ЦЕНТРОМЕРНЫЕ ТАВДЕМНЫЕ ПОВТОРЫ МЫШИ in silico И in situ

摘要

В базе данных WGS (Whole Genome Shotgun) мыши программой BLAST найдены все последовательности, содержащие центромерный минорный сателлит (МиСат) или перицентромерный мажорный сателлит (МаСат). Программой CENSOR последовательности проверены на наличие известных диспергированных повторов. Наличие тандемных повторов проверено программой TRF. Обнаружены однородные поля МиСат в МаСат и переходы полей МаСат в МиСат. Не обнаружены контакты МиСат и МаСат с теломерами. Кроме того, обнаружены еще два типа контактов: 1.) переход МиСат во фрагменты ретроэлементов LINE и IAP (семейство ERV, intracisternal A-type particles), главным образом в ORF2 и 5'-LTR содержащие; 2) переход МаСат в два тандемных повтора с мономером 21 пн и 31 пн. Наличие перехода МиСат/IAP проверяется экспериментально. Выделен общий мотив среди фрагментов LAP, прилегающих к МиСат. На основе мотива сконструированы праймеры. Получена плазмидная библиотека ПЦР-фрагментов с праймерами к мотиву IAP и МиСат. Из библиотеки выбран клон (п51) с максимальным размером вставки (-800 пн). FiberFISH (FISH на растянутом хроматине) с клоном п51 показал, что основной сигнал находится в центро-мерном районе, но есть и сигналы по плечам хромосом, которые объясняются частичной принадлежностью п51 к диспергированным повторам. Двойная fiberFISH с МиСат и п51 позволила измерить расстояния между фрагментами. Ранее полученная последовательность MS3 имеет некоторую гомологию с LAP и локализацию в центромере. Таким образом, показана регулярная ассоциация МиСат с ретроэлементами LAP in silico и in situ. Как литературные данные, так и полученные результаты свидетельствуют о том, что фрагменты ретроэлементов могут оказаться обязательным компонентом нормальных центромер высших эукариот.