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Algorithms for Molecular Biology : AMB

【机译】：分子生物学的算法：amB

ISSN：-
出版周期：
语言：English

起始发布年份：2006
出版者：[London] : BioMed Central, 2006-
出版地：England

数据库引入：PubMed: v1n1, Feb. 28, 2006-, PMC

MeSH词表主题词：Algorithms; Molecular Biology*

备注：Title from PDF caption (publisher's Web site, viewed Apr. 4, 2006). Latest issue展开▼

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1.Approximating the DCJ distance of balanced genomes in linear time

机译：在线性时间内近似平衡基因组的DCJ距离
- 作者：Diego P. Rubert;Pedro Feijão;Marília Dias Vieira Braga;Jens Stoye;Fábio Henrique Viduani Martinez
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Double cut and join (DCJ) Genome rearrangements Comparative genomics Approximation algorithms;
2.The paralog-to-contig assignment problem: high quality gene models from fragmented assemblies

机译：从同源物到重叠群的分配问题：来自片段装配的高质量基因模型
- 作者：Henrike Indrischek;Nicolas Wieseke;Peter F. Stadler;Sonja J. Prohaska
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Genome annotation Gene models Genome assembly Assignment problems Integer linear programming;
3.Approximating the correction of weighted and unweighted orthology and paralogy relations

机译：近似校正加权和未加权的正字和副词之间的关系
- 作者：Riccardo Dondi;Manuel Lafond;Nadia El-Mabrouk
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Orthology Paralogy Approximation algorithms Gene tree Species tree;
4.Bloom Filter Trie: an alignment-free and reference-free data structure for pan-genome storage

机译：Bloom Filter Trie：用于泛基因组存储的免对齐和免参考数据结构
- 作者：Guillaume Holley;Roland Wittler;Jens Stoye
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Pan-genome Similar genomes Population genomics Colored de bruijn graph Bloom filter Compression Trie Index Succinct data structure;
5.On avoided words absent words and their application to biological sequence analysis

机译：关于避免词缺词及其在生物序列分析中的应用
- 作者：Yannis Almirantis;Panagiotis Charalampopoulos;Jia Gao;Costas S. Iliopoulos;Manal Mohamed;Solon P. Pissis;Dimitris Polychronopoulos
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Avoided words Underrepresented words Absent words Suffix tree Conserved non-coding elements Ultraconserved elements;
6.The link between orthology relations and gene trees: a correction perspective

机译：矫正学关系与基因树之间的联系：校正观点
- 作者：Manuel Lafond;Riccardo Dondi;Nadia El-Mabrouk
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Orthology Paralogy NP-Hardness Gene tree Species tree;
7.On the computational complexity of the maximum parsimony reconciliation problem in the duplication-loss-coalescence model

机译：复制损失合并模型中最大简约对账问题的计算复杂度
- 作者：Daniel Bork;Ricson Cheng;Jincheng Wang;Jean Sung;Ran Libeskind-Hadas
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Phylogenetic reconciliation Duplication-loss-coalescence model NP-hardness APX-hardness;
8.Bitpacking techniques for indexing genomes: I. Hash tables

机译：用于索引基因组的位打包技术：I.哈希表
- 作者：Thomas D. Wu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Hash table Sequence alignment Genomics Data compression;
9.An efficient algorithm for testing the compatibility of phylogenies with nested taxa

机译：一种测试系统发育与巢状类群相容性的有效算法
- 作者：Yun Deng;David Fernández-Baca
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
10.MissMax: alignment-free sequence comparison with mismatches through filtering and heuristics

机译：MissMax：无比对序列比较可通过过滤和启发法进行匹配
- 作者：Cinzia Pizzi
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Sequence similarity Alignment free Mismatches Compositional approaches Phylogenetic analysis;
11.Gerbil: a fast and memory-efficient k-mer counter with GPU-support

机译：Gerbil：具有GPU支持的快速且高效存储的k-mer计数器
- 作者：Marius Erbert;Steffen Rechner;Matthias Müller-Hannemann
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- k-mer counting de novo assembly Genome sequences GPU computing Algorithm engineering;
12.RNA folding with hard and soft constraints

