译：快速计算任意度数的树木之间的四方距离
- 作者：Chris Christiansen;Thomas Mailund;Christian NS Pedersen;Martin Randers;Martin Stig Stissing
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
35.Pattern statistics on Markov chains and sensitivity to parameter estimation

机译：马尔可夫链的模式统计及其对参数估计的敏感性
- 作者：Grégory Nuel
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
36.Computing distribution of scale independent motifs in biological sequences

机译：计算生物序列中与尺度无关的基序的分布
- 作者：Jonas S Almeida;Susana Vinga
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
37.An enhanced RNA alignment benchmark for sequence alignment programs

机译：用于序列比对程序的增强型RNA比对基准
- 作者：Andreas Wilm;Indra Mainz;Gerhard Steger
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
38.Reconstructing protein structure from solvent exposure using tabu search

机译：使用禁忌搜索从溶剂暴露中重建蛋白质结构
- 作者：Martin Paluszewski;Thomas Hamelryck;Pawel Winter
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
39.EXMOTIF: efficient structured motif extraction

机译：EXMOTIF：高效的结构化图案提取
- 作者：Yongqiang Zhang;Mohammed J Zaki
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
40.SMOTIF: efficient structured pattern and profile motif search

机译：SMOTIF：高效的结构化图案和轮廓图案搜索
- 作者：Yongqiang Zhang;Mohammed J Zaki
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
41.Refining motifs by improving information content scores using neighborhood profile search

机译：通过使用邻域配置文件搜索提高信息内容得分来完善主题
- 作者：Chandan K Reddy;Yao-Chung Weng;Hsiao-Dong Chiang
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
42.A novel functional module detection algorithm for protein-protein interaction networks

机译：蛋白质-蛋白质相互作用网络的新型功能模块检测算法
- 作者：Woochang Hwang;Young-Rae Cho;Aidong Zhang;Murali Ramanathan
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
43.Probability-based model of protein-protein interactions on biological timescales

机译：基于概率的蛋白质-蛋白质相互作用的生物时间尺度模型
- 作者：Alexander L Tournier;Paul W Fitzjohn;Paul A Bates
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2006年第-1期
44.Not assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs

机译：不评估多个序列比对程序的效率
- 作者：Andrew E Torda
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Plots Units Significant digits Multiple sequence alignments;
45.A minimum-labeling approach for reconstructing protein networks across multiple conditions

机译：在多种条件下重建蛋白质网络的最小标记方法
- 作者：Arnon Mazza;Irit Gat-Viks;Hesso Farhan;Roded Sharan
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Protein-protein interaction networks Graph algorithms Integer linear programming;
46.Using cascading Bloom filters to improve the memory usage for de Brujin graphs

机译：使用级联Bloom过滤器来改善de Bruijn图的内存使用量
- 作者：Kamil Salikhov;Gustavo Sacomoto;Gregory Kucherov
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Next-generation sequencing Genome assembly de Brujin graph Bloom filter;
47.Probabilistic approaches to alignment with tandem repeats

机译：与串联重复序列比对的概率方法
- 作者：Michal Nánási;Tomáš Vinař;Broňa Brejová
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Sequence alignment Hidden Markov model Tandem repeat;
48.Assessing the efficiency of multiple sequence alignment programs

机译：评估多个序列比对程序的效率
- 作者：Fabiano Sviatopolk-Mirsky Pais;Patrícia de Cássia Ruy;Guilherme Oliveira;Roney Santos Coimbra
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Multiple sequence alignment Computer programs Accuracy Performance;
49.Faster algorithms for RNA-folding using the Four-Russians method

机译：使用四俄罗斯方法进行RNA折叠的更快算法
- 作者：Balaji Venkatachalam;Dan Gusfield;Yelena Frid
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- RNA-folding Four-Russians CUDA Algorithms Parallel algorithm GPU;
50.Simplified sequence-based method for ATP-binding prediction using contextual local evolutionary conservation

