UCINKOVITO KODIRANJE ZAPOREDIJ DNA

摘要

V zadnjem obdobju smo prica znatnemu narascanju uporabe mikroracunalnikov pri raziskavah in analizah zaporedij DNA. Molekule DNA so racunalnikom najpogosteje predstavljene v obliki zapisov v formatu FASTA , ki kodirajo sekvence DNA v obliki ASCII nizastirih nukleotidnih oznak A, G, C in T, katerim se po potrebi pridruzijo se degenerativne kode in znak za presledek, ko gre za mnozice med seboj poravnanih zaporedij DNA. Zapis FASTA je dojemljiv za biologa in enostaven za programerja, ki razvija racunalniski program, saj si pri razvoju lahko pomaga z bogatim naborom obstojecih knjiznic za delo z znakovnimi polji. Kljub omenjenim prednostim ima zapis FASTA dolocene slabosti, kot je manj ucinkovito iskanje zaporedij nukleotidov, se posebej ob prisotnosti degenerativnih kod. Druga slabost izvira iz dejstva, da vsak posamezni znak FASTA za presledek zasede po en zlog racunalniskega pomnilnika, kar je ob prisotnosti velikega stevila presledkov neucinkovito in tudi dodatno manjsa hitrost iskanja nukleotidnih zaporedij. Zaradi omenjenih slabosti predstavljamo alternativni zapis zaporedij DNA, ki omogoca hitrejse iskanje nukleotidnih zaporedij in ucinkovitejse shranjevanje informacij o poravnavi, kar vodi v hitrejse delovanje programov in odpira moznost shranjevanja vecjega stevila zapisov DNA v delovni pomnilnik racunalnika.