机译：RNA折叠具有硬约束和软约束
- 作者：Ronny Lorenz;Ivo L. Hofacker;Peter F. Stadler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- RNA folding Dynamic programming Constraints;
13.Aligning coding sequences with frameshift extension penalties

机译：将编码序列与移码扩展罚分进行比对
- 作者：Safa Jammali;Esaie Kuitche;Ayoub Rachati;François Bélanger;Michelle Scott;Aïda Ouangraoua
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Coding DNA sequences pairwise alignment Frameshifts Dynamic programming;
14.Bitpacking techniques for indexing genomes: II. Enhanced suffix arrays

机译：用于索引基因组的位打包技术：II。增强的后缀数组
- 作者：Thomas D. Wu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Enhanced suffix array Sequence alignment Genomics Data compression;
15.Core column prediction for protein multiple sequence alignments

机译：蛋白质多序列比对的核心柱预测
- 作者：Dan DeBlasio;John Kececioglu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Multiple sequence alignment Core blocks Alignment accuracy Accuracy estimation Parameter advising Machine learning Regression;
16.An exact algorithm for finding cancer driver somatic genome alterations: the weighted mutually exclusive maximum set cover problem

机译：查找癌症驾驶员体细胞基因组改变的精确算法：加权互斥最大集覆盖问题
- 作者：Songjian Lu;Gunasheil Mandava;Gaibo Yan;Xinghua Lu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Mutual exclusivity Gene signature Somatic genome alteration;
17.A better scoring model for de novo peptide sequencing: the symmetric difference between explained and measured masses

机译：从头测序的更好评分模型：解释质量与测量质量之间的对称差异
- 作者：Thomas Tschager;Simon Rösch;Ludovic Gillet;Peter Widmayer
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Computational proteomics Peptide identification De novo peptide sequencing Mass spectrometry;
18.Circular sequence comparison: algorithms and applications

机译：循环序列比较：算法和应用
- 作者：Roberto Grossi;Costas S. Iliopoulos;Robert Mercas;Nadia Pisanti;Solon P. Pissis;Ahmad Retha;Fatima Vayani
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
19.Complexity and algorithms for copy-number evolution problems

机译：拷贝数进化问题的复杂性和算法
- 作者：Mohammed El-Kebir;Benjamin J. Raphael;Ron Shamir;Roded Sharan;Simone Zaccaria;Meirav Zehavi;Ron Zeira
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Cancer Maximum parsimony Phylogeny Somatic mutation Copy-number variant;
20.Models and algorithms for genome rearrangement with positional constraints

机译：具有位置限制的基因组重排的模型和算法
- 作者：Krister M. Swenson;Pijus Simonaitis;Mathieu Blanchette
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Double cut and join (DCJ) Weighted genome rearrangement Noncrossing partitions Chromatin conformation Hi-C;
21.The gene family-free median of three

机译：无基因家族中位数的三个
- 作者：Daniel Doerr;Metin Balaban;Pedro Feijão;Cedric Chauve
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Family-free genome comparison Positional orthology Breakpoint median;
22.BicNET: Flexible module discovery in large-scale biological networks using biclustering

机译：BicNET：使用biclustering在大型生物网络中灵活的模块发现
- 作者：Rui Henriques;Sara C. Madeira
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Fleixble module discovery Large-scale biological networks Biclustering;
23.StreAM-... formula ...: algorithms for analyzing coarse grained RNA dynamics based on Markov models of connectivity-graphs

机译：StreAM-...公式...：基于连通图的马尔可夫模型的粗粒RNA动力学分析算法
- 作者：Sven Jager;Benjamin Schiller;Philipp Babel;Malte Blumenroth;Thorsten Strufe;Kay Hamacher
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- RNA Markovian dynamics Dynamic graphs Molecular dynamics Coarse graining Synthetic biology;
24.Towards sub-quadratic time and space complexity solutions for the dated tree reconciliation problem