机译：基于上下文局部进化保守的基于序列的简化ATP结合预测方法
- 作者：Chun Fang;Tamotsu Noguchi;Hayato Yamana
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- ATP-binding site Sequence-based Local evolutionary conservation;
51.Protein (multi-)location prediction: using location inter-dependencies in a probabilistic framework

机译：蛋白质（多）位置预测：在概率框架中使用位置相互依赖关系
- 作者：Ramanuja Simha;Hagit Shatkay
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
52.Fast algorithms for approximate circular string matching

机译：用于近似圆串匹配的快速算法
- 作者：Carl Barton;Costas S Iliopoulos;Solon P Pissis
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Approximate circular string matching Circular pattern matching Algorithms on strings;
53.Predicting gene ontology annotations of orphan GWAS genes using protein-proteininteractions

机译：使用蛋白质预测孤儿GWAS基因的基因本体注释互动
- 作者：Usha Kuppuswamy;Seshan Ananthasubramanian;Yanli Wang;Narayanaswamy Balakrishnan;Madhavi K Ganapathiraju
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- GWAS GO annotation Prediction Function Protein-protein interactions Precision-recall curves;
54.Mutual enrichment in ranked lists and the statistical assessment of position weight matrix motifs

机译：排名列表中的相互充实和位置权重矩阵图案的统计评估
- 作者：Limor Leibovich;Zohar Yakhini
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Statistical enrichment Position weight matrices High-throughput sequencing data analysis Tissue specific methylation patterns lncRNA;
55.MSARC: Multiple sequence alignment by residue clustering

机译：MSARC：通过残基聚类进行多序列比对
- 作者：Michał Modzelewski;Norbert Dojer
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Multiple sequence alignment Stochastic alignment Graph partitioning;
56.Characterizing compatibility and agreement of unrooted trees via cuts in graphs

机译：通过图形切割来表征无根树的兼容性和一致性
- 作者：Sudheer Vakati;David Fernández-Baca
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Phylogenies Supertrees Compatibility Agreement Cuts in graphs Chordal graphs;
57.Identification of alternative topological domains in chromatin

机译：染色质中替代拓扑结构域的鉴定
- 作者：Darya Filippova;Rob Patro;Geet Duggal;Carl Kingsford
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Alternative topological domains Chromatin conformation capture Dynamic programming;
58.Computing the skewness of the phylogenetic mean pairwise distance in linear time

机译：计算线性时间中系统发生平均成对距离的偏度
- 作者：Constantinos Tsirogiannis;Brody Sandel
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Algorithms for phylogenetic trees Mean pairwise distance Skewness;
59.Enumerating all maximal frequent subtrees in collections of phylogenetic trees

机译：枚举系统发育树集合中的所有最大频繁子树
- 作者：Akshay Deepak;David Fernández-Baca
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Phylogenetic trees Evolutionary trees Maximum agreement subtree Frequent subtrees Maximal frequent subtrees Reverse search;
60.RNA-RNA interaction prediction using genetic algorithm

机译：基于遗传算法的RNA-RNA相互作用预测
- 作者：Soheila Montaseri;Fatemeh Zare-Mirakabad;Nasrollah Moghadam-Charkari
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- RNA secondary structure Minimum free energy Fitness function;
61.Graph-distance distribution of the Boltzmann ensemble of RNA secondary structures

机译：RNA二级结构的玻尔兹曼合奏的图距分布
- 作者：Jing Qin;Markus Fricke;Manja Marz;Peter F Stadler;Rolf Backofen
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Graph-distance Boltzmann distribution Partition function Pre-mRNA splicing smFRET;
62.Optimal computation of all tandem repeats in a weighted sequence

机译：加权序列中所有串联重复序列的最佳计算
- 作者：Carl Barton;Costas S Iliopoulos;Solon P Pissis
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Tandem repeats Weighted sequences IUPAC notation;
63.Atom mapping with constraint programming

