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Facts and artifacts in studies of gene expression in aneuploids and sex chromosomes.

机译:作者:邹琦,王孝娣,王孝娣,王孝娣,王孝娣,王孝娣,王孝娣

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摘要

Studies of gene expression in aneuploids have often made the assumption that measurements of RNA abundance from the varied chromosome will establish whether there is a dosage effect or compensation. Typical procedures of RNA isolation and use of equal amounts of RNA for quantitative estimates will not measure the total transcriptome size nor the absolute expression levels per cell. Use of internal endogenous standards or averages from unvaried chromosomes for normalizations makes the assumption that there are no global modulations across the genome. However, studies that use controls to test these assumptions reveal that there are in fact often modulations on all chromosomes. The same caveats apply to gene expression studies of sex chromosomes, which also involve changes in dosage of a small portion of the genome. Here, we describe some of the pitfalls of studies of aneuploidy and sex chromosome gene expression and review methods that have been used to avoid them.
机译:在非植物倍细性中的基因表达的研究通常使得假设来自各种染色体的RNA丰度的测量将确定是否存在剂量效应或补偿。 RNA分离和使用相等量的定量估计的典型方法不会测量每种细胞的总转录组大小和绝对表达水平。 使用内部内源性标准或来自不道德的染色体的平均值使得假设在该基因组中没有全局调制。 然而,使用控制测试这些假设的研究表明,实际上存在对所有染色体的调制。 相同的警告适用于性染色体的基因表达研究,这也涉及组分的一小部分的剂量变化。 在这里,我们描述了一种研究中的某些缺陷和性染色体基因表达以及用于避免它们的方法。

著录项

  • 来源
    《Chromosoma》 |2014年第5期|共11页
  • 作者

    James A Birchler;

  • 作者单位

    University of Missouri Columbia MO 65211 USA birchlerj@missouri;

  • 收录信息
  • 原文格式 PDF
  • 正文语种 eng
  • 中图分类 R394;
  • 关键词

  • 入库时间 2022-08-19 23:37:48

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