机译：寻求过时的时间和空间复杂度解决方案以解决过时的树协调问题
- 作者：Benjamin Drinkwater;Michael A. Charleston
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Coevolution Phylogny Cophylogeny Tree reconciliation Tree shape NP-hard;
25.Algorithms for computing the double cut and join distance on both gene order and intergenic sizes

机译：用于计算基因顺序和基因间大小的双切和连接距离的算法
- 作者：Guillaume Fertin;Géraldine Jean;Eric Tannier
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- DCJ Intergenic regions Genome rearrangements Algorithms;
26.Isometric gene tree reconciliation revisited

机译：等距基因树和解重新
- 作者：Broňa Brejová;Askar Gafurov;Dana Pardubská;Michal Sabo;Tomáš Vinař
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Gene family evolution Gene tree reconciliation Level ancestor;
27.Identification of donor splice sites using support vector machine: a computational approach based on positional compositional and dependency features

机译：使用支持向量机识别供体剪接位点：一种基于位置组成和依赖性特征的计算方法
- 作者：Prabina Kumar Meher;Tanmaya Kumar Sahu;A. R. Rao;S. D. Wahi
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Machine learning Hsplice Hybrid approach Sequence encoding;
28.An algorithm to parse segment packing in predicted protein contact maps

机译：一种解析预测蛋白质接触图中片段堆积的算法
- 作者：William R. Taylor
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Protein structure prediction Correlated substitution analysis Contact matrix parsing Frozen approximation algorithm;
29.A graph extension of the positional Burrows–Wheeler transform and its applications

机译：位置Burrows-Wheeler变换的图扩展及其应用
- 作者：Adam M. Novak;Erik Garrison;Benedict Paten
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- PBWT Haplotype Genome graph;
30.An effective sequence-alignment-free superpositioning of pairwise or multiple structures with missing data

机译：缺少数据的成对或多个结构的有效无序列比对叠加
- 作者：Jianbo Lu;Guoliang Xu;Shihua Zhang;Benzhuo Lu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Superposition Protein structure alignment Iterative closest point;
31.Identification of bifurcation transitions in biological regulatory networks using Answer-Set Programming

机译：使用答案集编程识别生物调控网络中的分叉转变
- 作者：Louis Fippo Fitime;Olivier Roux;Carito Guziolowski;Loïc Paulevé
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
32.A Bayesian inference method for the analysis of transcriptional regulatory networks in metagenomic data

机译：贝叶斯推断方法用于宏基因组数据中转录调控网络的分析
- 作者：Elizabeth T. Hobbs;Talmo Pereira;Patrick K. O’Neill;Ivan Erill
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Transcription factor Regulatory network Regulon Metagenomics Bayesian inference Copper homeostasis Metal resistance Stress response CsoR;
33.ASP-based method for the enumeration of attractors in non-deterministic synchronous and asynchronous multi-valued networks

机译：基于ASP的非确定性同步和异步多值网络吸引子枚举方法
- 作者：Emna Ben Abdallah;Maxime Folschette;Olivier Roux;Morgan Magnin
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Biological regulatory network Multiple-valued networks Attractors Steady states Cycles Answer set programming;
34.A representation of a compressed de Bruijn graph for pan-genome analysis that enables search

机译：用于全基因组分析的压缩de Bruijn图的表示形式可以进行搜索
- 作者：Timo Beller;Enno Ohlebusch
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Compressed de Bruijn graph Burrows–Wheeler transform Backward search Pan-genome analysis;
35.A hybrid parameter estimation algorithm for beta mixtures and applications to methylation state classification

机译：β混合物的混合参数估计算法及其在甲基化状态分类中的应用
- 作者：Christopher Schröder;Sven Rahmann
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Mixture model Beta distribution Maximum likelihood Method of moments EM algorithm Differential methylation Classification;
36.An improved Four-Russians method and sparsified Four-Russians algorithm for RNA folding

机译：RNA折叠的改进的四俄罗斯方法和稀疏四俄罗斯算法
- 作者：Yelena Frid;Dan Gusfield
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- RNA folding Single sequence folding RNA secondary structure Secondary structure prediction Four-Russians Sparsification;
37.Partially local three-way alignments and the sequence signatures of mitochondrial genome rearrangements

