pKa Calculations with the Polarizable Drude Force Field and Poisson–Boltzmann Solvation Model

Alexey  Aleksandrov; Beno?t  Roux; Alexander D.  MacKerell Jr.

首页> 外文期刊>Journal of chemical theory and computation: JCTC >pKa Calculations with the Polarizable Drude Force Field and Poisson–Boltzmann Solvation Model

【24h】

pKa Calculations with the Polarizable Drude Force Field and Poisson–Boltzmann Solvation Model

机译：PKA计算与可极化的博卢斯领域和泊松 - 博尔兹曼溶剂化模型

获取原文

获取原文并翻译 | 示例

掌桥外文数据库（机构版） >>

开具论文收录证明 >>

页面导航

摘要
著录项
相似文献
相关主题

摘要

机译：<！[CDATA [CDATA [电子偏振效应，表明在质子结合到蛋白质中可滴定残留物中的重要作用。在这项工作中，我们描述了一种用于P K _（a）计算的新计算方法，使用Monte Carlo（MC）模拟与磨损溶解的力场和Poisson-Boltzmann（PB）连续静脉静电溶剂来样蛋白质质子化状态模型。虽然在所选pH下的最填充的质子化状态，但对应于在该pH下的半质子化的残留物中的残留物，使用在PB隐式溶剂化模型的领域中优化的磨牙颗粒计算的精确相对的自由能进行采样，我们引入近似值对于低填充的质子化状态的蛋白质极化，以降低计算成本。然后，用于计算极化和P K _（a）次会聚到用磨损极化力场获得的结果，表明需要以非物理方式人工高估静电筛选添加剂FF。此外，显示在酸性基团中性状态下的质子的 Syn和抗取向的含量，并与实验产生改善的协议。作为使用蛋白质中P K（a）的预测的可极化模型的第一个实施例，表明使用可极化模型代表更具物理正确的模型治疗静电贡献对蛋白质的换向_（a）。]]> 展开▼

著录项

来源
《Journal of chemical theory and computation: JCTC》 |2020年第7期|共14页

作者
Alexey Aleksandrov; Beno?t Roux; Alexander D. MacKerell Jr.;
展开▼

作者单位

Laboratoire d’Optique et Biosciences Ecole Polytechnique IP Paris;

Department of Biochemistry and Molecular Biology Gordon Center for Integrative Science University of Chicago;

Department of Pharmaceutical Sciences School of Pharmacy University of Maryland;

展开▼

收录信息

原文格式 PDF

正文语种 eng

中图分类化学键的量子力学理论;化学;

关键词

相似文献

外文文献

中文文献

专利

1. pKa Calculations with the Polarizable Drude Force Field and Poisson–Boltzmann Solvation Model [J] . Alexey Aleksandrov, Beno?t Roux, Alexander D. MacKerell Jr. Journal of chemical theory and computation: JCTC . 2020,第7期

机译：PKA计算与可极化的博卢斯领域和泊松 - 博尔兹曼溶剂化模型

2. Optimizing Electrostatic Field Calculations with the Adaptive Poisson-Boltzmann Solver to Predict Electric Fields at Protein-Protein Interfaces II: Explicit Near-Probe and Hydrogen-Bonding Water Molecules [J] . Andrew W. Ritchie, Lauren J. Webb The journal of physical chemistry, B. Condensed matter, materials, surfaces, interfaces & biophysical . 2014,第28期

机译：使用自适应Poisson-Boltzmann解算器优化静电场计算，以预测蛋白质-蛋白质界面处的电场II：显式近探针和氢键水分子

3. Optimizing Electrostatic Field Calculations with the Adaptive Poisson-Boltzmann Solver to Predict Electric Fields at Protein-Protein Interfaces II: Explicit Near-Probe and Hydrogen-Bonding Water Molecules [J] . Andrew W. Ritchie, Lauren J. Webb The journal of physical chemistry, B. Condensed matter, materials, surfaces, interfaces & biophysical . 2014,第28期

机译：使用自适应Poisson-Boltzmann解算器优化静电场计算，以预测蛋白质-蛋白质界面处的电场II：显式近探针和氢键水分子

4. Protein Molecular Dynamics With Electrostatic Force Entirely Determined by a Single Poisson-Boltzmann Calculation [C] . Ben Zhuo Lu, Wei Zu Chen, Cun Xin Wang, Collection of Academic Papers(2002) . -1

