GENEEXPRESS: ИНТЕГРАТОР БАЗ ДАННЫХ И КОМПЬЮТЕРНЫХ СИСТЕМ, ДОСТУПНЫХ ПО СЕТИ ИНТЕРНЕТ И ПРЕДНАЗНАЧЕННЫХ ДЛЯ ИЗУЧЕНИЯ ЭКСПРЕСИИ ГЕНОВ ЭУКАРИОТ

摘要

Текущая версия интегратора GeneExpress включает пять основных информационно-вычислительных систем: 1) базу данных TRRD по регуляторным районамтранскрипции эукариоти-ческих генов с программой ScanGroup для распознавания и анализа сайтов связывания транскрипционных факторов; 2) базу данных ACTIVITY по количественной активности функциональных сайтов ДНК и РНК с базой знаний по программам их предсказания; 3) базу данных LeadeiRNA по влиянию лидерных последовательностей мРНК на эффективность их транскрипции; 4) базу данных SAMPLES по выборкам нуклеотидных последовательностей экспериментально установленных функциональных сайтов ДНК и их множественным выравниваниям с программами распознавания этих сайтов по их консенсусам, частотным матрицам и статистически значимым особенностям конформации их В-спирали ДНК; 5) базу данных GeneNet по генным сетям и путям сигнальной трансдукции, которая осуществляет интеграцию всех остальных информационно-вычислительные систем на основе взаимосвязей между описываемыми в них биологическими процессами и явлениями, http://wwwmgs.bionetnsc.ru/systems/ GeneExpress/.