机译：部分局部三向比对和线粒体基因组重排的序列特征
- 作者：Marwa Al Arab;Matthias Bernt;Christian Höner zu Siederdissen;Kifah Tout;Peter F. Stadler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Dynamic programming Genome rearrangements Breakpoints Mitogenomes;
38.BiC2PAM: constraint-guided biclustering for biological data analysis with domain knowledge

机译：BiC2PAM：具有领域知识的生物数据分析的约束导向双簇
- 作者：Rui Henriques;Sara C. Madeira
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
39.Biologically feasible gene trees reconciliation maps and informative triples

机译：生物上可行的基因树和解图谱和信息丰富的三元组
- 作者：Marc Hellmuth
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- DTL-scenario Reconciliation Horizontal gene transfer Phylogenetic tree Triples Event-label;
40.Using a constraint-based regression method for relative quantification of somatic mutations in pyrosequencing signals: a case for NRAS analysis

机译：使用基于约束的回归方法对焦磷酸测序信号中的体细胞突变进行相对定量：NRAS分析的案例
- 作者：Jerome Ambroise;Jamal Badir;Louise Nienhaus;Annie Robert;Anne-France Dekairelle;Jean-Luc Gala
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Pyrosequencing somatic AdvISER-PYRO-SMQ Sparse representation;
41.Algorithms for matching partially labelled sequence graphs

机译：匹配部分标记的序列图的算法
- 作者：William R. Taylor
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Phylogenetic tree matching Correlated substitution analysis Bipartite graph matching;
42.Enumeration of minimal stoichiometric precursor sets in metabolic networks

机译：代谢网络中最小化学计量前体集合的枚举
- 作者：Ricardo Andrade;Martin Wannagat;Cecilia C. Klein;Vicente Acuña;Alberto Marchetti-Spaccamela;Paulo V. Milreu;Leen Stougie;Marie-France Sagot
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Metabolic network Minimal precursor sets Mixed integer linear programming;
43.HAlign-II: efficient ultra-large multiple sequence alignment and phylogenetic tree reconstruction with distributed and parallel computing

机译：HAlign-II：具有分布式和并行计算的高效超大多序列比对和系统树重建
- 作者：Shixiang Wan;Quan Zou
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Multiple sequence alignment Phylogenetic trees Distributed computing Spark;
44.Analysis of gene copy number changes in tumor phylogenetics

机译：肿瘤系统发育中基因拷贝数变化的分析
- 作者：Jun Zhou;Yu Lin;Vaibhav Rajan;William Hoskins;Bing Feng;Jijun Tang
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Tumor phylogeny Maximum parsimony Gene copy number FISH Rectilinear Steiner minimum tree Gene duplication Chromosomal duplication Whole genome duplication;
45.Generalized enhanced suffix array construction in external memory

机译：外部存储器中的通用增强后缀数组构造
- 作者：Felipe A. Louza;Guilherme P. Telles;Steve Hoffmann;Cristina D. A. Ciferri
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Suffix array LCP array Burrows–Wheeler transform External memory algorithms String collections;
46.Sparse RNA folding revisited: space-efficient minimum free energy structure prediction

机译：重新研究稀疏RNA折叠：节省空间的最小自由能结构预测
- 作者：Sebastian Will;Hosna Jabbari
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Space efficient sparsification Pseudoknot-free RNA folding RNA secondary structure prediction;
47.Phylogeny reconstruction based on the length distribution of k-mismatch common substrings

机译：基于k不匹配公共子串长度分布的系统发育重建
- 作者：Burkhard Morgenstern;Svenja Schöbel;Chris-André Leimeister
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Alignment-free Phylogeny Kmacs Average common substring Pattern matching;
48.Estimation of genetic diversity in viral populations from next generation sequencing data with extremely deep coverage

机译：利用覆盖范围极广的下一代测序数据估算病毒种群的遗传多样性
- 作者：Jean P. Zukurov;Sieberth do Nascimento-Brito;Angela C. Volpini;Guilherme C. Oliveira;Luiz Mario R. Janini;Fernando Antoneli
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Viral diversity Bayesian inference Dirichlet distribution;
49.The feasibility of genome-scale biological network inference using Graphics Processing Units