机译：约束编程的原子映射
- 作者：Martin Mann;Feras Nahar;Norah Schnorr;Rolf Backofen;Peter F Stadler;Christoph Flamm
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Atom-atom mapping Constraint programming Chemical reaction Imaginary transition state;
64.A constraint solving approach to model reduction by tropical equilibration

机译：一种通过热带平衡简化模型的约束求解方法
- 作者：Sylvain Soliman;François Fages;Ovidiu Radulescu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Systems biology Model reduction Tropical algebra Tropical equilibration Constraint programming;
65.Analysis of pattern overlaps and exact computation of P-values of pattern occurrences numbers: case of Hidden Markov Models

机译：模式重叠分析和模式出现次数P值的精确计算：隐马尔可夫模型的情况
- 作者：Mireille Régnier;Evgenia Furletova;Victor Yakovlev;Mikhail Roytberg
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- P-value Pattern occurrences PSSM (PWM) Hidden Markov model;
66.On the number of genomic pacemakers: a geometric approach

机译：关于基因组起搏器的数量：一种几何方法
- 作者：Sagi Snir
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Molecular evolution Genome evolution pacemaker Deming regression Partition distance Gap statistics;
67.BicPAM: Pattern-based biclustering for biomedical data analysis

机译：BicPAM：用于生物医学数据分析的基于模式的双聚类
- 作者：Rui Henriques;Sara C Madeira
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Biclustering Pattern mining Biomedical data analysis;
68.Segmentor3IsBack: an R package for the fast and exact segmentation of Seq-data

机译：Segmentor3IsBack：R包用于对Seq数据进行快速准确的分段
- 作者：Alice Cleynen;Michel Koskas;Emilie Lebarbier;Guillem Rigaill;Stéphane Robin
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2014年第-1期
- Segmentation algorithm Exact algorithm Fast algorithm RNA-Seq data Genome annotation Count data Data compression;
69.The difficulty of protein structure alignment under the RMSD

机译：RMSD下蛋白质结构比对的困难
- 作者：Shuai Cheng Li
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Protein Structure Alignment RMSD LCP;
70.Using graph models to find transcription factor modules: the hitting set problem and an exact algorithm

机译：使用图模型查找转录因子模块：命中集问题和精确算法
- 作者：Songjian Lu;Xinghua Lu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
71.A mixed integer linear programming model to reconstruct phylogenies from single nucleotide polymorphism haplotypes under the maximum parsimony criterion

机译：在最大简约准则下从单核苷酸多态性单倍型重建系统发育的混合整数线性规划模型
- 作者：Daniele Catanzaro;Ramamoorthi Ravi;Russell Schwartz
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
72.Configurable pattern-based evolutionary biclustering of gene expression data

机译：基于可配置模式的基因表达数据进化双聚类
- 作者：Beatriz Pontes;Raúl Giráldez;Jesús S Aguilar-Ruiz
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Gene expression data analysis Shifting and scaling expression patterns Evolutionary biclustering;
73.Protein Structure Idealization: How accurately is it possible to model protein structures with dihedral angles?

机译：蛋白质结构理想化：用二面角模拟蛋白质结构的精度有多高？
- 作者：Xuefeng Cui;Shuai Cheng Li;Dongbo Bu;Babak Alipanahi;Ming Li
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Protein structure idealization Ideal bond length and angle Dihedral angle space;
74.DCJ-Indel sorting revisited

机译：重新探讨DCJ-Indel排序
- 作者：Phillip EC Compeau
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Genome rearrangements DCJ Indels Sorting Solution space;
75.Ultrametric networks: a new tool for phylogenetic analysis

机译：超测量网络：系统发育分析的新工具
- 作者：Alberto Apostolico;Matteo Comin;Andres Dress;Laxmi Parida
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Phylogenetic network Ultrametric distance STR data analysis;
76.Resolving spatial inconsistencies in chromosome conformation measurements

