НОВАЯ ПРОГРАММА ДЛЯ ВЫЯВЛЕНИЯ ГЕОМЕТРИЧЕСКОГО ЯДРА НАБОРА СТРУКТУР КОМПЛЕКСОВ МАКРОМОЛЕКУЛ

摘要

Сравнительный анализ структур гомологичных белков часто помогает выявить функционально важные особенности этих структур. Это относится не только к структурам отдельных молекул белка, но и к структурам макромолекулярных комплексов. В частности, сравнительный анализ структур комплексов гомологичных белков с ДНК важен для анализа узнавания ДНК белками. Мы представляем программу LCore, предназначенную для поиска геометрического ядра семейства структур, т.е. набора аминокислотных и нуклеотидных остатков, сходным образом расположенных во всех структурах семейства. Описан алгоритм программы, веб-интерфейс к ней и пример ее применения для сравнительного анализа комплексов гомеодоменов с ДНК.