形式文法に基づくRNA2次構造予測

摘要

近年,形式文法における構文解析技術を応用したRNAの2次構造予測が盛んに研究されている.典型的なRNA配列では塩基対が互いに入れ子になって現れるため,2次構造を文脈自由文法(CFG)でモデル化する試みがなされてきた.一方,いくつかの塩基対が配列上で交差して現れるシュードノットと呼ばれる部分構造や,2つのRNA間の相互作用によるキッシングヘアピンループと呼ばれる結合構造が存在し,CFGでは表現できないことが知られている.本稿では,シュードノットやキッシングヘアピンループを含めたRNA 2次構造に対する,形式文法に基づく予測法について論じる.