机译：使用图形处理单元进行基因组规模生物网络推断的可行性
- 作者：Raghuram Thiagarajan;Amir Alavi;Jagdeep T. Podichetty;Jason N. Bazil;Daniel A. Beard
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2017年第-1期
- Network inference Reverse engineering Genetic regulatory networks GPU;
50.Jabba: hybrid error correction for long sequencing reads

机译：Jabba：用于长测序读取的混合错误校正
- 作者：Giles Miclotte;Mahdi Heydari;Piet Demeester;Stephane Rombauts;Yves Van de Peer;Pieter Audenaert;Jan Fostier
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Sequence analysis Error correction de Bruijn graph Maximal exact matches;
51.An efficient algorithm for protein structure comparison using elastic shape analysis

机译：利用弹性形状分析进行蛋白质结构比较的有效算法
- 作者：S. Srivastava;S. B. Lal;D. C. Mishra;U. B. Angadi;K. K. Chaturvedi;S. N. Rai;A. Rai
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
- Protein structure comparison Backbone atoms Geodesic distance Side chain properties;
52.Erratum to: Circular sequence comparison: algorithms and applications

机译：勘误到：循环序列比较：算法和应用
- 作者：Roberto Grossi;Costas S. Iliopoulos;Robert Mercas;Nadia Pisanti;Solon P. Pissis;Ahmad Retha;Fatima Vayani
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
53.Erratum to: A representation of a compressed de Bruijn graph for pan-genome analysis that enables search

机译：勘误至：用于全基因组分析的压缩de Bruijn图的表示形式可进行搜索
- 作者：Timo Beller;Enno Ohlebusch
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2016年第-1期
54.A cubic algorithm for the generalized rank median of three genomes

机译：三个基因组的广义秩中值的三次算法
- 作者：Leonid Chindelevitch;Sean La;Joao Meidanis
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2019年第-1期
- Comparative genomics;
- Ancestral genome reconstruction;
- Phylogenetics;
- Rank distance;
55.Super short operations on both gene order and intergenic sizes

机译：基因顺序和基因间大小的超短操作
- 作者：Andre R. Oliveira;Géraldine Jean;Guillaume Fertin;Ulisses Dias;Zanoni Dias
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2019年第-1期
- Genome rearrangements;
- Intergenic regions;
- Super short operations;
- Approximation algorithms;
56.Adjacency-constrained hierarchical clustering of a band similarity matrix with application to genomics

机译：带相似度矩阵的邻接约束分层聚类及其在基因组学中的应用
- 作者：Christophe Ambroise;Alia Dehman;Pierre Neuvial;Guillem Rigaill;Nathalie Vialaneix
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2019年第-1期
57.TMRS: an algorithm for computing the time to the most recent substitution event from a multiple alignment column

机译：TMRS：一种算法用于计算从多重比对列到最近替换事件的时间
- 作者：Hisanori Kiryu;Yuto Ichikawa;Yasuhiro Kojima
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2019年第-1期
- Phylogenetic trees;
- Comparative genomics;
- Probabilistic models;
58.NANUQ: a method for inferring species networks from gene trees under the coalescent model

机译：NANUQ：一种在合并模型下从基因树推断物种网络的方法
- 作者：Elizabeth S. Allman;Hector Baños;John A. Rhodes
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2019年第-1期
- Hybridization;
- Network multispecies coalescent;
- Species network inference;
- Gene tree;
- Quartets;
- Level-1 network;
- NANUQ;
59.Kohdista: an efficient method to index and query possible Rmap alignments

机译：Kohdista：索引和查询可能的Rmap路线的有效方法
- 作者：Martin D. Muggli;Simon J. Puglisi;Christina Boucher
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2019年第-1期
- Optical mapping;
- Index based data structures;
- FM-index;
- Graph algorithms;
60.Non-parametric correction of estimated gene trees using TRACTION