机译：解决染色体构象测量中的空间不一致
- 作者：Geet Duggal;Rob Patro;Emre Sefer;Hao Wang;Darya Filippova;Samir Khuller;Carl Kingsford
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- 3C Chromosome conformation capture Metric violations Triangle inequality Graph embedding;
77.Coexpression and coregulation analysis of time-series gene expression data in estrogen-induced breast cancer cell

机译：雌激素诱导的乳腺癌细胞中时间序列基因表达数据的共表达和共调节分析
- 作者：Anirban Bhar;Martin Haubrock;Anirban Mukhopadhyay;Ujjwal Maulik;Sanghamitra Bandyopadhyay;Edgar Wingender
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Time series gene expression data Tricluster Mean-squared residue Eigengene Affirmation score Gene ontology KEGG pathway TRANSFAC;
78.Gene Ontology consistent protein function prediction: the FALCON algorithm applied to six eukaryotic genomes

机译：基因本体论一致的蛋白质功能预测：FALCON算法应用于六个真核基因组
- 作者：Yiannis AI Kourmpetis;Aalt DJ van Dijk;Cajo JF ter Braak
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Protein function prediction Gene Ontology Evolutionary optimization;
79.Incompatible quartets triplets and characters

机译：四重奏三重奏和角色不兼容
- 作者：Brad Shutters;Sudheer Vakati;David Fernández-Baca
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Phylogenetics Quartet compatibility Triplet compatibility Character compatibility Perfect phylogeny;
80.Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit

机译：和解与本地基因树重排可以互惠互利
- 作者：Thi Hau Nguyen;Vincent Ranwez;Stéphanie Pointet;Anne-Muriel Arigon Chifolleau;Jean-Philippe Doyon;Vincent Berry
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Evolution Reconciliation Gene Tree Correction Method Software Duplication Transfer Loss Nearest Neighbor Interchange;
81.Unrooted unordered homeomorphic subtree alignment of RNA trees

机译：RNA树的无根无序同胚子树比对
- 作者：Nimrod Milo;Shay Zakov;Erez Katzenelson;Eitan Bachmat;Yefim Dinitz;Michal Ziv-Ukelson
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- RNA structure Tree alignment Homeomorphic subtree alignment Unrooted algorithm Cavity matching;
82.LocARNAscan: Incorporating thermodynamic stability in sequence and structure-based RNA homology search

机译：LocARNAscan：将热力学稳定性纳入基于序列和结构的RNA同源性搜索中
- 作者：Sebastian Will;Michael F Siebauer;Steffen Heyne;Jan Engelhardt;Peter F Stadler;Reiche;Rolf Backofen
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
83.An enhancement of binary particle swarm optimization for gene selection in classifying cancer classes

机译：用于癌症分类的基因选择的二进制粒子群优化算法的增强
- 作者：Mohd Saberi Mohamad;Sigeru Omatu;Safaai Deris;Michifumi Yoshioka;Afnizanfaizal Abdullah;Zuwairie Ibrahim
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
84.MCOIN: a novel heuristic for determining transcription factor binding site motif width

机译：MCOIN：一种用于确定转录因子结合位点基序宽度的新颖启发法
- 作者：Alastair M Kilpatrick;Bruce Ward;Stuart Aitken
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Transcription factor binding sites Motif discovery Bacterial motifs Motif width;
85.Estimating population size via line graph reconstruction

机译：通过折线图重建估算人口规模
- 作者：Bjarni V Halldórsson;Dima Blokh;Roded Sharan
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Population size Haplotypes Line graphs Integer programming;
86.Extracting conflict-free information from multi-labeled trees

机译：从多标签树中提取无冲突信息
- 作者：Akshay Deepak;David Fernández-Baca;Michelle M McMahon
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Phylogenetic trees Evolutionary trees Multi-labeled trees Reduction Singly-labeled trees;
87.MORPH-PRO: a novel algorithm and web server for protein morphing

