ГЕНЕТИЧЕСКОЕ РАЗНООБРАЗИЕ И ФИЛОГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВЗАИМОСВЯЗИ ПОРОД СВИНЕЙ, РАЗВОДИМЫХ В РОССИИ, НА ОСНОВЕ АНАЛИЗА ПОЛИМОРФИЗМА D-ПЕТЛИ мтДНК

摘要

Снижение уровня генетического разнообразия — одна из основных генетических проблем в мировом свиноводстве. В России некоторые локальные породы находятся под угрозой исчезновения из-за низкой численности. В трансграничных породах, подверженных сильному направленному отбору, также может наблюдаться снижение разнообразия. В связи с этим, целью нашего исследования явилось проведение оценки генетического разнообразия и установление филогенетических связей для девяти пород свиней, разводимых в России, на основании анализа последовательностей D-пет-ли митохондриальной (мт) ДНК. Нами было выполнено секвенирование нуклеотидной последовательности D-петли мтДНК 273 свиней следующих пород: брейтовской, кемеровской, ливенской, муромской, уржумской, мангалица, крупной белой, ландрас и дюрок. Во всей выборке было обнаружено 104вариабельных сайта и выявлено 84 гаплотипа, в том числе 55 — у локальных пород и 29 — у трансграничных пород. Локальные породы характеризовались меньшим средним числом нуклеотидных различий между гаплотипами, по сравнению с трансграничными породами (К = 6.272 и К= = 9.934). 78.8% исследованных свиней принадлежали к гаплогруппе Е, в то время как гаплогруппы D (20,5%) и А (0,7%) встречались реже. Анализ AMOVA показал, что 43.88% общей генетической изменчивости приходилось на различия между изучаемыми породами. Анализ структуры медианной сети показал, что кемеровская порода была наиболее дифференцированной среди локальных пород, а мангалица вошла в кластер трансграничных пород благодаря своему европейскому происхождению. Полученные результаты могут быть полезны для мониторинга генетического разнообразия в трансграничных породах, а также для разработки научно обоснованных программ сохранения локальных пород свиней.