机译：使用TRACTION对估计的基因树进行非参数校正
- 作者：Sarah Christensen;Erin K. Molloy;Pranjal Vachaspati;Ananya Yammanuru;Tandy Warnow
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Gene tree correction;
- Horizontal gene transfer;
- Incomplete lineage sorting;
61.Finding all maximal perfect haplotype blocks in linear time

机译：在线性时间内找到所有最大的理想单倍型基因组
- 作者：Jarno Alanko;Hideo Bannai;Bastien Cazaux;Pierre Peterlongo;Jens Stoye
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Population genomics;
- Selection coefficient;
- Haplotype block;
- Positional Burrows–Wheeler Transform;
62.GrpClassifierEC: a novel classification approach based on the ensemble clustering space

机译：GrpClassifierEC：一种基于集合聚类空间的新颖分类方法
- 作者：Loai Abdallah;Malik Yousef
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Ensemble clustering;
- Classification;
- k-means;
63.Alignment- and reference-free phylogenomics with colored de Bruijn graphs

机译：有色de Bruijn图的无比对和无参考的系统发育组学
- 作者：Roland Wittler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Phylogenomics;
- Phylogenetics;
- Phylogenetic splits;
- Colored de Bruijn graphs;
64.From pairs of most similar sequences to phylogenetic best matches

机译：从最相似的序列对到系统发育的最佳匹配
- 作者：Peter F. Stadler;Manuela Geiß;David Schaller;Alitzel López Sánchez;Marcos González Laffitte;Dulce I. Valdivia;Marc Hellmuth;Maribel Hernández Rosales
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Best matches;
- Gene tree;
- Species tree;
- Reconciliation;
- Orthology;
65.Linear-time algorithms for phylogenetic tree completion under Robinson–Foulds distance

机译：Robinson–Foulds距离下系统发育树完成的线性时间算法
- 作者：Mukul S. Bansal
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Phylogenetics;
- Distance measures;
- Robinson–Foulds distance;
- Optimal phylogenetic tree completion;
66.Non-parametric and semi-parametric support estimation using SEquential RESampling random walks on biomolecular sequences

机译：使用顺序重采样随机游动对生物分子序列进行非参数和半参数支持估计
- 作者：Wei Wang;Jack Smith;Hussein A. Hejase;Kevin J. Liu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Statistical support;
- Non-parametric;
- Semi-parametric;
- Resampling;
- Bootstrap;
- Multiple sequence alignment;
- Random walk;
67.The distance and median problems in the single-cut-or-join model with single-gene duplications

机译：具有单基因重复的单割或联接模型中的距离和中位数问题
- 作者：Aniket C. Mane;Manuel Lafond;Pedro C. Feijao;Cedric Chauve
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Genomes rearrangement;
- Gene duplication;
- Genomic distance;
- Genome median;
68.Detecting transcriptomic structural variants in heterogeneous contexts via the Multiple Compatible Arrangements Problem

机译：通过多重兼容安排问题检测异构环境中的转录组结构变异
- 作者：Yutong Qiu;Cong Ma;Han Xie;Carl Kingsford
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Transcriptomic structural variation;
- Integer linear programming;
- Heterogeneity;
69.Context-aware seeds for read mapping

机译：用于读取映射的上下文感知种子
- 作者：Hongyi Xin;Mingfu Shao;Carl Kingsford
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Read mapping;
- Seeds;
- Error tolerance;
- Seed and extend;
70.Precise parallel volumetric comparison of molecular surfaces and electrostatic isopotentials

机译：分子表面和静电等电势的精确平行体积比较
- 作者：Georgi D. Georgiev;Kevin F. Dodd;Brian Y. Chen
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Specificity annotation;
- Molecular representations;
- Solid modeling;
71.Evolution through segmental duplications and losses: a Super-Reconciliation approach

机译：通过分段重复和损失进行演变：一种超和解方法
- 作者：Mattéo Delabre;Nadia El-Mabrouk;Katharina T. Huber;Manuel Lafond;Vincent Moulton;Emmanuel Noutahi;Miguel Sautie Castellanos
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
- Gene tree;
- Reconciliation;
- Duplication;
- Loss;
- Synteny;
72.Quantifying steric hindrance and topological obstruction to protein structure superposition