机译：MORPH-PRO：用于蛋白质变形的新型算法和网络服务器
- 作者：Natalie E Castellana;Andrey Lushnikov;Piotr Rotkiewicz;Natasha Sefcovic;Pavel A Pevzner;Adam Godzik;Kira Vyatkina
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Protein morphing Molecular docking Virtual screening;
88.Fast half-sibling population reconstruction: theory and algorithms

机译：快速的半兄弟姐妹人口重建：理论和算法
- 作者：Daniel Dexter;Daniel G Brown
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Kinship discovery Half-sibling Population genetics Conservation biology Heuristics;
89.DCJ-indel and DCJ-substitution distances with distinct operation costs

机译：DCJ-indel和DCJ替代距离具有不同的运营成本
- 作者：Poly H da Silva;Raphael Machado;Simone Dantas;Marília DV Braga
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Double cut and join (DCJ) Insertions and deletions (indels) Substitution Genome rearrangements Genomic distance Evolution Comparative genomics Combinatorics Algorithms;
90.Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter

机译：基于布隆过滤器的节省空间的精确de Bruijn图表示
- 作者：Rayan Chikhi;Guillaume Rizk
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- de novo assembly de Bruijn graph Bloom filter;
91.Asymptotic structural properties of quasi-random saturated structures of RNA

机译：RNA的准随机饱和结构的渐近结构性质
- 作者：Peter Clote;Evangelos Kranakis;Danny Krizanc
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- RNA secondary structure Kinetic trap combinatorial analysis Zipf distribution;
92.Recursive algorithms for phylogenetic tree counting

机译：系统树生成的递归算法
- 作者：Alexandra Gavryushkina;David Welch;Alexei J Drummond
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Ranked tree Constraint tree Resolution Counting trees Dynamic algorithms Bayesian tree prior Phylogenetics;
93.Efficient edit distance with duplications and contractions

机译：重复和收缩的有效编辑距离
- 作者：Tamar Pinhas;Shay Zakov;Dekel Tsur;Michal Ziv-Ukelson
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Edit distance Minisatellites Min-plus matrix multiplication Four Russians;
94.Inferring species trees from incongruent multi-copy gene trees using the Robinson-Foulds distance

机译：使用Robinson-Foulds距离从不一致的多拷贝基因树推断物种树
- 作者：Ruchi Chaudhary;John Gordon Burleigh;David Fernández-Baca
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
95.On the protein folding problem in 2D-triangular lattices

机译：关于二维三角格子中的蛋白质折叠问题
- 作者：Abu Sayed Md Sohidull Islam;Mohammad Sohel Rahman
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Protein folding Approximation ratio Algorithms HP model;
96.Probabilistic grammatical model for helix‐helix contact siteclassification

机译：螺旋-螺旋接触位点的概率语法模型分类
- 作者：Witold Dyrka;Jean‐Christophe Nebel;Malgorzata Kotulska
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Probabilistic context‐free grammar Grammar inference Genetic algorithm Helix‐helix contact Protein structure prediction;
97.Data compression for sequencing data

机译：数据压缩以排序数据
- 作者：Sebastian Deorowicz;Szymon Grabowski
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
98.Jaccard index based similarity measure to compare transcription factor binding site models

机译：基于Jaccard索引的相似性度量比较转录因子结合位点模型
- 作者：Ilya E Vorontsov;Ivan V Kulakovskiy;Vsevolod J Makeev
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- Transcription factor binding site TFBS Transcription factor binding site model Binding motif Jaccard similarity Position weight matrix PWM P-value Position specific frequency matrix PSFM Macroape;
99.Accelerating calculations of RNA secondary structure partition functions using GPUs

机译：使用GPU加速RNA二级结构分区功能的计算
- 作者：Harry A Stern;David H Mathews
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2013年第-1期
- RNA Secondary structure Partition function Graphical processing unit CUDA;
100.QTL/microarray approach using pathway information

机译：使用途径信息的QTL /微阵列方法
- 作者：Hirokazu Matsuda;Yukio Taniguchi;Hiroaki Iwaisaki
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2019年第期