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Identification of genes and pathways involved in retinal neovascularization by microarray analysis of two animal models of retinal angiogenesis.

机译:通过对视网膜血管新生的两种动物模型进行微阵列分析,鉴定参与视网膜新血管形成的基因和途径。

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摘要

PURPOSE: Comparative retinal gene expression analysis in two rodent models of oxygen-induced retinopathy (OIR) was performed to identify the genes and pathways involved in retinal neovascularization. METHODS: Three independent experimental runs were conducted for each species, according to standard protocols for induction of OIR. Total retinal RNA was isolated at two time points, corresponding to the early response to relative hypoxia (P13 in mouse, P15 in rat) and to the later phase of maximum retinal neovascularization (P18 in mouse, P20 in rat) and was used to prepare labeled probes for hybridization. Gene expression was compared between normal and experimental conditions for each species at each time point. Probesets with a false-discovery rate of
机译:目的:在两个啮齿动物模型中进行了比较性视网膜基因表达分析,以确定氧诱导性视网膜病变(OIR)的基因和途径。方法:根据诱导OIR的标准方案,对每个物种进行了三个独立的实验。在两个时间点分离总视网膜RNA,分别对应于相对缺氧的早期反应(小鼠P13,大鼠P15)和最大视网膜新生血管形成的后期阶段(小鼠P18,大鼠P20),并用于制备标记的探针进行杂交。在每个时间点比较每种物种在正常条件和实验条件下的基因表达。错误发现率小于或等于0.05的探针组被认为具有显着差异,并被分类为细胞功能或生物学途径。通过定量rtPCR证实所选基因表达的变化。结果:在早期,每个物种中有43个基因发生了变化,其中有两个共同点。在这两个模型中均确定了VEGF和ephrin受体信号通路成员的表达增加。在稍后的时间点,大鼠中的26个基因发生了变化,小鼠中的1622个基因发生了变化,共有13个共同点。在两个模型中都确定了四个途径。结论:确定了已知与血管生成有关的基因和途径,以及其他生物学上合理的基因和途径。这项工作可作为研究视网膜新血管形成和确定抗血管生成治疗潜在合理靶标的综合资源。

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