机译：量化空间障碍和拓扑梗阻对蛋白质结构叠加
- 作者：Peter Røgen
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- Protein topology;
- Structural classification of proteins;
- Self-avoiding morphs;
73.Fast lightweight accurate xenograft sorting

机译：快速轻质精确的异种移植分类
- 作者：Jens Zentgraf;Sven Rahmann
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- Xenograft sorting;
- Alignment-free method;
- Cuckoo hashing;
- k-mer;
74.Improving metagenomic binning results with overlapped bins using assembly graphs

机译：使用组装图改善重叠箱的偏心子元素结果
- 作者：Vijini G. Mallawaarachchi;Anuradha S. Wickramarachchi;Yu Lin
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- Metagenomics binning;
- Contigs;
- Assembly graphs;
- Overlapped binning;
75.Natural family-free genomic distance

机译：自然自然基因组距离
- 作者：Diego P. Rubert;Fábio V. Martinez;Marília D. V. Braga
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- Comparative genomics;
- Genome rearrangement;
- DCJ-indel distance;
76.Exact transcript quantification over splice graphs

机译：完全的转录物量化剪切图
- 作者：Cong Ma;Hongyu Zheng;Carl Kingsford
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- RNA-seq;
- Alternative splicing;
- Transcript quantification;
- Splice graph;
- Network flow;
77.Fast and efficient Rmap assembly using the Bi-labelled de Bruijn graph

机译：使用双标记的De Bruijn图形快速高效的RMAP组装
- 作者：Kingshuk Mukherjee;Massimiliano Rossi;Leena Salmela;Christina Boucher
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- Optical mapping;
- Single molecule maps;
- de Bruijn graph;
- Overlap-layout-consensus;
- Genome assembly;
- Mis-assemblies;
78.The energy-spectrum of bicompatible sequences

机译：二兼容性序列的能谱
- 作者：Fenix W. Huang;Christopher L. Barrett;Christian M. Reidys
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- Riboswitch;
- Evolutionary transition;
- Topological nerve;
79.LazyB: fast and cheap genome assembly

机译：懒惰：快速和廉价的基因组装配
- 作者：Thomas Gatter;Sarah von Löhneysen;Jörg Fallmann;Polina Drozdova;Tom Hartmann;Peter F. Stadler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
- Nanopore sequencing;
- Illumina sequencing;
- Genome assembly;
- Spanning tree;
- Unitigs;
- Anchors;
80.Fast computation of genome-metagenome interaction effects

机译：基因组 - 偏心组合效应的快速计算
- 作者：Florent Guinot;Marie Szafranski;Julien Chiquet;Anouk Zancarini;Christine Le Signor;Christophe Mougel;Christophe Ambroise
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
81.Algorithms for the quantitative Lock/Key model of cytoplasmic incompatibility

机译：细胞质不相容性定量锁定/关键模型的算法
- 作者：Tiziana Calamoneri;Mattia Gastaldello;Arnaud Mary;Marie-France Sagot;Blerina Sinaimeri
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
82.On an enhancement of RNA probing data using information theory

机译：用信息理论提高RNA探测数据
- 作者：Thomas J. X. Li;Christian M. Reidys
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
83.Reconstruction of time-consistent species trees

机译：重建时间一致的物种树木
- 作者：Manuel Lafond;Marc Hellmuth
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
84.A linear-time algorithm that avoids inverses and computes Jackknife (leave-one-out) products like convolutions or other operators in commutative semigroups

机译：一种线性时间算法可避免逆转和计算换乘器或其他操作员的jackknife（休留一张）产品
- 作者：John L. Spouge;Joseph M. Ziegelbauer;Mileidy Gonzalez
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
85.Fast and accurate structure probability estimation for simultaneous alignment and folding of RNAs with Markov chains

机译：用马尔可夫链同时对准和折叠RNA的快速准确结构概率估计
- 作者：Milad Miladi;Martin Raden;Sebastian Will;Rolf Backofen
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
86.gsufsort: constructing suffix arrays LCP arrays and BWTs for string collections

