大規模GPUクラスタによるタンパク質ドッキング計算システム

摘要

タンパク質ドッキング計算は通常2つのタンパク質の複合体構造を予測する手法であるが，3体以上のドッキング計算やタンパク質間相互作用ネットワークの解析などに応用可能性を持つ．一方でこれらの応用を実現するためには膨大な回数のドッキング計算を要するため，多大な計算リソースと，またそれを充分に活用することのできるシステムの開発が求められていた．本発表ではGPUクラスタ上で並列計算が実行可能なタンパク質ドッキング計算システムであるMEGADOCK 4.0を紹介する．本システムの並列性能を，ノードあたり12CPUコアと3GPUを備えたTSUBAME 2.5スーパーコンピュータで測定し，35ノード実行に対する420ノード実行時の強スケーリング値0.98を達成した．また，100万件のタンパク質ドッキング計算が，420ノードの利用によって約半日で完了することを確認した．