机译：蛋白质分子动力学与静电力完全由一次Poisson-Boltzmann计算确定

5. Regularization Methods on Solving Poisson’s Equation and Poisson Boltzmann Equation with Singular Charge Sources and Diffuse Interfaces [D] . Wang, Siwen. 2021

机译：用奇异电荷源和漫射界面求解泊松等式和泊松Boltzmann方程的正则化方法

6. Combining the Polarizable Drude Force Field with a Continuum Electrostatic Poisson-Boltzmann Implicit Solvation Model [O] . Alexey Aleksandrov, Fang-Yu Lin, Benoît Roux, -1

机译：将可极化的Drude力场与连续静电Poisson-Boltzmann隐式溶剂化模型相结合

7. pKa Calculations with the Polarizable Drude Force Field and Poisson–Boltzmann Solvation Model [O] . Alexey Aleksandrov, Benoît Roux, Alexander D. MacKerell 2020

机译：PKA计算与可极化的博卢斯领域和泊松 - Boltzmann溶剂化模型

1. 使用并行博尔兹曼机计算互联概率 [J] . R.A.伊尔蒂斯 ,丁培义 ,张兰秀 . 指挥控制与仿真 . 1994,第006期

2. 伊格尔博格曼加大干气密封领域的投资——伊格尔博格曼全资收购天津耐博特密封科技有限公司 [J] . . 流体机械 . 2015,第7期

3. 伊格尔博格曼加大干气密封领域的投资——伊格尔博格曼全资收购天津耐博特密封科技有限公司 [J] . . 化工设备与管道 . 2015,第4期

4. 泊松玻尔兹曼模型的三种分解式的比较研究 [J] . 李姣 ,呙蓉 ,胡嘉栾 . 数学理论与应用 . 2021,第001期

5. 帝斯曼:全球领先的维生素供应商--访帝斯曼营养产品部动物营养保健中国区经理博礼敦博士 [J] . 朱晓娟 ,胡文辉 . 饲料广角 . 2004,第024期

6. 基于格子博尔兹曼方法表征体元尺度土体细观渗流场的数值模拟 [C] . SHEN Lin-fang ,申林方 ,WANG Zhi-liang . 第十二届全国桩基工程学术会议 . 2015

7. 利用格子博尔兹曼方法数值模拟水波传播 [A] . 黄广开 . 2009

1. 一种博兹曼军团菌分离培养基及其制备方法 [P] . 中国专利： CN113308422A . 2021-08-27

2. 一种格子玻尔兹曼模型格点迁移计算方法及系统 [P] . 中国专利： CN107818190B . 2021.03.12

3. BOLTZMANN MODEL CALCULATION ENGINE FOR OPTION PRICE, BOLTZMANN MODEL CALCULATION ENGINE FOR PREMIUM, DEALING SYSTEM, DEALING PROGRAM, PREMIUM ESTIMATION SYSTEM AND PREMIUM ESTIMATION PROGRAM [P] . 外国专利： JP2004133491A . 2004-04-30

机译：期权价格的博尔兹曼模型计算引擎，溢价的博尔兹曼模型计算引擎，交易系统，交易程序，溢价估计系统和溢价估计程序

4. Continuous casting plant for casting e.g. metal strip, has calculation unit for modeling temperature field, solidification of strip and desired setting forces of rollers of strand guide based on calculated maximum load capacities [P] . 外国专利： DE102011077454A1 . 2012-12-20

机译：连铸设备用于铸造金属带材，具有计算单元，用于基于计算出的最大负载能力对温度场，带材的凝固和钢绞线导辊的理想设定力进行建模

5. Making use of the numerical calculation technique null computer of the higher-order mixed element Poisson solver by [P] . 外国专利： JP4604260B2 . 2011-01-05

机译：利用高阶混合元泊松求解器的数值计算技术零位计算机，

相关主题

pKa Calculations with the Polarizable Drude Force Field and Poisson–Boltzmann Solvation Model

摘要

著录项

相似文献

相关主题

期刊订阅