机译：gsufsort：构造后缀阵列LCP阵列和BWTS for String Collections
- 作者：Felipe A. Louza;Guilherme P. Telles;Simon Gog;Nicola Prezza;Giovanna Rosone
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2020年第-1期
87.The Bourque distances for mutation trees of cancers

机译：对癌症突变树的压力距离
- 作者：Katharina Jahn;Niko Beerenwinkel;Louxin Zhang
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
88.Disk compression of k-mer sets

机译：k-mer集的磁盘压缩
- 作者：Amatur Rahman;Rayan Chikhi;Paul Medvedev
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
89.Using the longest run subsequence problem within homology-based scaffolding

机译：在基于同源性的脚手架中使用最长的运行后续问题
- 作者：Sven Schrinner;Manish Goel;Michael Wulfert;Philipp Spohr;Korbinian Schneeberger;Gunnar W. Klau
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
90.Using Robinson-Foulds supertrees in divide-and-conquer phylogeny estimation

机译：使用Robinson-Foulds SuperTrees分裂和征服系统发育估计
- 作者：Xilin Yu;Thien Le;Sarah A. Christensen;Erin K. Molloy;Tandy Warnow
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
91.Bayesian optimization with evolutionary and structure-based regularization for directed protein evolution

机译：贝叶斯优化与基于进化和基于结构的正则化的定向蛋白演化
- 作者：Trevor S. Frisby;Christopher James Langmead
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
92.Distinguishing linear and branched evolution given single-cell DNA sequencing data of tumors

机译：区分线性和分支的进化给定肿瘤的单细胞DNA测序数据
- 作者：Leah L. Weber;Mohammed El-Kebir
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
93.Shape decomposition algorithms for laser capture microdissection

机译：用于激光捕获微量小块的形状分解算法
- 作者：Leonie Selbach;Tobias Kowalski;Klaus Gerwert;Maike Buchin;Axel Mosig
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
94.Approximate search for known gene clusters in new genomes using PQ-trees

机译：使用PQ树在新基因组中的已知基因簇的近似搜索
- 作者：Galia R. Zimerman;Dina Svetlitsky;Meirav Zehavi;Michal Ziv-Ukelson
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
95.INGOT-DR: an interpretable classifier for predicting drug resistance in M. tuberculosis

机译：Ingot-DR：一种可解释的分类剂用于预测肺结核中的耐药性
- 作者：Hooman Zabeti;Nick Dexter;Amir Hosein Safari;Nafiseh Sedaghat;Maxwell Libbrecht;Leonid Chindelevitch
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
96.A novel method for inference of acyclic chemical compounds with bounded branch-height based on artificial neural networks and integer programming

机译：基于人工神经网络和整数规划的有界分支高度的无循环化学化合物推断的新方法
- 作者：Naveed Ahmed Azam;Jianshen Zhu;Yanming Sun;Yu Shi;Aleksandar Shurbevski;Liang Zhao;Hiroshi Nagamochi;Tatsuya Akutsu
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
97.Heuristic algorithms for best match graph editing

机译：最佳匹配图编辑的启发式算法
- 作者：David Schaller;Manuela Geiß;Marc Hellmuth;Peter F. Stadler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2021年第-1期
98.Mono-valent salt corrections for RNA secondary structures in the ViennaRNA package

机译：ViennaRNA 包装中 RNA 二级结构的单价盐校正
- 作者：Hua-Ting Yao;Ivo L Hofacker;Ronny Lorenz;Peter F Stadler
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2023年第18期
99.Adding hydrogen atoms to molecular models via fragment superimposition

机译：通过片段叠加将氢原子添加到分子模型中
- 作者：Kay Hamacher;Patrick Kunzmann;Jacob Marcel Anter
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2022年第17期
100.On a greedy approach for genome scaffolding

机译：关于基因组支架的贪婪方法
- 作者：Tom Davot;Annie Chateau;Mathias Weller;Rodolphe Giroudeau;Rohan Fossé
- 期刊名称：《Algorithms for Molecular Biology : AMB》 | 2022年第17期